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2c9h

Structure of mitochondrial beta-ketoacyl synthase

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 71.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MITOCHONDRIAL BETA-KETOACYL SYNTHASE

HOMO SAPIENS

UniProt Q9NWU1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 39–459 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NI NICKEL (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.5；0.1 M BIS-TRIS PH=5.5, 25% PEG3350, 0.20 M NH4AC, pH 5.50 分辨率 1.80 Å R-free 0.240

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2C9H Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2IWY Human mitochondrial beta-ketoacyl ACP synthase 提交 2006-07-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 38–459（422 aa） 片段：RESIDUES 38-459
链 B 38–459（422 aa） 片段：RESIDUES 38-459
未记录 NH4 AMMONIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；24% PEG-3350, 0.2 M NH4CL, pH 7.80
分辨率 2.06 Å R-free 0.205
2IWZ Human mitochondrial beta-ketoacyl ACP synthase complexed with hexanoic acid 提交 2006-07-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 38–459（422 aa） 片段：RESIDUES 38-459
链 B 38–459（422 aa） 片段：RESIDUES 38-459
未记录 6NA HEXANOIC ACID × 2 NH4 AMMONIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；24% PEG3350, 0.2M NH4CL, pH 7.80
分辨率 1.65 Å R-free 0.188
9N50 Crosslinked Crystal Structure of Human Mitochondrial Ketosynthase, OXSM, and Crosslinker-crypto Human Mitochondrial Acyl Carrier Protein, C8aBr-mACP 提交 2025-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 38–459（422 aa） 片段：residues 38-459
链 B 38–459（422 aa） 片段：residues 38-459
未记录 A1BMZ N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-octanamidoethyl)-beta-alaninamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.5 M ammonium sulfate, 1 M lithium sulfate, and 0.1 M sodium citrate pH 5.6
分辨率 2.50 Å
9N51 Crosslinked Crystal Structure of Human Mitochondrial Ketosynthase, OXSM, and Crosslinker-crypto Human Mitochondrial Acyl Carrier Protein, C8Cl-mACP 提交 2025-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 38–459（422 aa） 片段：residues 38-459
链 B 38–459（422 aa） 片段：residues 38-459
未记录 A1BMZ N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-octanamidoethyl)-beta-alaninamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.5 M ammonium sulfate, 1 M lithium sulfate, and 0.1 M sodium citrate pH 5.6
分辨率 2.31 Å R-free 0.273
9N51 Crosslinked Crystal Structure of Human Mitochondrial Ketosynthase, OXSM, and Crosslinker-crypto Human Mitochondrial Acyl Carrier Protein, C8Cl-mACP 提交 2025-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 38–459（422 aa） 片段：residues 38-459
链 E 38–459（422 aa） 片段：residues 38-459
未记录 A1BMZ N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-(2-octanamidoethyl)-beta-alaninamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.5 M ammonium sulfate, 1 M lithium sulfate, and 0.1 M sodium citrate pH 5.6
分辨率 2.31 Å R-free 0.273

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9NWU1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 24–444； UniProt 39–459

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2c9h

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2c9h
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2c9h
沉积日期 deposition_date2005-12-12
结构标题 titleStructure of mitochondrial beta-ketoacyl synthase
关键词 keywordsTRANSFERASE, FATTY ACID SYNTHESIS, MITOCHONDRIA, KETOACYL SYNTHASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.81 Å
零角强度 I(0) i033692500.00
分子量 molecular_weight44236.0 kDa
排除体积 excluded_volume55104 ų
包络体积 envelope_volume63798 ų
水化壳体积 shell_volume24883 ų
包络直径 envelope_diameter73.8 Å
壳层 Rg shell_rg28.35 Å
包络 Rg envelope_rg21.48 Å
形状 Rg shape_rg20.84 Å
总 Rg total_rg21.65 Å
总原子数 total_atoms3108
残基数 n_residues426
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax71.4 Å
Rg (实空间) rg_real21.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real3.3690e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.5990e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal33690000.0000
解质量估计 total_estimate0.8837
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.6 Å
偏度 Skewness skewness0.256
峰度 Kurtosis kurtosis-0.282
角度范围 angular_range— – 0.3650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7487000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.832; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.987
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2c9ha1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.95 — Thiolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.95.1 — Thiolase-like
家族 Family familyc.95.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2c9ha2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.95 — Thiolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.95.1 — Thiolase-like
家族 Family familyc.95.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2c9ha3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2c9hA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Thiolase/Chalcone synthase
结构域编号 domain_id2c9hA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Thiolase/Chalcone synthase
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)