2c1e

Crystal structures of caspase-3 in complex with aza-peptide Michael acceptor inhibitors.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 69.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2c1e
沉积日期 deposition_date	2005-09-14
结构标题 title	Crystal structures of caspase-3 in complex with aza-peptide Michael acceptor inhibitors.
关键词 keywords	;APOPTOSIS, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX, CYSTEINE-PROTEASE, THIOL PROTEASE, ZYMOGEN, CPP32, YAMA, AZA-PEPTIDE, MICHAEL ACCEPTOR, AZA-ASP, CLAN CD ;; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.95 Å
零角强度 I(0) i0	15553500.00
分子量 molecular_weight	29159.0 kDa
排除体积 excluded_volume	36286 Å³
包络体积 envelope_volume	43683 Å³
水化壳体积 shell_volume	19245 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.6 Å
壳层 Rg shell_rg	25.73 Å
包络 Rg envelope_rg	20.14 Å
形状 Rg shape_rg	18.93 Å
总 Rg total_rg	19.98 Å
总原子数 total_atoms	2045
残基数 n_residues	253
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	69.8 Å
Rg (实空间) rg_real	20.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5550e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0360e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15550000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7821
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	24.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.415
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.070
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2444000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.728; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	CASPASE-3 SUBUNIT P17
分子量 formula_weight	16639.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2459

SGISLDNSYKMDYPEMGLCIIINNKNFHKSTGMTSRSGTDVDAANLRETFRNLKYEVRNKNDLTREEIVELMRDVSKEDHSKRSSFVCVLLSHGEEGIIFGTNGPVDLKKITNFFRGDRCRSLTGKPKLFIIQACRGTELDCGIETD

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 2 polymer

描述 description	CASPASE-3 SUBUNIT P12
分子量 formula_weight	11981.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ASGVDDDMACHKIPVEADFLYAYSTAPGYYSWRNSKDGSWFIQSLCAMLKQYADKLEFMHILTRVNRKVATEFESFSFDATFHAKKQIPCIVSMLTKELYFYH

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 3 polymer

描述 description	;AZA-PEPTIDE INHIBITOR (5S, 8R, 11S)-8-(2-CARBOXYETHYL)-5-(CARBOXYMETHYL)-14-(4-ETHOXY-4-OXOBUTANOYL)-11-(1-METHYLETHYL)-3,6,9,12-TETRAOXO-1-PHENYL-2-OXA-4,7,10,13,14-PENTAAZAHEXADECAN -16-OIC ACID ;
分子量 formula_weight	714.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

XDEVX

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	414

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2c1eA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	2c1eB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1470 — Caspase-like

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	66.800 Å
晶胞边长 b length_b	83.820 Å
晶胞边长 c length_c	96.360 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.770 Å
最低分辨率 resolution_low	19.650 Å
R 因子 r_factor	0.1630
R_work r_work	0.1630
R_free r_free	0.1880

fit	/app/data/saxs_computation/c1/2c1e/2c1e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c1/2c1e/2c1e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c1/2c1e/2c1e.dat

Crystal structures of caspase-3 in complex with aza-peptide Michael acceptor inhibitors.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)