2bml

Ofloxacin-like antibiotics inhibit pneumococcal cell wall degrading virulence factors

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AUTOLYSIN

STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE

UniProt P06653

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 HEXAETHYLENE GLYCOL × 2 DEXTROFLOXACINE × 1 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 SULFATE ION × 3 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ALYS_STRPN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–126; UniProt 193–318 作者链 B; PDB构建体 1–126; UniProt 193–318

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2bml
沉积日期 deposition_date2005-03-15
结构标题 titleOfloxacin-like antibiotics inhibit pneumococcal cell wall degrading virulence factors
关键词 keywordsCHOLINE-BINDING DOMAIN, CELL WALL ATTACHMENT, OFLOXACIN-LIKE ANTIBIOTICS; CHOLINE-BINDING DOMAIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2bml__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2bml__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2bml__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)26.11 Å
Rg(电子密度)25.38 Å
总 Rg26.21 Å
原子数2216
残基数251
排除体积39200 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2bml__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2bmla_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.109 — beta-hairpin stack
超家族 Superfamily superfamilyb.109.1 — Cell wall binding repeat
家族 Family familyb.109.1.1 — Cell wall binding repeat
结构域编号 domain_idd2bmlb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.109 — beta-hairpin stack
超家族 Superfamily superfamilyb.109.1 — Cell wall binding repeat
家族 Family familyb.109.1.1 — Cell wall binding repeat

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2bmlA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology270 — left handed beta-beta-3-solenoid
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cholin Binding
结构域编号 domain_id2bmlB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology270 — left handed beta-beta-3-solenoid
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cholin Binding

7. 引用文献 (2)