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2c99

Structural basis of the nucleotide driven conformational changes in the AAA domain of transcription activator PspF

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 76.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PSP OPERON TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR

ESCHERICHIA COLI

UniProt P37344

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–265 片段：AAA DOMAIN, RESIDUES 1-265 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；2M AMMONIUM FORMATE, 0.1 M HEPES PH 8.0, 5% MPD 分辨率 1.90 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2C99 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2BJV Crystal Structure of PspF(1-275) R168A mutant 提交 2005-02-08 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–265（265 aa） 片段：AAA DOMAIN, RESIDUES 1-265
突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；2 M AMMONIUM FORMATE, 0.1 MM HEPES PH 8.0, 10% MPD
分辨率 1.70 Å R-free 0.212
2BJW PspF AAA domain 提交 2005-02-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–265（265 aa） 片段：AAA DOMAIN, RESIDUES 1-265
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；2.0 M AMMONIUM FORMATE, 0.1 M HEPES PH 8.0, 10% MPD
分辨率 1.75 Å R-free 0.208
2C96 Structural basis of the nucleotide driven conformational changes in the AAA domain of transcription activator PspF 提交 2005-12-09 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–265（265 aa） 片段：AAA DOMAIN, RESIDUES 1-265
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；2M AMMONIUM FORMATE, 0.1 M HEPES PH 8.0, 5% MPD
分辨率 1.80 Å R-free 0.246
2C98 Structural basis of the nucleotide driven conformational changes in the AAA domain of transcription activator PspF 提交 2005-12-09 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–265（265 aa） 片段：AAA DOMAIN, RESIDUES 1-265
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；2M AMMONIUM FORMATE, 0.1 M HEPES PH 8.0, 5% MPD
分辨率 1.90 Å R-free 0.203
2C9C Structural basis of the nucleotide driven conformational changes in the AAA domain of transcription activator PspF 提交 2005-12-09 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–265（265 aa） 片段：AAA DOMAIN, RESIDUES 1-265
突变：YES MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；2M AMMONIUM FORMATE, 0.1 M HEPES PH 8.0, 5% MPD
分辨率 2.10 Å R-free 0.198
2VII PspF1-275-Mg-AMP 提交 2007-12-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–259（259 aa） 片段：AAA DOMAIN, RESIDUES 1-259
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；0.1M TRIS-HCL PH 8.0, 2.0M AMMONIUM FORMATE, 10% MPD
分辨率 2.85 Å R-free 0.241
4QNM CRYSTAL STRUCTURE of PSPF(1-265) E108Q MUTANT 提交 2014-06-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–265（265 aa） 片段：Phage Shock protein F AAA DOMAIN, RESIDUES 1-265
突变：E108Q EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；100mM Bis-Tris pH 8.0, 12-16% MPD, 2M Ammonium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 1.63 Å R-free 0.203
4QNR CRYSTAL STRUCTURE OF PSPF(1-265) E108Q MUTANT bound to ATP 提交 2014-06-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–265（265 aa） 片段：Phage Shock protein F AAA DOMAIN, RESIDUES 1-265
突变：E108Q ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；100mM Bis-Tris pH 8.0, 12-16% MPD, 2M Ammonium formate , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 1.54 Å R-free 0.178
4QOS CRYSTAL STRUCTURE OF PSPF(1-265) E108Q MUTANT bound to ADP 提交 2014-06-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–265（265 aa） 片段：Phage Shock protein F AAA DOMAIN, RESIDUES 1-265
突变：E108Q ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；100mM Bis-Tris pH 8.0, 12-16% MPD, 2M Ammonium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 1.42 Å R-free 0.190
5NSS Cryo-EM structure of RNA polymerase-sigma54 holoenzyme with promoter DNA and transcription activator PspF intermedate complex 提交 2017-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：octameric
链 F 1–275（275 aa）
链 G 1–275（275 aa）
链 J 1–275（275 aa）
链 K 1–275（275 aa）
链 L 1–275（275 aa）
链 N 1–275（275 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.80 Å
9Q90 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF 提交 2025-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 1 1–275（275 aa）
链 2 1–275（275 aa）
链 3 1–275（275 aa）
链 4 1–275（275 aa）
链 5 1–275（275 aa）
链 6 1–275（275 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9Q91 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -11 to -8 - conformation 6 提交 2025-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 1 1–259（259 aa）
链 2 1–259（259 aa）
链 3 1–259（259 aa）
链 4 1–259（259 aa）
链 5 1–259（259 aa）
链 6 1–259（259 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.20 Å
9Q92 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -11 to -8 - conformation 5 提交 2025-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 1 1–259（259 aa）
链 2 1–259（259 aa）
链 3 1–259（259 aa）
链 4 1–259（259 aa）
链 5 1–259（259 aa）
链 6 1–259（259 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.80 Å
9Q93 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -11 to -8 - conformation 4 提交 2025-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 1 1–259（259 aa）
链 2 1–259（259 aa）
链 3 1–259（259 aa）
链 4 1–259（259 aa）
链 5 1–259（259 aa）
链 6 1–259（259 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
9Q94 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -11 to -8 - conformation 3 提交 2025-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 1 1–275（275 aa）
链 2 1–275（275 aa）
链 3 1–275（275 aa）
链 4 1–275（275 aa）
链 5 1–275（275 aa）
链 6 1–275（275 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.80 Å
9Q95 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -10 to -1 提交 2025-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 1 1–275（275 aa）
链 2 1–275（275 aa）
链 3 1–275（275 aa）
链 4 1–275（275 aa）
链 5 1–275（275 aa）
链 6 1–275（275 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.80 Å
9Q97 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -11 to -8 - conformation 2 提交 2025-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 1 1–259（259 aa）
链 2 1–259（259 aa）
链 3 1–259（259 aa）
链 4 1–259（259 aa）
链 5 1–259（259 aa）
链 6 1–259（259 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
9Q98 CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -11 to -8 - conformation 1 提交 2025-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 1 1–259（259 aa）
链 2 1–259（259 aa）
链 3 1–259（259 aa）
链 4 1–259（259 aa）
链 5 1–259（259 aa）
链 6 1–259（259 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.30 Å

共 18 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PSPF_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2c99

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2c99
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2c99
沉积日期 deposition_date2005-12-09
结构标题 titleStructural basis of the nucleotide driven conformational changes in the AAA domain of transcription activator PspF
关键词 keywords;BACTERIAL SIGMA54 ACTIVATOR, ATPASE, ATP-BINDING, DNA-BINDING, SENSORY TRANSDUCTION, TRANSCRIPTION REGULATION, TWO-COMPONENT REGULATORY SYSTEM ;; TRANSCRIPTION REGULATION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.28 Å
零角强度 I(0) i013983500.00
分子量 molecular_weight27762.0 kDa
排除体积 excluded_volume34614 ų
包络体积 envelope_volume42093 ų
水化壳体积 shell_volume17383 ų
包络直径 envelope_diameter77.2 Å
壳层 Rg shell_rg26.78 Å
包络 Rg envelope_rg21.64 Å
形状 Rg shape_rg21.32 Å
总 Rg total_rg21.92 Å
总原子数 total_atoms1951
残基数 n_residues244
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax76.5 Å
Rg (实空间) rg_real22.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3980e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7440e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13980000.0000
解质量估计 total_estimate0.8473
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.7 Å
偏度 Skewness skewness0.459
峰度 Kurtosis kurtosis-0.327
角度范围 angular_range— – 0.3600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2016000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.756; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.787; Smooth: 0.955
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2c99A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id2c99A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)