2bxw

CRYSTAL STRUCTURE OF RHOGDI Lys(135,138,141)Tyr MUTANT

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 89.5 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 67–204	片段：ISOPRENYL-BINDING DOMAIN, RESIDUES 67-204 突变：YES	FMT FORMIC ACID × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.88；4M NA FORMATE, pH 7.88	分辨率 2.40 Å R-free 0.222
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 67–204	片段：ISOPRENYL-BINDING DOMAIN, RESIDUES 67-204 突变：YES	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.88；4M NA FORMATE, pH 7.88	分辨率 2.40 Å R-free 0.222

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2BXW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CC0 CRYSTAL STRUCTURE OF THE RHOA.GDP-RHOGDI COMPLEX 提交 1999-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–204（204 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；293 K；CRYSTALS GROWN BY VAPOR DIFFUSION IN A SITTING DROP USING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN AND RESERVOIR. CRYSTALLIZATION OCCURED OVER A PERIOD OF SEVERAL DAYS AT 20 DEGREE CELSIUS. PROTEIN (15 MG/ML) WAS IN 25MM TRIS-HCL, PH=8.0, 100MM NACL, 5MM MGCL2. RESERVOIR CONTAINED: 51% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE, PH=5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 5.00 Å
1CC0 CRYSTAL STRUCTURE OF THE RHOA.GDP-RHOGDI COMPLEX 提交 1999-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–204（204 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；293 K；CRYSTALS GROWN BY VAPOR DIFFUSION IN A SITTING DROP USING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN AND RESERVOIR. CRYSTALLIZATION OCCURED OVER A PERIOD OF SEVERAL DAYS AT 20 DEGREE CELSIUS. PROTEIN (15 MG/ML) WAS IN 25MM TRIS-HCL, PH=8.0, 100MM NACL, 5MM MGCL2. RESERVOIR CONTAINED: 51% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE, PH=5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 5.00 Å
1FSO CRYSTAL STRUCTURE OF TRUNCATED HUMAN RHOGDI QUADRUPLE MUTANT 提交 2000-09-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 67–204（138 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN	突变：K135A, K138A, K141A, L196F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；ammonium sulfate and MES buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.232
1FST CRYSTAL STRUCTURE OF TRUNCATED HUMAN RHOGDI TRIPLE MUTANT 提交 2000-09-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–204（181 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN	突变：K135A, K138A, K141A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 3400, isopropanol, HEPES buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.70 Å R-free 0.261
1FST CRYSTAL STRUCTURE OF TRUNCATED HUMAN RHOGDI TRIPLE MUTANT 提交 2000-09-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 24–204（181 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN	突变：K135A, K138A, K141A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 3400, isopropanol, HEPES buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.70 Å R-free 0.261
1FT0 CRYSTAL STRUCTURE OF TRUNCATED HUMAN RHOGDI K113A MUTANT 提交 2000-09-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 67–204（138 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN	突变：K113A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；ammonium sulfate, Na/K tartrate, and sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
1FT0 CRYSTAL STRUCTURE OF TRUNCATED HUMAN RHOGDI K113A MUTANT 提交 2000-09-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 67–204（138 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN	突变：K113A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；ammonium sulfate, Na/K tartrate, and sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
1FT0 CRYSTAL STRUCTURE OF TRUNCATED HUMAN RHOGDI K113A MUTANT 提交 2000-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 67–204（138 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN 链 B 67–204（138 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN	突变：K113A 突变：K113A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；ammonium sulfate, Na/K tartrate, and sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
1FT3 CRYSTAL STRUCTURE OF TRUNCATED RHOGDI K141A MUTANT 提交 2000-09-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 67–204（138 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN	突变：K141A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；ammonium sulfate, Na/K tartrate, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.260
1FT3 CRYSTAL STRUCTURE OF TRUNCATED RHOGDI K141A MUTANT 提交 2000-09-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 67–204（138 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN	突变：K141A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；ammonium sulfate, Na/K tartrate, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.260
1FT3 CRYSTAL STRUCTURE OF TRUNCATED RHOGDI K141A MUTANT 提交 2000-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 67–204（138 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN 链 B 67–204（138 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN	突变：K141A 突变：K141A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；ammonium sulfate, Na/K tartrate, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.260
1FT3 CRYSTAL STRUCTURE OF TRUNCATED RHOGDI K141A MUTANT 提交 2000-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 67–204（138 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN	突变：K141A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；ammonium sulfate, Na/K tartrate, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.260
1HH4 Rac1-RhoGDI complex involved in NADPH oxidase activation 提交 2000-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–204（204 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GER GERAN-8-YL GERAN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；HANGING DROP AT 20C WITH RESERVOIR: 30% PEG 4000, 100 MM NA CITRATE PH=5.6, 5 MM MGCL2, 200 MM AMMONIUM ACETATE, pH 5.60	分辨率 2.70 Å R-free 0.280
1HH4 Rac1-RhoGDI complex involved in NADPH oxidase activation 提交 2000-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–204（204 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GER GERAN-8-YL GERAN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；HANGING DROP AT 20C WITH RESERVOIR: 30% PEG 4000, 100 MM NA CITRATE PH=5.6, 5 MM MGCL2, 200 MM AMMONIUM ACETATE, pH 5.60	分辨率 2.70 Å R-free 0.280
1KMT Crystal structure of RhoGDI Glu(154,155)Ala mutant 提交 2001-12-17	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 64–204（141 aa）	突变：E154A, E155A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；294 K；PEG 4000, Tris-HCl, Lithium sulfate, methylpentane diol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 1.30 Å R-free 0.195
1KMT Crystal structure of RhoGDI Glu(154,155)Ala mutant 提交 2001-12-17	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 64–204（141 aa）	突变：E154A, E155A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；294 K；PEG 4000, Tris-HCl, Lithium sulfate, methylpentane diol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 1.30 Å R-free 0.195
1QVY Crystal structure of RhoGDI K(199,200)R double mutant 提交 2003-08-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 67–204（138 aa）片段：C-terminal domain	突变：K(199,200)R	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；30% PEG 400, 0.1 M Tris, 0.2 M lithium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.0K	分辨率 1.60 Å R-free 0.210
1QVY Crystal structure of RhoGDI K(199,200)R double mutant 提交 2003-08-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 67–204（138 aa）片段：C-terminal domain	突变：K(199,200)R	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；30% PEG 400, 0.1 M Tris, 0.2 M lithium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.0K	分辨率 1.60 Å R-free 0.210
1QVY Crystal structure of RhoGDI K(199,200)R double mutant 提交 2003-08-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 67–204（138 aa）片段：C-terminal domain	突变：K(199,200)R	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；30% PEG 400, 0.1 M Tris, 0.2 M lithium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.0K	分辨率 1.60 Å R-free 0.210
1QVY Crystal structure of RhoGDI K(199,200)R double mutant 提交 2003-08-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 67–204（138 aa）片段：C-terminal domain	突变：K(199,200)R	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；30% PEG 400, 0.1 M Tris, 0.2 M lithium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.0K	分辨率 1.60 Å R-free 0.210
1RHO STRUCTURE OF RHO GUANINE NUCLEOTIDE DISSOCIATION INHIBITOR 提交 1996-10-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 59–203（145 aa）	突变：TRYPSIN PROTEOLYSIS AT R58 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；2 M NH4 SO4 0.1 M TRIS PH 8.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.298
1RHO STRUCTURE OF RHO GUANINE NUCLEOTIDE DISSOCIATION INHIBITOR 提交 1996-10-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 59–203（145 aa）	突变：TRYPSIN PROTEOLYSIS AT R58 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；2 M NH4 SO4 0.1 M TRIS PH 8.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.298
1RHO STRUCTURE OF RHO GUANINE NUCLEOTIDE DISSOCIATION INHIBITOR 提交 1996-10-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 59–203（145 aa）	突变：TRYPSIN PROTEOLYSIS AT R58 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；2 M NH4 SO4 0.1 M TRIS PH 8.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.298
1RHO STRUCTURE OF RHO GUANINE NUCLEOTIDE DISSOCIATION INHIBITOR 提交 1996-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 59–203（145 aa）链 C 59–203（145 aa）	突变：TRYPSIN PROTEOLYSIS AT R58 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：TRYPSIN PROTEOLYSIS AT R58 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；2 M NH4 SO4 0.1 M TRIS PH 8.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.298
1RHO STRUCTURE OF RHO GUANINE NUCLEOTIDE DISSOCIATION INHIBITOR 提交 1996-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 59–203（145 aa）	突变：TRYPSIN PROTEOLYSIS AT R58 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；2 M NH4 SO4 0.1 M TRIS PH 8.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.298
1RHO STRUCTURE OF RHO GUANINE NUCLEOTIDE DISSOCIATION INHIBITOR 提交 1996-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 59–203（145 aa）链 C 59–203（145 aa）	突变：TRYPSIN PROTEOLYSIS AT R58 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：TRYPSIN PROTEOLYSIS AT R58 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；2 M NH4 SO4 0.1 M TRIS PH 8.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.298
1RHO STRUCTURE OF RHO GUANINE NUCLEOTIDE DISSOCIATION INHIBITOR 提交 1996-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 59–203（145 aa）	突变：TRYPSIN PROTEOLYSIS AT R58 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；2 M NH4 SO4 0.1 M TRIS PH 8.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.298
1RHO STRUCTURE OF RHO GUANINE NUCLEOTIDE DISSOCIATION INHIBITOR 提交 1996-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 59–203（145 aa）	突变：TRYPSIN PROTEOLYSIS AT R58 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；2 M NH4 SO4 0.1 M TRIS PH 8.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.298
1RHO STRUCTURE OF RHO GUANINE NUCLEOTIDE DISSOCIATION INHIBITOR 提交 1996-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 59–203（145 aa）链 C 59–203（145 aa）	突变：TRYPSIN PROTEOLYSIS AT R58 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：TRYPSIN PROTEOLYSIS AT R58 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；2 M NH4 SO4 0.1 M TRIS PH 8.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.298
2JHS CRYSTAL STRUCTURE OF RHOGDI K135H,K138H,K141H MUTANT 提交 2007-02-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 66–201（136 aa）片段：ISOPRENYL-BINDING DOMAIN, RESIDUES 66-201	突变：YES	FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；1.4 M SODIUM CITRATE, 100 MM HEPES PH 7.5	分辨率 1.95 Å R-free 0.209
2JHT CRYSTAL STRUCTURE OF RHOGDI K135T,K138T,K141T MUTANT 提交 2007-02-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 66–201（136 aa）片段：ISOPRENYL-BINDING DOMAIN, RESIDUES 66-201	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 1 LI LITHIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；35% PEG 4000 0.2 M LITHIUM SULFATE 0.1M TRIS PH 8.5	分辨率 1.88 Å R-free 0.259
2JHT CRYSTAL STRUCTURE OF RHOGDI K135T,K138T,K141T MUTANT 提交 2007-02-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 66–201（136 aa）片段：ISOPRENYL-BINDING DOMAIN, RESIDUES 66-201	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；35% PEG 4000 0.2 M LITHIUM SULFATE 0.1M TRIS PH 8.5	分辨率 1.88 Å R-free 0.259
2JHT CRYSTAL STRUCTURE OF RHOGDI K135T,K138T,K141T MUTANT 提交 2007-02-23	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 66–201（136 aa）片段：ISOPRENYL-BINDING DOMAIN, RESIDUES 66-201	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；35% PEG 4000 0.2 M LITHIUM SULFATE 0.1M TRIS PH 8.5	分辨率 1.88 Å R-free 0.259
2JHT CRYSTAL STRUCTURE OF RHOGDI K135T,K138T,K141T MUTANT 提交 2007-02-23	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 66–201（136 aa）片段：ISOPRENYL-BINDING DOMAIN, RESIDUES 66-201	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；35% PEG 4000 0.2 M LITHIUM SULFATE 0.1M TRIS PH 8.5	分辨率 1.88 Å R-free 0.259
2JHU CRYSTAL STRUCTURE OF RHOGDI E154A,E155A MUTANT 提交 2007-02-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 66–201（136 aa）片段：ISOPRENYL-BINDING DOMAIN, RESIDUES 66-201	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；2.0 M AMMONIUM SULFATE 0.2 M SODIUM CHLORIDE 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5	分辨率 1.65 Å R-free 0.233
2JHU CRYSTAL STRUCTURE OF RHOGDI E154A,E155A MUTANT 提交 2007-02-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 66–201（136 aa）片段：ISOPRENYL-BINDING DOMAIN, RESIDUES 66-201	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；2.0 M AMMONIUM SULFATE 0.2 M SODIUM CHLORIDE 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5	分辨率 1.65 Å R-free 0.233
2JHV CRYSTAL STRUCTURE OF RHOGDI E154A,E155A MUTANT 提交 2007-02-23	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 66–201（136 aa）片段：ISOPRENYL-BINDING DOMAIN, RESIDUES 66-201	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；2.0 M AMMONIUM SULFATE 0.2 M SODIUM CHLORIDE 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5	分辨率 2.07 Å R-free 0.257
2JHV CRYSTAL STRUCTURE OF RHOGDI E154A,E155A MUTANT 提交 2007-02-23	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 66–201（136 aa）片段：ISOPRENYL-BINDING DOMAIN, RESIDUES 66-201	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；2.0 M AMMONIUM SULFATE 0.2 M SODIUM CHLORIDE 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5	分辨率 2.07 Å R-free 0.257
2JHV CRYSTAL STRUCTURE OF RHOGDI E154A,E155A MUTANT 提交 2007-02-23	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 66–201（136 aa）片段：ISOPRENYL-BINDING DOMAIN, RESIDUES 66-201	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；2.0 M AMMONIUM SULFATE 0.2 M SODIUM CHLORIDE 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5	分辨率 2.07 Å R-free 0.257
2JHV CRYSTAL STRUCTURE OF RHOGDI E154A,E155A MUTANT 提交 2007-02-23	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 66–201（136 aa）片段：ISOPRENYL-BINDING DOMAIN, RESIDUES 66-201	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；2.0 M AMMONIUM SULFATE 0.2 M SODIUM CHLORIDE 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5	分辨率 2.07 Å R-free 0.257
2JHV CRYSTAL STRUCTURE OF RHOGDI E154A,E155A MUTANT 提交 2007-02-23	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 66–201（136 aa）片段：ISOPRENYL-BINDING DOMAIN, RESIDUES 66-201	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；2.0 M AMMONIUM SULFATE 0.2 M SODIUM CHLORIDE 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5	分辨率 2.07 Å R-free 0.257
2JHV CRYSTAL STRUCTURE OF RHOGDI E154A,E155A MUTANT 提交 2007-02-23	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 66–201（136 aa）片段：ISOPRENYL-BINDING DOMAIN, RESIDUES 66-201	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；2.0 M AMMONIUM SULFATE 0.2 M SODIUM CHLORIDE 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5	分辨率 2.07 Å R-free 0.257
2JHW CRYSTAL STRUCTURE OF RHOGDI E155A, E157A MUTANT 提交 2007-02-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 66–201（136 aa）片段：ISOPRENYL-BINDING DOMAIN, RESIDUES 66-201	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；2M AMMONIUM SULFATE, pH 8.00	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
2JHW CRYSTAL STRUCTURE OF RHOGDI E155A, E157A MUTANT 提交 2007-02-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 66–201（136 aa）片段：ISOPRENYL-BINDING DOMAIN, RESIDUES 66-201	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；2M AMMONIUM SULFATE, pH 8.00	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
2JHX CRYSTAL STRUCTURE OF RHOGDI E155H, E157H MUTANT 提交 2007-02-23	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 66–201（136 aa）片段：ISOPRENYL-BINDING DOMAIN, RESIDUES 66-201	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；1.4 M SODIUM CITRATE 0.1 M HEPES PH 7.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.219
2JHX CRYSTAL STRUCTURE OF RHOGDI E155H, E157H MUTANT 提交 2007-02-23	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 66–201（136 aa）片段：ISOPRENYL-BINDING DOMAIN, RESIDUES 66-201	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；1.4 M SODIUM CITRATE 0.1 M HEPES PH 7.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.219
2JHY CRYSTAL STRUCTURE OF RHOGDI E155H, E157H MUTANT 提交 2007-02-23	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 66–201（136 aa）片段：ISOPRENYL-BINDING DOMAIN, RESIDUES 66-201	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；1.4 M SODIUM CITRATE 0.1 M HEPES PH 7.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.250
2JHZ CRYSTAL STRUCTURE OF RHOGDI E155S, E157S MUTANT 提交 2007-02-23	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 66–201（136 aa）片段：ISOPRENYL-BINDING DOMAIN, RESIDUES 66-201	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；1.4 M SODIUM CITRATE 0.1 M HEPES PH 7.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.228
2JHZ CRYSTAL STRUCTURE OF RHOGDI E155S, E157S MUTANT 提交 2007-02-23	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 66–201（136 aa）片段：ISOPRENYL-BINDING DOMAIN, RESIDUES 66-201	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；1.4 M SODIUM CITRATE 0.1 M HEPES PH 7.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.228
2JI0 CRYSTAL STRUCTURE OF RHOGDI K138Y, K141Y MUTANT 提交 2007-02-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 66–201（136 aa）片段：ISOPRENYL-BINDING DOMAIN, RESIDUES 66-201	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；32% PEG 8000, 0.22M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH6.5, pH 7.50	分辨率 2.10 Å R-free 0.259
2N80 p75NTR DD:RhoGDI 提交 2015-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 31–204（174 aa）片段：UNP residues 31-204	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.9；301 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] p75NTR DD-1, 1 mM [U-98% 2H] DTT-2, 10 mM [U-98% 2H] HEPES-3, 1 mM EDTA-4, 1 mM sodium azide-5, 2 mM RhoGDI-6, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RhoGDI-7, 2 mM p75NTR DD-8, 1 mM [U-98% 2H] DTT-9, 10 mM [U-98% 2H] HEPES-10, 1 mM EDTA-11, 1 mM sodium azide-12, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
8X8T NMR structure of p75NTR juxtamembrane domain in complex with RhoGDI N-terminal domain containing a phosphorylation-mimicking S34D mutation 提交 2023-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–60（59 aa）	突变：S34D	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1 NMR样品组成 0.8 mM [U-13C; U-15N] RhoGDI-NTD, 2.4 mM NA p75NTR-JMD, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 mM [U-13C; U-15N] p75NTR-JMD, 2.4 mM NA RhoGDI-NTD, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

共 20 个其他 PDB 条目、52 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GDIR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–141； UniProt 67–204 作者链 B； PDB构建体 4–141； UniProt 67–204

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2bxw
沉积日期 deposition_date	2005-07-27
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF RHOGDI Lys(135,138,141)Tyr MUTANT
关键词 keywords	INHIBITOR, CRYSTAL ENGINEERING, RATIONAL SURFACE MUTAGENESIS, GTPASE ACTIVATION; INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.93 Å
零角强度 I(0) i0	16882900.00
分子量 molecular_weight	31932.0 kDa
排除体积 excluded_volume	40257 Å³
包络体积 envelope_volume	49063 Å³
水化壳体积 shell_volume	18448 Å³
包络直径 envelope_diameter	91.3 Å
壳层 Rg shell_rg	28.92 Å
包络 Rg envelope_rg	25.42 Å
形状 Rg shape_rg	24.88 Å
总 Rg total_rg	25.59 Å
总原子数 total_atoms	2252
残基数 n_residues	276
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.5 Å
Rg (实空间) rg_real	25.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6880e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4570e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	16880000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7634
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.658
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.167
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4830000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.543; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.505; Smooth: 0.787

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1
分子量 formula_weight	16199.4 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2465

GAMVPNVVVTGLTLVCSSAPGPLELDLTGDLESFKKQSFVLKEGVEYRIKISFRVNREIVSGMKYIQHTYRYGVYIDYTDYMVGSYGPRAEEYEFLTPVEEAPKGMLARGSYSIKSRFTDDDKTDHLSWEWNLTIKKDWKD

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	213

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2bxwa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.8 — RhoGDI-like

结构域编号 domain_id	d2bxwb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.8 — RhoGDI-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2bxwA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Coagulation Factor XIII, subunit A, domain 1

结构域编号 domain_id	2bxwB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Coagulation Factor XIII, subunit A, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	77.308 Å
晶胞边长 b length_b	77.308 Å
晶胞边长 c length_c	171.659 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	66.960 Å
R 因子 r_factor	0.1800
R_work r_work	0.1780
R_free r_free	0.2220

fit	/app/data/saxs_computation/bx/2bxw/2bxw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bx/2bxw/2bxw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bx/2bxw/2bxw.dat