2bx9

Crystal structure of B.subtilis Anti-TRAP protein, an antagonist of TRAP-RNA interactions

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRYPTOPHAN RNA-BINDING ATTENUATOR PROTEIN-INHIBITORY PROTEIN

BACILLUS SUBTILIS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 12	ZINC ION × 12 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RTPA_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 B； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 C； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 D； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 E； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 F； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 G； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 H； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 I； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 J； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 K； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 L； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2bx9
沉积日期 deposition_date	2005-07-26
结构标题 title	Crystal structure of B.subtilis Anti-TRAP protein, an antagonist of TRAP-RNA interactions
关键词 keywords	TRANSCRIPTION REGULATION, ANTI-TRAP; TRANSCRIPTION REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2bx9__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2bx9__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2bx9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.44 Å
Rg（电子密度）	26.91 Å
总 Rg	27.85 Å
原子数	4704
残基数	636
排除体积	84845 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2bx9__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TRYPTOPHAN RNA-BINDING ATTENUATOR PROTEIN-INHIBITORY PROTEIN
分子量 formula_weight	5655.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	4847

MVIATDDLEVACPKCERAGEIEGTPCPACSGKGVILTAQGYTLLDFIQKHLNK

来源 Source

来源生物 organism	BACILLUS SUBTILIS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	130

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2bx9A00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	20 — Chaperone, DNAj Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2bx9B00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	20 — Chaperone, DNAj Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2bx9C00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	20 — Chaperone, DNAj Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2bx9D00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	20 — Chaperone, DNAj Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2bx9E00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	20 — Chaperone, DNAj Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2bx9F00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	20 — Chaperone, DNAj Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2bx9G00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	20 — Chaperone, DNAj Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2bx9H00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	20 — Chaperone, DNAj Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2bx9I00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	20 — Chaperone, DNAj Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2bx9J00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	20 — Chaperone, DNAj Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2bx9K00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	20 — Chaperone, DNAj Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2bx9L00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	20 — Chaperone, DNAj Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	51.552 Å
晶胞边长 b length_b	60.125 Å
晶胞边长 c length_c	60.348 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	113.99 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.37 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	100.50 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1970
R_work r_work	0.1920
R_free r_free	0.2960

Crystal structure of B.subtilis Anti-TRAP protein, an antagonist of TRAP-RNA interactions

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRYPTOPHAN RNA-BINDING ATTENUATOR PROTEIN-INHIBITORY PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2bx9__assembly_1__model_1

2bx9__assembly_1__model_1 | I(q)

2bx9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of B.subtilis Anti-TRAP protein, an antagonist of TRAP-RNA interactions

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRYPTOPHAN RNA-BINDING ATTENUATOR PROTEIN-INHIBITORY PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2bx9__assembly_1__model_1

2bx9__assembly_1__model_1 | I(q)

2bx9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)