SAXSdb — 2c3z

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

INDOLE-3-GLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE

SULFOLOBUS SOLFATARICUS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 27–248	片段：DELTA(1-26), RESIDUES 27-248	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：30% PEG8000 0.2 M AMMONIUM SULFATE 0.1 M MES, PH 6.5	分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2C3Z	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A53 COMPLEX OF INDOLE-3-GLYCEROLPHOSPHATE SYNTHASE FROM SULFOLOBUS SOLFATARICUS WITH INDOLE-3-GLYCEROLPHOSPHATE AT 2.0 A RESOLUTION 提交 1998-02-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–248（247 aa）	未记录	IGP INDOLE-3-GLYCEROL PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.212
1IGS INDOLE-3-GLYCEROLPHOSPHATE SYNTHASE FROM SULFOLOBUS SOLFATARICUS AT 2.0 A RESOLUTION 提交 1995-08-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–248（248 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；pH 5.	分辨率 2.00 Å
1JUK INDOLE-3-GLYCEROLPHOSPHATE SYNTHASE FROM SULFOLOBUS SOLFATARICUS IN A TRIGONAL CRYSTAL FORM 提交 1996-05-03	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–248（248 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 2.50 Å
1JUL INDOLE-3-GLYCEROLPHOSPHATE SYNTHASE FROM SULFOLOBUS SOLFATARICUS IN A SECOND ORTHORHOMBIC CRYSTAL FORM 提交 1996-05-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–248（248 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.00 Å
1LBF CRYSTAL STRUCTURE OF INDOLE-3-GLYCEROL PHOSPHATE SYNTASE (IGPS)WITH REDUCED 1-(O-CABOXYPHENYLAMINO)-1-DEOXYRIBULOSE 5-PHOSPHATE (RCDRP) 提交 2002-04-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–248（247 aa）	未记录	137 1-(O-CARBOXY-PHENYLAMINO)-1-DEOXY-D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；30% ammonium sulphate, 50 mM phosphate buffer, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.05 Å R-free 0.225
1LBL Crystal structure of indole-3-glycerol phosphate synthase (IGPS) in complex with 1-(o-carboxyphenylamino)-1-deoxyribulose 5'-phosphate (CdRP) 提交 2002-04-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–248（247 aa）	未记录	137 1-(O-CARBOXY-PHENYLAMINO)-1-DEOXY-D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；279 K；1.2M ammonium sulphate, 50 mM potassium phosphate buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 2.40 Å R-free 0.247
3NYZ Crystal Structure of Kemp Elimination Catalyst 1A53-2 提交 2010-07-15	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–248（248 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；0.1 bis-tris, 0.2 M ammonium acetate, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.51 Å R-free 0.251
3NYZ Crystal Structure of Kemp Elimination Catalyst 1A53-2 提交 2010-07-15	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–248（248 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；0.1 bis-tris, 0.2 M ammonium acetate, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.51 Å R-free 0.251
3NZ1 Crystal Structure of Kemp Elimination Catalyst 1A53-2 Complexed with Transition State Analog 5-Nitro Benzotriazole 提交 2010-07-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–248（248 aa）	突变：E51A, S81A, L83A, K110W, L131A, L157A, E159V, G178E, N180A, E210W, S211Q, L231G	3NY 5-nitro-1H-benzotriazole × 1 SO4 SULFATE ION × 6 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；0.2 potassium sodium tartrate, 2M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate/citric acid, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.56 Å R-free 0.210
3TC6 Crystal Structure of Engineered Protein. Northeast Structural Genomics Consortium Target OR63. 提交 2011-08-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–247（247 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 Microbatch crystallization under oil；pH 5；277 K；40% PEG 400, 0.1 M Sodium phosphate monobasic, 0.1 M Sodium acetate, pH 5.0, Microbatch crystallization under oil, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.198
3TC7 Crystal Structure of Engineered Protein. Northeast Structural Genomics Consortium Target OR62. 提交 2011-08-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–247（247 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 Microbatch crystallization under oil；pH 5；277 K；40 % PEG 400, 0.1 M Ammonium phosphate monobasic, 0.1 M Sodium acetate, pH 5.0, Microbatch crystallization under oil, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.193
4A2R Structure of the engineered retro-aldolase RA95.5-5 提交 2011-09-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–245（245 aa）片段：TIM-BARREL FOLD, RESIDUES 1-245	突变：YES	3NK 1-(6-METHOXYNAPHTHALEN-2-YL)BUTANE-1,3-DIONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；301 K；0.1 M TRIS PH 8.5, 0.2 M NA2HPO4, 23% W/V PEG3350, 28 DEGREES CELSIUS.	分辨率 1.30 Å R-free 0.165
4A2S Structure of the engineered retro-aldolase RA95.5 提交 2011-09-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–245（245 aa）片段：TIM-BARREL FOLD, RESIDUES 1-245	突变：YES	3NK 1-(6-METHOXYNAPHTHALEN-2-YL)BUTANE-1,3-DIONE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；301 K；0.1 M HEPES KOH PH 7.6, 23% W/V PEG 3350,20 MM NA2HPO4, 28 DEG. CELSIUS.	分辨率 1.40 Å R-free 0.162
4IWW Computational Design of an Unnatural Amino Acid Metalloprotein with Atomic Level Accuracy 提交 2013-01-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–248（247 aa）	突变：K10E, F22V, S70A, K110M, I133BPA, N161T, N179T, R181Q, L183D, E209D, F246L 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 6 CO COBALT (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；298 K；1.8 M ammonium sulfate, 5% PEG3350, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.264
4IWW Computational Design of an Unnatural Amino Acid Metalloprotein with Atomic Level Accuracy 提交 2013-01-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–248（247 aa）	突变：K10E, F22V, S70A, K110M, I133BPA, N161T, N179T, R181Q, L183D, E209D, F246L 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3 CO COBALT (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；298 K；1.8 M ammonium sulfate, 5% PEG3350, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.264
4IX0 Computational Design of an Unnatural Amino Acid Metalloprotein with Atomic Level Accuracy 提交 2013-01-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–248（247 aa）	突变：K10E, F22V, S70A, K110M, I133BPA, N161T, N179T, R181Q, L183D, E209D, F246L 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；298 K；1.6 M ammonium sulfate, 3% PEG3350, pH 6.5, EVAPORATION, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.257
5AOU Structure of the engineered retro-aldolase RA95.5-8F apo 提交 2015-09-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–245（245 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；293 K；0.1M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE, 2M AMMONIUM SULFATE, PH 4.6, 20DEGREE CELSIUS	分辨率 1.10 Å R-free 0.219
5K7J Structure of designed zinc binding protein ZE2 bound to Zn2+ 提交 2016-05-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–248（247 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.10 M succinate 22% PEG 3350	分辨率 1.39 Å R-free 0.230
5K7J Structure of designed zinc binding protein ZE2 bound to Zn2+ 提交 2016-05-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–248（247 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.10 M succinate 22% PEG 3350	分辨率 1.39 Å R-free 0.230
6NW4 Evolution of a computationally designed Kemp eliminase 提交 2019-02-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–248（247 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 6NT 6-NITROBENZOTRIAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate, 20 mM sodium sulfate, 43% v/v PEG 300, pH 5.6	分辨率 3.00 Å R-free 0.295

共 17 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRPC_SULSO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–222； UniProt 27–248

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2c3z
沉积日期 deposition_date	2005-10-13
结构标题 title	Crystal structure of a truncated variant of indole-3-glycerol phosphate synthase from Sulfolobus solfataricus
关键词 keywords	;INDOLE-3-GLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE, PROTEIN STABILITY, CATALYTIC ACTIVITY, DIVERGENT EVOLUTION, TRYPTOPHAN BIOSYNTHESIS, LYASE, DECARBOXYLASE ;; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.05 Å
零角强度 I(0) i0	10869800.00
分子量 molecular_weight	25250.0 kDa
排除体积 excluded_volume	31950 Å³
包络体积 envelope_volume	34533 Å³
水化壳体积 shell_volume	17442 Å³
包络直径 envelope_diameter	53.0 Å
壳层 Rg shell_rg	22.74 Å
包络 Rg envelope_rg	16.33 Å
形状 Rg shape_rg	16.05 Å
总 Rg total_rg	17.12 Å
总原子数 total_atoms	1774
残基数 n_residues	220
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	52.4 Å
Rg (实空间) rg_real	17.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0920e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10870000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8960
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.007
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.497
角度范围 angular_range	— – 0.4550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4379000.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.896; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.979

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	INDOLE-3-GLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE
分子量 formula_weight	25476.3 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1904

QRPIISLNERILEFNKRNITAIIAEYKRKSPSGLDVERDPIEYSKFMERYAVGLSILTEEKYFNGSYETLRKIASSVSIPILMKDFIVKESQIDDAYNLGADTVLLIVKILTERELESLLEYARSYGMEPLIEINDENDLDIALRIGARFIGINSRDLETLEINKENQRKLISMIPSNVVKVAESGISERNEIEELRKLGVNAFLIGSSLMRNPEKIKEFIL

来源 Source

来源生物 organism	SULFOLOBUS SOLFATARICUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2287
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	130

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2c3za_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.2 — Ribulose-phoshate binding barrel
家族 Family family	c.1.2.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2c3zA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	39.200 Å
晶胞边长 b length_b	61.400 Å
晶胞边长 c length_c	80.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.1800
R_work r_work	0.1800
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/c3/2c3z/2c3z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c3/2c3z/2c3z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c3/2c3z/2c3z.dat

Crystal structure of a truncated variant of indole-3-glycerol phosphate synthase from Sulfolobus solfataricus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

INDOLE-3-GLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction