2bnm

The structure of Hydroxypropylphosphonic acid epoxidase from S. wedmorenis.

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EPOXIDASE

STREPTOMYCES WEDMORENSIS

UniProt Q56185

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 4 ZINC ION × 4 SULFATE ION × 30 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q56185_STRWE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–198; UniProt 1–198 作者链 B; PDB构建体 1–198; UniProt 1–198

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2bnm
沉积日期 deposition_date2005-03-29
结构标题 titleThe structure of Hydroxypropylphosphonic acid epoxidase from S. wedmorenis.
关键词 keywordsOXIDOREDUCTASE, EPOXIDASE, CUPIN, HTH, CATION-DEPENDANT, ZINC, FOSFOMYCIN; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2bnm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2bnm__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2bnm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)30.55 Å
Rg(电子密度)29.60 Å
总 Rg30.32 Å
原子数6042
残基数776
排除体积106410 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2bnm__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd2bnma1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamilya.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family familya.35.1.3 — SinR domain-like
结构域编号 domain_idd2bnma2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamilyb.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family familyb.82.1.10 — TM1459-like
结构域编号 domain_idd2bnmb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamilya.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family familya.35.1.3 — SinR domain-like
结构域编号 domain_idd2bnmb2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamilyb.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family familyb.82.1.10 — TM1459-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id2bnmA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — lambda repressor-like DNA-binding domains
结构域编号 domain_id2bnmA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Jelly Rolls
结构域编号 domain_id2bnmB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — lambda repressor-like DNA-binding domains
结构域编号 domain_id2bnmB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Jelly Rolls
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7. 引用文献 (2)