SAXSdb — 2bmi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (CLASS B BETA-LACTAMASE)

Bacteroides fragilis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 18–249 链 B； UniProt 18–249	未记录	ZN ZINC ION × 4 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 9；FORM II CRYSTAL IN ACTA CRYST(1997) D53 485-487, pH 9.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2BMI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A7T METALLO-BETA-LACTAMASE WITH MES 提交 1998-03-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–249（232 aa）链 B 18–249（232 aa）	突变：A171T, D208N 突变：A171T, D208N	ZN ZINC ION × 4 NA SODIUM ION × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.1；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, 100 MM POTASSIUM ACETATE, 100 MM MES, PH 6.1	分辨率 1.85 Å
1A8T METALLO-BETA-LACTAMASE IN COMPLEX WITH L-159,061 提交 1998-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–249（232 aa）	突变：A171T, D208N	ZN ZINC ION × 2 061 2-BUTYL-6-HYDROXY-3-[2'-(1H-TETRAZOL-5-YL)-BIPHENYL-4-YLMETHYL]-3H-QUINAZOLIN-4-ONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.6；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 28% PEG 4000, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 100 MM SODIUM CACODYLATE BUFFER, PH 6.6	分辨率 2.55 Å R-free 0.319
1A8T METALLO-BETA-LACTAMASE IN COMPLEX WITH L-159,061 提交 1998-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 18–249（232 aa）	突变：A171T, D208N	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.6；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 28% PEG 4000, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 100 MM SODIUM CACODYLATE BUFFER, PH 6.6	分辨率 2.55 Å R-free 0.319
1HLK METALLO-BETA-LACTAMASE FROM BACTEROIDES FRAGILIS IN COMPLEX WITH A TRICYCLIC INHIBITOR 提交 2000-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–247（227 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 113 7,8-DIHYDROXY-1-METHOXY-3-METHYL-10-OXO-4,10-DIHYDRO-1H,3H-PYRANO[4,3-B]CHROMENE-9-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；294 K；20mM HEPES, pH 7.5, 32% PEG 1000, 01M MES, 10 uM ZnCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 294K	分辨率 2.50 Å R-free 0.228
1HLK METALLO-BETA-LACTAMASE FROM BACTEROIDES FRAGILIS IN COMPLEX WITH A TRICYCLIC INHIBITOR 提交 2000-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 21–247（227 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 113 7,8-DIHYDROXY-1-METHOXY-3-METHYL-10-OXO-4,10-DIHYDRO-1H,3H-PYRANO[4,3-B]CHROMENE-9-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；294 K；20mM HEPES, pH 7.5, 32% PEG 1000, 01M MES, 10 uM ZnCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 294K	分辨率 2.50 Å R-free 0.228
1KR3 Crystal Structure of the Metallo beta-Lactamase from Bacteroides fragilis (CfiA) in Complex with the Tricyclic Inhibitor SB-236050. 提交 2002-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–249（232 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 113 7,8-DIHYDROXY-1-METHOXY-3-METHYL-10-OXO-4,10-DIHYDRO-1H,3H-PYRANO[4,3-B]CHROMENE-9-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；32% PEG1000, 0.1M MES, 10microM ZnCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.222
1KR3 Crystal Structure of the Metallo beta-Lactamase from Bacteroides fragilis (CfiA) in Complex with the Tricyclic Inhibitor SB-236050. 提交 2002-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 18–249（232 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 113 7,8-DIHYDROXY-1-METHOXY-3-METHYL-10-OXO-4,10-DIHYDRO-1H,3H-PYRANO[4,3-B]CHROMENE-9-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；32% PEG1000, 0.1M MES, 10microM ZnCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.222
1ZNB METALLO-BETA-LACTAMASE 提交 1996-06-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–249（232 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 1.85 Å R-free 0.241
1ZNB METALLO-BETA-LACTAMASE 提交 1996-06-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 18–249（232 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 1.85 Å R-free 0.241
2ZNB METALLO-BETA-LACTAMASE (CADMIUM-BOUND FORM) 提交 1997-10-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–249（232 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；26-28%POLYETHYLENE GLYCOL 4000, 0.1M HEPES, PH 7.0, 0.3M NACL, 10UM CDCL2, AT ROOM TEMPERATURE	分辨率 2.15 Å R-free 0.259
2ZNB METALLO-BETA-LACTAMASE (CADMIUM-BOUND FORM) 提交 1997-10-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 18–249（232 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；26-28%POLYETHYLENE GLYCOL 4000, 0.1M HEPES, PH 7.0, 0.3M NACL, 10UM CDCL2, AT ROOM TEMPERATURE	分辨率 2.15 Å R-free 0.259
3ZNB METALLO-BETA-LACTAMASE (ZN, HG-BOUND FORM) 提交 1997-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–249（232 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 HG MERCURY (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；27-29% POLYETHYLENE GLYCOL 2000, 0.1M HEPES, PH 7.0, 10UM ZNCL2, 0.3M NACL, AT ROOM TEMPERATURE. THE CRYSTALS WERE SOAKED OVERNIGHT AT ROOM TEMPERATURE IN 10MM K2HGI4 + 20MM KI.	分辨率 2.70 Å R-free 0.268
3ZNB METALLO-BETA-LACTAMASE (ZN, HG-BOUND FORM) 提交 1997-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 18–249（232 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 HG MERCURY (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；27-29% POLYETHYLENE GLYCOL 2000, 0.1M HEPES, PH 7.0, 10UM ZNCL2, 0.3M NACL, AT ROOM TEMPERATURE. THE CRYSTALS WERE SOAKED OVERNIGHT AT ROOM TEMPERATURE IN 10MM K2HGI4 + 20MM KI.	分辨率 2.70 Å R-free 0.268
4ZNB METALLO-BETA-LACTAMASE (C181S MUTANT) 提交 1998-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–249（232 aa）	突变：C181S	ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.65 Å R-free 0.250
4ZNB METALLO-BETA-LACTAMASE (C181S MUTANT) 提交 1998-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 18–249（232 aa）	突变：C181S	ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.65 Å R-free 0.250

共 8 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BLAB_BACFR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–232； UniProt 18–249 作者链 B； PDB构建体 1–232； UniProt 18–249

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2bmi
沉积日期 deposition_date	1998-09-17
结构标题 title	METALLO-BETA-LACTAMASE
关键词 keywords	BETA-LACTAMASE, METALLO BETA-LACTAMASE, ZINC, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.05 Å
零角强度 I(0) i0	42506000.00
分子量 molecular_weight	50185.0 kDa
排除体积 excluded_volume	62603 Å³
包络体积 envelope_volume	73284 Å³
水化壳体积 shell_volume	25609 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.3 Å
壳层 Rg shell_rg	30.89 Å
包络 Rg envelope_rg	24.50 Å
形状 Rg shape_rg	24.06 Å
总 Rg total_rg	24.81 Å
总原子数 total_atoms	3516
残基数 n_residues	458
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.0 Å
Rg (实空间) rg_real	25.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2510e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.4760e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	42510000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8874
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.371
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.440
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13470000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.865; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.948; Smooth: 0.991

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (CLASS B BETA-LACTAMASE)
分子量 formula_weight	25358.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.2.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3935

AQKSVKISDDISITQLSDKVYTYVSLAEIEGWGMVPSNGMIVINNHQAALLDTPINDAQTEMLVNWVTDSLHAKVTTFIPNHWHGDCIGGLGYLQRKGVQSYANQMTIDLAKEKGLPVPEHGFTDSLTVSLDGMPLQCYYLGGGHATDNIVVWLPTENILFGGCMLKDNQATSIGNISDADVTAWPKTLDKVKAKFPSARYVVPGHGDYGGTELIEHTKQIVNQYIESTSKP

来源 Source

来源生物 organism	Bacteroides fragilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	817
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	419

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2bmia_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.157 — Metallo-hydrolase/oxidoreductase
超家族 Superfamily superfamily	d.157.1 — Metallo-hydrolase/oxidoreductase
家族 Family family	d.157.1.1 — Zn metallo-beta-lactamase

结构域编号 domain_id	d2bmib_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.157 — Metallo-hydrolase/oxidoreductase
超家族 Superfamily superfamily	d.157.1 — Metallo-hydrolase/oxidoreductase
家族 Family family	d.157.1.1 — Zn metallo-beta-lactamase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2bmiA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	15 — Metallo-beta-lactamase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like

结构域编号 domain_id	2bmiB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	15 — Metallo-beta-lactamase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	47.256 Å
晶胞边长 b length_b	94.920 Å
晶胞边长 c length_c	111.420 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.1960
R_work r_work	0.1960
R_free r_free	0.2620

fit	/app/data/saxs_computation/bm/2bmi/2bmi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bm/2bmi/2bmi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bm/2bmi/2bmi.dat

METALLO-BETA-LACTAMASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (CLASS B BETA-LACTAMASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction