SAXSdb — 2bq3

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA POLYMERASE IV

SULFOLOBUS SOLFATARICUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	;5'-D(GPGPGPGPGPAPAPGPGPAP TPTPCPA)-3' ; × 1 ;5'-D(TPCPAPTPGNEPGPAPAPTPCPCP TPTPCPCPCPCPC)-3' ; × 1 CALCIUM ION × 3 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPO42_SULSO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–358； UniProt 1–352

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2bq3
沉积日期 deposition_date	2005-04-27
结构标题 title	DNA Adduct Bypass Polymerization by Sulfolobus solfataricus Dpo4. Analysis and Crystal Structures of Multiple Base-Pair Substitution and Frameshift Products with the Adduct 1,N2-Ethenoguanine
关键词 keywords	P2 DNA POLYMERASE IV, 1N2-ETHENOGUANINE ADDUCT, TRANSLESION DNA POLYMERASE, NUCLEOTIDYLTRANSFERASE, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2bq3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2bq3__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2bq3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.68 Å
Rg（电子密度）	22.94 Å
总 Rg	23.69 Å
原子数	3379
残基数	372
排除体积	59109 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2bq3__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA POLYMERASE IV
分子量 formula_weight	41086.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3620

HHHHHHMIVLFVDFDYFYAQVEEVLNPSLKGKPVVVCVFSGRFEDSGAVATANYEARKFGVKAGIPIVEAKKILPNAVYLPMRKEVYQQVSSRIMNLLREYSEKIEIASIDEAYLDISDKVRDYREAYNLGLEIKNKILEKEKITVTVGISKNKVFAKIAADMAKPNGIKVIDDEEVKRLIRELDIADVPGIGNITAEKLKKLGINKLVDTLSIEFDKLKGMIGEAKAKYLISLARDEYNEPIRTRVRKSIGRIVTMKRNSRNLEEIKPYLFRAIEESYYKLDKRIPKAIHVVAVTEDLDIVSRGRTFPHGISKETAYSESVKLLQKILEEDERKIRRIGVRFSKFIEAIGLDKFFDT

来源 Source

来源生物 organism	SULFOLOBUS SOLFATARICUS
通用名 common_name	SULFOLOBUS FATARICUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	273057
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;5'-D(GPGPGPGPGPAPAPGPGPAP TPTPCPA)-3' ;
分子量 formula_weight	4409.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P

GGGGGAAGGATTCA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;5'-D(TPCPAPTPGNEPGPAPAPTPCPCP TPTPCPCPCPCPC)-3' ;
分子量 formula_weight	5411.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

TCATNGAATCCTTCCCCC

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	169

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2bq3a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.240 — Lesion bypass DNA polymerase (Y-family), little finger domain
超家族 Superfamily superfamily	d.240.1 — Lesion bypass DNA polymerase (Y-family), little finger domain
家族 Family family	d.240.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2bq3a2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.7 — Lesion bypass DNA polymerase (Y-family), catalytic domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2bq3A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	2bq3A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1170 — MutS, DNA mismatch repair protein, domain I
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	2bq3A03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	2bq3A04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — DNA polymerase, Y-family, little finger domain

▶

晶胞边长 a length_a	93.679 Å
晶胞边长 b length_b	102.852 Å
晶胞边长 c length_c	53.178 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	46.840 Å
R 因子 r_factor	0.2390
R_work r_work	0.2390
R_free r_free	0.2700

DNA Adduct Bypass Polymerization by Sulfolobus solfataricus Dpo4. Analysis and Crystal Structures of Multiple Base-Pair Substitution and Frameshift Products with the Adduct 1,N2-Ethenoguanine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA POLYMERASE IV

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2bq3__assembly_1__model_1

2bq3__assembly_1__model_1 | I(q)

2bq3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

DNA Adduct Bypass Polymerization by Sulfolobus solfataricus Dpo4. Analysis and Crystal Structures of Multiple Base-Pair Substitution and Frameshift Products with the Adduct 1,N2-Ethenoguanine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA POLYMERASE IV

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2bq3__assembly_1__model_1

2bq3__assembly_1__model_1 | I(q)

2bq3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)