SAXSdb — 2bx9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRYPTOPHAN RNA-BINDING ATTENUATOR PROTEIN-INHIBITORY PROTEIN

BACILLUS SUBTILIS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–53 链 B； UniProt 1–53 链 C； UniProt 1–53 链 D； UniProt 1–53 链 E； UniProt 1–53 链 F； UniProt 1–53 链 G； UniProt 1–53 链 H； UniProt 1–53 链 I； UniProt 1–53 链 J； UniProt 1–53 链 K； UniProt 1–53 链 L； UniProt 1–53	未记录	ZN ZINC ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；CONDITIONS: 21-23 % (W/V) POLY(ETHYLENE) GLYCOL 5000 MONMETHYL ETHER; 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5; 50 MM MAGNESIUM ACETATE CRYOSOLUTION: 16 % GLYCEROL (V/V) WITH HIGHER CONCENTRATION OF POLY(ETHYLENE) GLYCOL	分辨率 2.80 Å R-free 0.296

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2BX9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2ZP8 The Nature of the TRAP:Anti-TRAP complex 提交 2008-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 E 1–53（53 aa）链 F 1–53（53 aa）链 G 1–53（53 aa）链 H 1–53（53 aa）链 I 1–53（53 aa）链 J 1–53（53 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 12 ZN ZINC ION × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；0.1M bicine pH 9.0, 10-13% PEG 10000, 2% dioxane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.268
2ZP9 The Nature of the TRAP:Anti-TRAP complex 提交 2008-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 H 1–53（53 aa）链 I 1–53（53 aa）链 J 1–53（53 aa）链 M 1–53（53 aa）链 N 1–53（53 aa）链 O 1–53（53 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 12 ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M succinate pH 7.0, 13-15% PEG 10000, 2% dioxane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.325
2ZP9 The Nature of the TRAP:Anti-TRAP complex 提交 2008-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 C 1–53（53 aa）链 D 1–53（53 aa）链 E 1–53（53 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 12 ZN ZINC ION × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M succinate pH 7.0, 13-15% PEG 10000, 2% dioxane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.325

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RTPA_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 B； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 C； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 D； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 E； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 F； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 G； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 H； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 I； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 J； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 K； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53 作者链 L； PDB构建体 1–53； UniProt 1–53

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2bx9
沉积日期 deposition_date	2005-07-26
结构标题 title	Crystal structure of B.subtilis Anti-TRAP protein, an antagonist of TRAP-RNA interactions
关键词 keywords	TRANSCRIPTION REGULATION, ANTI-TRAP; TRANSCRIPTION REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.91 Å
零角强度 I(0) i0	80459200.00
分子量 molecular_weight	68351.0 kDa
排除体积 excluded_volume	84845 Å³
包络体积 envelope_volume	108940 Å³
水化壳体积 shell_volume	33577 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.4 Å
壳层 Rg shell_rg	34.25 Å
包络 Rg envelope_rg	27.07 Å
形状 Rg shape_rg	26.85 Å
总 Rg total_rg	27.85 Å
总原子数 total_atoms	4704
残基数 n_residues	636
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.9 Å
Rg (实空间) rg_real	28.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.0460e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0560e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	80460000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8861
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	39.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.073
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.353
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9357000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.849; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.982

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TRYPTOPHAN RNA-BINDING ATTENUATOR PROTEIN-INHIBITORY PROTEIN
分子量 formula_weight	5655.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	4847

MVIATDDLEVACPKCERAGEIEGTPCPACSGKGVILTAQGYTLLDFIQKHLNK

来源 Source

来源生物 organism	BACILLUS SUBTILIS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	130

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2bx9A00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	20 — Chaperone, DNAj Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2bx9B00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	20 — Chaperone, DNAj Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2bx9C00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	20 — Chaperone, DNAj Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2bx9D00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	20 — Chaperone, DNAj Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2bx9E00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	20 — Chaperone, DNAj Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2bx9F00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	20 — Chaperone, DNAj Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2bx9G00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	20 — Chaperone, DNAj Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2bx9H00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	20 — Chaperone, DNAj Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2bx9I00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	20 — Chaperone, DNAj Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2bx9J00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	20 — Chaperone, DNAj Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2bx9K00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	20 — Chaperone, DNAj Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2bx9L00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	20 — Chaperone, DNAj Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	51.552 Å
晶胞边长 b length_b	60.125 Å
晶胞边长 c length_c	60.348 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	113.99 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.37 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	100.50 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1970
R_work r_work	0.1920
R_free r_free	0.2960

fit	/app/data/saxs_computation/bx/2bx9/2bx9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bx/2bx9/2bx9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bx/2bx9/2bx9.dat

Crystal structure of B.subtilis Anti-TRAP protein, an antagonist of TRAP-RNA interactions

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRYPTOPHAN RNA-BINDING ATTENUATOR PROTEIN-INHIBITORY PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction