2c4k

Crystal structure of human phosphoribosylpyrophosphate synthetase- associated protein 39 (PAP39)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHORIBOSYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE-ASSOCIATED PROTEIN 1

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 2 TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KPRA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 24–370； UniProt 5–351 作者链 B； PDB构建体 24–370； UniProt 5–351 作者链 C； PDB构建体 24–370； UniProt 5–351 作者链 D； PDB构建体 24–370； UniProt 5–351 作者链 E； PDB构建体 24–370； UniProt 5–351 作者链 F； PDB构建体 24–370； UniProt 5–351

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2c4k
沉积日期 deposition_date	2005-10-20
结构标题 title	Crystal structure of human phosphoribosylpyrophosphate synthetase- associated protein 39 (PAP39)
关键词 keywords	NUCLEOTIDE BIOSYNTHESIS, SYNTHETASE, LIGASE, REGULATORY PROTEIN; REGULATORY PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2c4k__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2c4k__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2c4k__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.37 Å
Rg（电子密度）	20.16 Å
总 Rg	21.05 Å
原子数	2381
残基数	305
排除体积	42913 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2c4k__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2c4k__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2c4k__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2c4k__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`2c4k__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`2c4k__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PHOSPHORIBOSYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE-ASSOCIATED PROTEIN 1
分子量 formula_weight	41202.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	14378

MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQSMRTGYRVFSANSTAACTELAKRITERLGAELGKSVVYQETNGETRVEIKESVRGQDIFIIQTIPRDVNTAVMELLIMAYALKTACARNIIGVIPYFPYSKQSKMRKRGSIVCKLLASMLAKAGLTHIITMDLHQKEIQGFFSFPVDNLRASPFLLQYIQEEIPNYRNAVIVAKSPDAAKRAQSYAERLRLGLAVIHGEAQCTELDMDDGRHSPPMVKNATVHPGLELPLMMAKEKPPITVVGDVGGRIAIIVDDIIDDVESFVAAAEILKERGAYKIYVMATHGILSAEAPRLIEESSVDEVVVTNTVPHEVQKLQCPKIKTVDISLILSEAIRRIHNGESMAYLFRN

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE
分子量 formula_weight	163.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	76

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d2c4ka1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.61 — PRTase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.61.1 — PRTase-like
家族 Family family	c.61.1.2 — Phosphoribosylpyrophosphate synthetase-like

结构域编号 domain_id	d2c4ka2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.61 — PRTase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.61.1 — PRTase-like
家族 Family family	c.61.1.2 — Phosphoribosylpyrophosphate synthetase-like

结构域编号 domain_id	d2c4kb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.61 — PRTase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.61.1 — PRTase-like
家族 Family family	c.61.1.2 — Phosphoribosylpyrophosphate synthetase-like

结构域编号 domain_id	d2c4kb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.61 — PRTase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.61.1 — PRTase-like
家族 Family family	c.61.1.2 — Phosphoribosylpyrophosphate synthetase-like

结构域编号 domain_id	d2c4kc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.61 — PRTase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.61.1 — PRTase-like
家族 Family family	c.61.1.2 — Phosphoribosylpyrophosphate synthetase-like

结构域编号 domain_id	d2c4kc2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.61 — PRTase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.61.1 — PRTase-like
家族 Family family	c.61.1.2 — Phosphoribosylpyrophosphate synthetase-like

结构域编号 domain_id	d2c4kd1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.61 — PRTase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.61.1 — PRTase-like
家族 Family family	c.61.1.2 — Phosphoribosylpyrophosphate synthetase-like

结构域编号 domain_id	d2c4kd2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.61 — PRTase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.61.1 — PRTase-like
家族 Family family	c.61.1.2 — Phosphoribosylpyrophosphate synthetase-like

结构域编号 domain_id	d2c4ke1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.61 — PRTase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.61.1 — PRTase-like
家族 Family family	c.61.1.2 — Phosphoribosylpyrophosphate synthetase-like

结构域编号 domain_id	d2c4ke2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.61 — PRTase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.61.1 — PRTase-like
家族 Family family	c.61.1.2 — Phosphoribosylpyrophosphate synthetase-like

结构域编号 domain_id	d2c4kf1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.61 — PRTase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.61.1 — PRTase-like
家族 Family family	c.61.1.2 — Phosphoribosylpyrophosphate synthetase-like

结构域编号 domain_id	d2c4kf2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.61 — PRTase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.61.1 — PRTase-like
家族 Family family	c.61.1.2 — Phosphoribosylpyrophosphate synthetase-like

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2c4kA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2020 —

结构域编号 domain_id	2c4kA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2020 —

结构域编号 domain_id	2c4kB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2020 —

结构域编号 domain_id	2c4kB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2020 —

结构域编号 domain_id	2c4kC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2020 —

结构域编号 domain_id	2c4kC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2020 —

结构域编号 domain_id	2c4kD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2020 —

结构域编号 domain_id	2c4kD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2020 —

结构域编号 domain_id	2c4kE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2020 —

结构域编号 domain_id	2c4kE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2020 —

结构域编号 domain_id	2c4kF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2020 —

结构域编号 domain_id	2c4kF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2020 —

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晶胞边长 a length_a	180.055 Å
晶胞边长 b length_b	103.875 Å
晶胞边长 c length_c	127.161 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.63 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2710
R_work r_work	0.2690
R_free r_free	0.2990

Crystal structure of human phosphoribosylpyrophosphate synthetase- associated protein 39 (PAP39)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHORIBOSYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE-ASSOCIATED PROTEIN 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2c4k__assembly_3__model_1

2c4k__assembly_3__model_1 | I(q)

2c4k__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of human phosphoribosylpyrophosphate synthetase- associated protein 39 (PAP39)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHORIBOSYL PYROPHOSPHATE SYNTHETASE-ASSOCIATED PROTEIN 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2c4k__assembly_3__model_1

2c4k__assembly_3__model_1 | I(q)

2c4k__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)