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2c3o

CRYSTAL STRUCTURE OF THE FREE RADICAL INTERMEDIATE OF PYRUVATE:FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE FROM Desulfovibrio africanus

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 126.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE

物种未注明

UniProt P94692

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–1232 链 B； UniProt 2–1232 未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 PYR PYRUVIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；10% PEG6000, 100MM MGCL2, 100 MM NA CACODYLATE PH 6 分辨率 2.70 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2C3O Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1B0P CRYSTAL STRUCTURE OF PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE FROM DESULFOVIBRIO AFRICANUS 提交 1998-11-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–1232（1231 aa）
链 B 2–1232（1231 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: PEG6000 11% MGCL2 100MM CACODYLATE 100MM PH 6.0
分辨率 2.31 Å R-free 0.271
1KEK Crystal Structure of the Free Radical Intermediate of Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase 提交 2001-11-16 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–1232（1231 aa）
链 B 2–1232（1231 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 HTL 2-ACETYL-THIAMINE DIPHOSPHATE × 2 CO2 CARBON DIOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；PEG 6000 10-15%, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.227
2C3M Crystal Structure Of Pyruvate-Ferredoxin Oxidoreductase From Desulfovibrio africanus 提交 2005-10-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–1232（1231 aa）
链 B 2–1232（1231 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 2 CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 9；10% PEG6000, 100MM MGCL2, 100MM TRIS-HCL PH9, pH 9.00
分辨率 1.84 Å R-free 0.222
2C3P CRYSTAL STRUCTURE OF THE FREE RADICAL INTERMEDIATE OF PYRUVATE:FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE FROM Desulfovibrio africanus 提交 2005-10-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–1232（1231 aa）
链 B 2–1232（1231 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 1TP 1-(2-{(2S,4R,5R)-3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-2-[(1S)-1-CARBOXY-1-HYDROXYETHYL]-4-METHYL-1,3-THIAZOLIDIN-5-YL}ETHOXY)-1,1,3,3-TETRAHYDROXY-1LAMBDA~5~-DIPHOSPHOX-1-EN-2-IUM 3-OXIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；10% PEG6000, 100MM MGCL2, 100MM NA CACODYLATE PH 6
分辨率 2.33 Å R-free 0.223
2C3U Crystal Structure Of Pyruvate-Ferredoxin Oxidoreductase From Desulfovibrio africanus, Oxygen inhibited form 提交 2005-10-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–1232（1231 aa）
链 B 2–1232（1231 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 2TP 2-(3-{[4-(HYDROXYAMINO)-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL]METHYL}-4-METHYL-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL)ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 2 PYR PYRUVIC ACID × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 9；10% PEG6000, 100MM MGCL2, 100MM TRIS-HCL PH 9
分辨率 2.32 Å R-free 0.238
2C3Y CRYSTAL STRUCTURE OF THE RADICAL FORM OF PYRUVATE:FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE FROM Desulfovibrio africanus 提交 2005-10-13 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–1232（1231 aa）
链 B 2–1232（1231 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 HTL 2-ACETYL-THIAMINE DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 CO2 CARBON DIOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 9；10% PEG6000, 100MM MGCL2, 100MM TRIS-HCL PH 9
分辨率 1.93 Å R-free 0.228
2C42 Crystal Structure Of Pyruvate-Ferredoxin Oxidoreductase From Desulfovibrio africanus 提交 2005-10-14 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–1232（1231 aa）
链 B 2–1232（1231 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 2 PYR PYRUVIC ACID × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；10% PEG6000, 100MM MGCL2, 100MM NA CACODYLATE, 5% DTT, pH 6.00
分辨率 1.78 Å R-free 0.219
2PDA CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE FROM DESULFOVIBRIO AFRICANUS AND PYRUVATE. 提交 1998-11-10 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–1232（1231 aa）
链 B 2–1232（1231 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 2 PYR PYRUVIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.2；PEG6000 11% MGCL2 100MM CACODYLATE 100MM PH 6.2 PYRUVATE 100MM
分辨率 3.00 Å R-free 0.297
2UZA CRYSTAL STRUCTURE OF THE FREE RADICAL INTERMEDIATE OF PYRUVATE:FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE FROM DESULFOVIBRIO AFRICANUS 提交 2007-04-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–1232（1231 aa） 片段：RESIDUES 2-1232
链 B 2–1232（1231 aa） 片段：RESIDUES 2-1232
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 HTL 2-ACETYL-THIAMINE DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 CO2 CARBON DIOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；10% PEG6000, 100MM MGCL2, 100MM NA CACODYLATE PH 6
分辨率 2.42 Å R-free 0.226
7PLM CryoEM reconstruction of pyruvate ferredoxin oxidoreductase (PFOR) in anaerobic conditions 提交 2021-08-31 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1232（1232 aa）
链 B 1–1232（1232 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 6 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 2 CA CALCIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 PROPANE
分辨率 2.90 Å

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 P94692_DESAF
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–1231； UniProt 2–1232 作者链 B； PDB构建体 1–1231； UniProt 2–1232

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2c3o

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2c3o
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2c3o
沉积日期 deposition_date2005-10-11
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF THE FREE RADICAL INTERMEDIATE OF PYRUVATE:FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE FROM Desulfovibrio africanus
关键词 keywords;OXIDOREDUCTASE, 4FE-4S, IRON, IRON-SULFUR, IRON-SULFUR CLUSTER, PYRUVATE CATABOLISM, TPP-DEPENDENT ENZYME, METAL-BINDING, ELECTRON TRANSPORT ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier38.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.55 Å
零角强度 I(0) i01106540000.00
分子量 molecular_weight270350.0 kDa
排除体积 excluded_volume336500 ų
包络体积 envelope_volume402520 ų
水化壳体积 shell_volume80884 ų
包络直径 envelope_diameter133.0 Å
壳层 Rg shell_rg47.86 Å
包络 Rg envelope_rg39.22 Å
形状 Rg shape_rg38.53 Å
总 Rg total_rg39.05 Å
总原子数 total_atoms18882
残基数 n_residues2462
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax126.7 Å
Rg (实空间) rg_real38.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1070e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7190e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1107000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8722
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary46.3 Å
偏度 Skewness skewness0.296
峰度 Kurtosis kurtosis-0.245
角度范围 angular_range— – 0.2050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha311700000.0000
实空间数据点数 n_real_points42
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.841; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.829
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_idd2c3oa1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamilyc.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family familyc.36.1.8 — PFOR Pyr module
结构域编号 domain_idd2c3oa2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamilyc.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family familyc.36.1.12 — PFOR PP module
结构域编号 domain_idd2c3oa3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.48 — TK C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.48.1 — TK C-terminal domain-like
家族 Family familyc.48.1.3 — Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase, PFOR, domain II
结构域编号 domain_idd2c3oa4
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.64 — Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase, PFOR, domain III
超家族 Superfamily superfamilyc.64.1 — Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase, PFOR, domain III
家族 Family familyc.64.1.1 — Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase, PFOR, domain III
结构域编号 domain_idd2c3oa5
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.1 — 4Fe-4S ferredoxins
家族 Family familyd.58.1.5 — Ferredoxin domains from multidomain proteins
结构域编号 domain_idd2c3ob1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamilyc.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family familyc.36.1.8 — PFOR Pyr module
结构域编号 domain_idd2c3ob2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamilyc.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family familyc.36.1.12 — PFOR PP module
结构域编号 domain_idd2c3ob3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.48 — TK C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.48.1 — TK C-terminal domain-like
家族 Family familyc.48.1.3 — Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase, PFOR, domain II
结构域编号 domain_idd2c3ob4
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.64 — Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase, PFOR, domain III
超家族 Superfamily superfamilyc.64.1 — Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase, PFOR, domain III
家族 Family familyc.64.1.1 — Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase, PFOR, domain III
结构域编号 domain_idd2c3ob5
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.1 — 4Fe-4S ferredoxins
家族 Family familyd.58.1.5 — Ferredoxin domains from multidomain proteins

CATH v4.4 (14 domains)

结构域编号 domain_id2c3oA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains
结构域编号 domain_id2c3oA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily920 —
结构域编号 domain_id2c3oA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology920 — Pyruvate-ferredoxin Oxidoreductase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase, PFOR, domain III
结构域编号 domain_id2c3oA04
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology780 — Pyruvate-ferredoxin Oxidoreductase; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase, EKR domain
结构域编号 domain_id2c3oA05
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id2c3oA06
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains
结构域编号 domain_id2c3oA07
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology790 — Pyruvate-ferredoxin Oxidoreductase; domain 7
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pyruvate-ferredoxin Oxidoreductase; domain 7
结构域编号 domain_id2c3oB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains
结构域编号 domain_id2c3oB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily920 —
结构域编号 domain_id2c3oB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology920 — Pyruvate-ferredoxin Oxidoreductase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase, PFOR, domain III
结构域编号 domain_id2c3oB04
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology780 — Pyruvate-ferredoxin Oxidoreductase; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase, EKR domain
结构域编号 domain_id2c3oB05
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id2c3oB06
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains
结构域编号 domain_id2c3oB07
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology790 — Pyruvate-ferredoxin Oxidoreductase; domain 7
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pyruvate-ferredoxin Oxidoreductase; domain 7
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)