2c2l

Crystal structure of the CHIP U-box E3 ubiquitin ligase

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CARBOXY TERMINUS OF HSP70-INTERACTING PROTEIN

MUS MUSCULUS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	HSP90 × 1 （Q96HX7） SULFATE ION × 3 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	HSP90 × 1 （Q96HX7） SULFATE ION × 2 NICKEL (II) ION × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	HSP90 × 1 （Q96HX7） SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	HSP90 × 1 （Q96HX7） SULFATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9DCJ0_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–281； UniProt 24–304 作者链 B； PDB构建体 1–281； UniProt 24–304 作者链 C； PDB构建体 1–281； UniProt 24–304 作者链 D； PDB构建体 1–281； UniProt 24–304

HSP90

物种未注明

UniProt Q96HX7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	CARBOXY TERMINUS OF HSP70-INTERACTING PROTEIN × 1 （Q9DCJ0） SULFATE ION × 3 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	CARBOXY TERMINUS OF HSP70-INTERACTING PROTEIN × 1 （Q9DCJ0） SULFATE ION × 2 NICKEL (II) ION × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	CARBOXY TERMINUS OF HSP70-INTERACTING PROTEIN × 1 （Q9DCJ0） SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	CARBOXY TERMINUS OF HSP70-INTERACTING PROTEIN × 1 （Q9DCJ0） SULFATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q96HX7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–9； UniProt 414–422 作者链 F； PDB构建体 1–9； UniProt 414–422 作者链 G； PDB构建体 1–9； UniProt 414–422 作者链 H； PDB构建体 1–9； UniProt 414–422

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2c2l
沉积日期 deposition_date	2005-09-29
结构标题 title	Crystal structure of the CHIP U-box E3 ubiquitin ligase
关键词 keywords	CHAPERONE, E3 LIGASE, UBIQUITINYLATION, TPR, HEAT-SHOCK PROTEIN COMPLEX; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2c2l__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2c2l__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2c2l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.47 Å
Rg（电子密度）	27.78 Å
总 Rg	28.23 Å
原子数	2383
残基数	290
排除体积	41684 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2c2l__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2c2l__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2c2l__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2c2l__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CARBOXY TERMINUS OF HSP70-INTERACTING PROTEIN
分子量 formula_weight	32728.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	9521

SPSAQELKEQGNRLFVGRKYPEAAACYGRAITRNPLVAVYYTNRALCYLKMQQPEQALADCRRALELDGQSVKAHFFLGQCQLEMESYDEAIANLQRAYSLAKEQRLNFGDDIPSALRIAKKKRWNSIEERRIHQESELHSYLTRLIAAERERELEECQRNHEGHEDDGHIRAQQACIEAKHDKYMADMDELFSQVDEKRKKRDIPDYLCGKISFELMREPCITPSGITYDRKDIEEHLQRVGHFNPVTRSPLTQEQLIPNLAMKEVIDAFISENGWVEDY

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HSP90
分子量 formula_weight	1082.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

DTSRMEEVD

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d2c2la1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.8 — TPR-like
家族 Family family	a.118.8.1 — Tetratricopeptide repeat (TPR)

结构域编号 domain_id	d2c2la2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.44 — RING/U-box
超家族 Superfamily superfamily	g.44.1 — RING/U-box
家族 Family family	g.44.1.2 — U-box

结构域编号 domain_id	d2c2lb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.8 — TPR-like
家族 Family family	a.118.8.1 — Tetratricopeptide repeat (TPR)

结构域编号 domain_id	d2c2lb2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.44 — RING/U-box
超家族 Superfamily superfamily	g.44.1 — RING/U-box
家族 Family family	g.44.1.2 — U-box

结构域编号 domain_id	d2c2lc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.8 — TPR-like
家族 Family family	a.118.8.1 — Tetratricopeptide repeat (TPR)

结构域编号 domain_id	d2c2lc2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.44 — RING/U-box
超家族 Superfamily superfamily	g.44.1 — RING/U-box
家族 Family family	g.44.1.2 — U-box

结构域编号 domain_id	d2c2ld1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.8 — TPR-like
家族 Family family	a.118.8.1 — Tetratricopeptide repeat (TPR)

结构域编号 domain_id	d2c2ld2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.44 — RING/U-box
超家族 Superfamily superfamily	g.44.1 — RING/U-box
家族 Family family	g.44.1.2 — U-box

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2c2lA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

结构域编号 domain_id	2c2lA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	2c2lB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

结构域编号 domain_id	2c2lB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	2c2lC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

结构域编号 domain_id	2c2lC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	2c2lD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

结构域编号 domain_id	2c2lD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

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晶胞边长 a length_a	76.042 Å
晶胞边长 b length_b	204.406 Å
晶胞边长 c length_c	144.709 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.75 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.2475
R_work r_work	0.2475
R_free r_free	0.2859

Crystal structure of the CHIP U-box E3 ubiquitin ligase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CARBOXY TERMINUS OF HSP70-INTERACTING PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

HSP90

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2c2l__assembly_1__model_1

2c2l__assembly_1__model_1 | I(q)

2c2l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the CHIP U-box E3 ubiquitin ligase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CARBOXY TERMINUS OF HSP70-INTERACTING PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

HSP90

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2c2l__assembly_1__model_1

2c2l__assembly_1__model_1 | I(q)

2c2l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)