SAXSdb — 2c1l

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2c1l
沉积日期 deposition_date	2005-09-15
结构标题 title	Structure of the BfiI restriction endonuclease
关键词 keywords	BFII, RESTRICTION ENDONUCLEASE, DOMAIN FUSION, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.69 Å
零角强度 I(0) i0	114074000.00
分子量 molecular_weight	81751.0 kDa
排除体积 excluded_volume	101120 Å³
包络体积 envelope_volume	121110 Å³
水化壳体积 shell_volume	36527 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.5 Å
壳层 Rg shell_rg	34.93 Å
包络 Rg envelope_rg	27.85 Å
形状 Rg shape_rg	27.68 Å
总 Rg total_rg	28.38 Å
总原子数 total_atoms	5758
残基数 n_residues	716
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.2 Å
Rg (实空间) rg_real	28.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1410e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6820e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	114100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8422
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.455
峰度 Kurtosis kurtosis	0.015
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	49460000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.683; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.928; Smooth: 0.967

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	RESTRICTION ENDONUCLEASE
分子量 formula_weight	40041.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.21.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6457

MNFFSLHPNVYATGRPKGLIGMLENVWVSNHTPGEGTLYLISGFSNYNGGVRFYETFTEHINQGGRVIAILGGSTSQRLSSRQVVEELLNRGVEVHIINRKRILHAKLYGTSNNLGESLVVSSGNFTGPGMSQNIEASLLLDNNTTQSMGFSWNDMISEMLNQNWHIHNMTNATDASPGWNLLYDERTTNLTLDETERVTLIVTLGHADTARIQAAPGTTAGQGTQYFWLSKDSYDFFPPLTIRNRRGTKATYSSLINMNYIDINYTDTQCRVTFEAENNFDFRLGTGKLRYTGVAKSNDIAAITRVGDSDYELRIIKQGTPEHSQLDPYAVSFIGNRGKRFGYISNEEFGRIIGVTF

来源 Source

来源生物 organism	BACILLUS FIRMUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1399
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	L(+)-TARTARIC ACID
分子量 formula_weight	150.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	S,R MESO-TARTARIC ACID
分子量 formula_weight	150.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	D(-)-TARTARIC ACID
分子量 formula_weight	150.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	BICARBONATE ION
分子量 formula_weight	61.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	480

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2c1lA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	870 — Endonuclease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Endonuclease Chain A

结构域编号 domain_id	2c1lA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	330 — At1g16640 B3 domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	2c1lB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	870 — Endonuclease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Endonuclease Chain A

结构域编号 domain_id	2c1lB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	330 — At1g16640 B3 domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	138.925 Å
晶胞边长 b length_b	138.925 Å
晶胞边长 c length_c	94.135 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 4
空间群编号 int_tables_number	79
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	28.010 Å
R 因子 r_factor	0.1880
R_work r_work	0.1880
R_free r_free	0.2170

fit	/app/data/saxs_computation/c1/2c1l/2c1l.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c1/2c1l/2c1l.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c1/2c1l/2c1l.dat

Structure of the BfiI restriction endonuclease

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution