2byo

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis lipoprotein LppX (Rv2945c)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 60.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2byo
沉积日期 deposition_date	2005-08-03
结构标题 title	Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis lipoprotein LppX (Rv2945c)
关键词 keywords	LIPOPROTEIN, LIPID TRANSPORT, PALMITATE; LIPOPROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.41 Å
零角强度 I(0) i0	8227770.00
分子量 molecular_weight	20745.0 kDa
排除体积 excluded_volume	25844 Å³
包络体积 envelope_volume	29830 Å³
水化壳体积 shell_volume	15562 Å³
包络直径 envelope_diameter	59.2 Å
壳层 Rg shell_rg	22.08 Å
包络 Rg envelope_rg	16.40 Å
形状 Rg shape_rg	16.37 Å
总 Rg total_rg	17.50 Å
总原子数 total_atoms	1438
残基数 n_residues	183
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.1 Å
Rg (实空间) rg_real	17.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.2280e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0500e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8228000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8682
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.134
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.257
角度范围 angular_range	— – 0.4450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1049000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.764; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.992

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	LIPOPROTEIN LPPX
分子量 formula_weight	21532.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1565

CSSPKPDAEEQGVPVSPTASDPALLAEIRQSLDATKGLTSVHVAVRTTGKVDSLLGITSADVDVRANPLAAKGVCTYNDEQGVPFRVQGDNISVKLFDDWSNLGSISELSTSRVLDPAAGVTQLLSGVTNLQAQGTEVIDGISTTKITGTIPASSVKMLDPGAKSARPATVWIAQDGSHHLVRASIDLGSGSIQLTQSKWNEPVNVD

来源 Source

来源生物 organism	MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	DOCOSA-4,7,10,13,16,19-HEXAENOIC ACID
分子量 formula_weight	328.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	ALPHA-LINOLENIC ACID
分子量 formula_weight	278.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	OXALOACETATE ION
分子量 formula_weight	131.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	D-MALATE
分子量 formula_weight	134.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	127

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2byoa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.125 — LolA-like prokaryotic lipoproteins and lipoprotein localization factors
超家族 Superfamily superfamily	b.125.1 — Prokaryotic lipoproteins and lipoprotein localization factors
家族 Family family	b.125.1.3 — LppX-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2byoA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	50 — Clam
拓扑 Topology topology	20 — outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	54.257 Å
晶胞边长 b length_b	54.257 Å
晶胞边长 c length_c	269.983 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	19.140 Å
R 因子 r_factor	0.1890
R_work r_work	0.1850
R_free r_free	0.2240

fit	/app/data/saxs_computation/by/2byo/2byo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/by/2byo/2byo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/by/2byo/2byo.dat