SAXSdb — 2btp

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

14-3-3 PROTEIN TAU

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–234 链 B； UniProt 1–234	未记录	CONSENSUS PEPTIDE FOR 14-3-3 PROTEINS × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；0.2M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE, 0.1M TRISHCL PH8.5,30% PEG4000, pH 8.50	分辨率 2.80 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2BTP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5IQP 14-3-3 PROTEIN TAU ISOFORM 提交 2016-03-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–245（245 aa）链 B 1–245（245 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；291 K；24% PEG4K, 140 mM LI2SO4, 4 % of SATURATED NACL IN 80 mM MES AT pH 6.4; PROTEIN 7 mg/ml	分辨率 2.60 Å R-free 0.239
6BCR Complex of 14-3-3 theta with an IRSp53 peptide phosphorylated at T340 提交 2017-10-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–245（245 aa）链 B 1–245（245 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；0.15 M Magnesium Formate, 18% PEG3350, 4% TFE	分辨率 1.99 Å R-free 0.229
6BCR Complex of 14-3-3 theta with an IRSp53 peptide phosphorylated at T340 提交 2017-10-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–245（245 aa）链 F 1–245（245 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ETF TRIFLUOROETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；0.15 M Magnesium Formate, 18% PEG3350, 4% TFE	分辨率 1.99 Å R-free 0.229
6BD2 Complex of 14-3-3 theta with an IRSp53 peptide doubly-phosphorylated at T340 and S366 提交 2017-10-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–245（245 aa）链 B 1–245（245 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；0.1 M CaCl2, 13% Peg 3350	分辨率 2.90 Å R-free 0.254
6BQT Complex of 14-3-3 theta with an IRSp53 peptide doubly-phosphorylated at T340 and T360 提交 2017-11-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–245（245 aa）链 B 1–245（245 aa）	未记录	PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；0.1 M CaCl2, 13% Peg 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.287
6BQT Complex of 14-3-3 theta with an IRSp53 peptide doubly-phosphorylated at T340 and T360 提交 2017-11-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–245（245 aa）链 E 1–245（245 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；0.1 M CaCl2, 13% Peg 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.287
6BQT Complex of 14-3-3 theta with an IRSp53 peptide doubly-phosphorylated at T340 and T360 提交 2017-11-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 1–245（245 aa）链 H 1–245（245 aa）	未记录	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；0.1 M CaCl2, 13% Peg 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.287
6BQT Complex of 14-3-3 theta with an IRSp53 peptide doubly-phosphorylated at T340 and T360 提交 2017-11-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 1–245（245 aa）链 K 1–245（245 aa）	未记录	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291.15 K；0.1 M CaCl2, 13% Peg 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.287
6KZG 14-3-3 protein in Complex with CIC S301 phosphorylated peptide 提交 2019-09-24	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–234（233 aa）链 B 2–234（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；8% v/v TacsimateTM pH 6.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.231
6KZH 14-3-3 protein in Complex with CIC S173 phosphorylated peptide 提交 2019-09-24	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–234（233 aa）链 B 2–234（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.65 Å R-free 0.274
7QI1 Crystal structure of human 14-3-3 protein beta in complex with CFTR peptide pS753pS768 and PPI stabilizer CY007424 提交 2021-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 A 1–230（230 aa）链 B 1–230（230 aa）链 C 1–230（230 aa）链 D 1–230（230 aa）	未记录	ARG ARGININE × 2 Q95 [2-(2-methylphenyl)sulfanylphenyl]methanamine × 2 TYR TYROSINE × 2 GLN GLUTAMINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Qiagen Cryos Suite #44 (0.09 M HEPES sodium salt pH7.5, 1.26M tri-sodium citrate, 10% (v/v) glycerol) with an extra 2% (v/v) of glycerol.	分辨率 1.76 Å R-free 0.241

共 7 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	1433T_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 23–256； UniProt 1–234 作者链 B； PDB构建体 23–256； UniProt 1–234

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2btp
沉积日期 deposition_date	2005-06-05
结构标题 title	14-3-3 Protein Theta (Human) Complexed to Peptide
关键词 keywords	;SIGNALING PROTEIN/PEPTIDE, 14-3-3, PHOSPHOSERINE, STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM, PHOSPHORYLATION, COMPLEX (SIGNAL TRANSDUCTION-PEPTIDE), SIGNALING PROTEIN-PEPTIDE complex ;; SIGNALING PROTEIN/PEPTIDE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.89 Å
零角强度 I(0) i0	48365600.00
分子量 molecular_weight	53054.0 kDa
排除体积 excluded_volume	65967 Å³
包络体积 envelope_volume	83840 Å³
水化壳体积 shell_volume	27199 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.3 Å
壳层 Rg shell_rg	33.10 Å
包络 Rg envelope_rg	25.43 Å
形状 Rg shape_rg	25.92 Å
总 Rg total_rg	26.61 Å
总原子数 total_atoms	3727
残基数 n_residues	479
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.2 Å
Rg (实空间) rg_real	26.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8370e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.5720e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	48370000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9161
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	27.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.202
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.659
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11990000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.986; Stabil: 0.995; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.968

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	14-3-3 PROTEIN TAU
分子量 formula_weight	29234.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3727

MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQSMEKTELIQKAKLAEQAERYDDMATCMKAVTEQGAELSNEERNLLSVAYKNVVGGRRSAWRVISSIEQKTDTSDKKLQLIKDYREKVESELRSICTTVLELLDKYLIANATNPESKVFYLKMKGDYFRYLAEVACGDDRKQTIDNSQGAYQEAFDISKKEMQPTHPIRLGLALNFSVFYYEILNNPELACTLAKTAFDEAIAELDTLNEDSYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSDSAG

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CONSENSUS PEPTIDE FOR 14-3-3 PROTEINS
分子量 formula_weight	795.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Q

RQRSAP

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2btpA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 14-3-3 domain

结构域编号 domain_id	2btpB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 14-3-3 domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	61.307 Å
晶胞边长 b length_b	85.964 Å
晶胞边长 c length_c	64.666 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.67 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	59.660 Å
R 因子 r_factor	0.2100
R_work r_work	0.2060
R_free r_free	0.2590

fit	/app/data/saxs_computation/bt/2btp/2btp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bt/2btp/2btp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bt/2btp/2btp.dat

14-3-3 Protein Theta (Human) Complexed to Peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

14-3-3 PROTEIN TAU

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)