2c9e

Peridinin-chlorophyll a protein, high-salt form

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 67.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2c9e
沉积日期 deposition_date	2005-12-09
结构标题 title	Peridinin-chlorophyll a protein, high-salt form
关键词 keywords	PHOTOSYNTHESIS, CAROTENOIDS, CHLOROPLAST, LIGHT HARVESTING PROTEIN, LIGHT-HARVESTING POLYPEPTIDE, MULTIGENE FAMILY, TRANSIT PEPTIDE; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.95 Å
零角强度 I(0) i0	21895100.00
分子量 molecular_weight	41047.0 kDa
排除体积 excluded_volume	53587 Å³
包络体积 envelope_volume	57842 Å³
水化壳体积 shell_volume	23712 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.6 Å
壳层 Rg shell_rg	27.04 Å
包络 Rg envelope_rg	20.15 Å
形状 Rg shape_rg	19.94 Å
总 Rg total_rg	21.02 Å
总原子数 total_atoms	2899
残基数 n_residues	317
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.0 Å
Rg (实空间) rg_real	21.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1900e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5490e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8816
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.120
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.334
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4389000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.850; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.915

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	PERIDININ-CHLOROPHYLL A PROTEIN
分子量 formula_weight	34687.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3188

DAIADASKRFSDATYPIAEKFDWGGSSAIAKYIADASAGNPRQAALAVEKLLEVGLTMDPKLVRAAVEAHSKALDSAKKNAKLMASKEDFAAVNEALARMIASADKQKFAALRTAFPESRELQGKLFAGNNAFEAEKAYDSFKALTSAVRDASINGAKAPVIAEAARAERYVGDGPVGRAAKKFSEATYPIMDKLDWGKSPEISKYIETASAKNPKMMADGIDKTLEVALTMNQNAINDAVFAHVRAIKGALNTPGLVAERDDFARVNLALAKMIATADPAKFKALLTAFPGNADLQMALFAANNPEQAKAAYETFVALTSAVASST

Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	PERIDININ
分子量 formula_weight	630.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	289

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	46.576 Å
晶胞边长 b length_b	62.673 Å
晶胞边长 c length_c	63.345 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.89 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	36.950 Å
R 因子 r_factor	0.1740
R_work r_work	0.1740
R_free r_free	0.2190

fit	/app/data/saxs_computation/c9/2c9e/2c9e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c9/2c9e/2c9e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c9/2c9e/2c9e.dat

Peridinin-chlorophyll a protein, high-salt form

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction