SAXSdb — 2ccz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PRIMOSOMAL REPLICATION PROTEIN N

ESCHERICHIA COLI

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 1 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–103 链 B； UniProt 1–103	突变：YES	;5'-D(TPTPTPTPTPTPTPTPTPTP TPTPTPTP*T)-3' ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.70 Å R-free 0.284

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2CCZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1TXY E. coli PriB 提交 2004-07-06	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–103（103 aa）链 B 1–103（103 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 8000, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.285
1V1Q Crystal structure of PriB- a primosomal DNA replication protein of Escherichia coli 提交 2004-04-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–104（104 aa）链 B 1–104（104 aa）	突变：YES 突变：YES	CYS CYSTEINE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.7；pH 5.70	分辨率 2.10 Å R-free 0.263
1WOC Crystal structure of PriB 提交 2004-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–103（103 aa）链 B 1–103（103 aa）链 C 1–103（103 aa）链 D 1–103（103 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；25%(v/v) MPD, 50mM Magnesium Chloride, 100mM Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.276
1WOC Crystal structure of PriB 提交 2004-08-13	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–103（103 aa）链 D 1–103（103 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；25%(v/v) MPD, 50mM Magnesium Chloride, 100mM Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.276
1WOC Crystal structure of PriB 提交 2004-08-13	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–103（103 aa）链 C 1–103（103 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；25%(v/v) MPD, 50mM Magnesium Chloride, 100mM Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.276
2PNH Escherichia coli PriB E39A variant 提交 2007-04-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–104（104 aa）链 B 1–104（104 aa）	突变：E39A 突变：E39A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；8% polyethylene glycol 8000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.25 Å R-free 0.276
8FAK DNA replication fork binding triggers structural changes in the PriA DNA helicase that regulate the PriA-PriB replication restart pathway in E. coli 提交 2022-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 A 1–104（104 aa）链 B 1–104（104 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.22 Å
9ZBT Visualization of PriA/PriB/DnaT complexes reveals mechanisms governing structure-specific assembly of the DNA replication restart primosome 提交 2025-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：heptameric	链 A 1–104（104 aa）链 B 1–104（104 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM Tris-HCl, pH 8, 2 mM dithiothreitol, 5 mM ethylenediaminetetraacetic acid, 75 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.22 Å
9ZBU Visualization of PriA/PriB/DnaT complexes reveals mechanisms governing structure-specific assembly of the DNA replication restart primosome 提交 2025-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric	链 A 2–100（99 aa）链 B 2–100（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM Tris-HCl, pH 8, 2 mM dithiothreitol, 5 mM ethylenediaminetetraacetic acid, 75 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRIB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–110； UniProt 1–103 作者链 B； PDB构建体 8–110； UniProt 1–103

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ccz
沉积日期 deposition_date	2006-01-19
结构标题 title	Crystal structure of E. coli primosomol protein PriB bound to ssDNA
关键词 keywords	;DNA/REPLICATION, PRIMOSOME, PRIB, DNA REPLICATION, DNA REPAIR, DNA RECOMBINATION, SSDNA, SINGLE-STRANDED DNA, DNA-PROTEIN COMPLEX, DNA-REPLICATION complex ;; DNA/REPLICATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.41 Å
零角强度 I(0) i0	19611300.00
分子量 molecular_weight	29650.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35556 Å³
包络体积 envelope_volume	48011 Å³
水化壳体积 shell_volume	20238 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.0 Å
壳层 Rg shell_rg	26.28 Å
包络 Rg envelope_rg	21.08 Å
形状 Rg shape_rg	20.50 Å
总 Rg total_rg	20.99 Å
总原子数 total_atoms	2060
残基数 n_residues	256
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.9 Å
Rg (实空间) rg_real	21.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9610e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0990e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19610000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7100
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	25.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.469
峰度 Kurtosis kurtosis	0.204
角度范围 angular_range	— – 0.3700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3955000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.475; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.800; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PRIMOSOMAL REPLICATION PROTEIN N
分子量 formula_weight	13685.7 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2179

MDPNSLMTNRLVLSGTVCRAPLRKVSPSGIPHCQFVLEHRSVQEEAGFHRQAWCQMPVIVSGHENQAITHSITVGSRITVQGFISCHKAKNGLSKMVLHAEQIELIDSVDKLAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	ESCHERICHIA COLI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;5'-D(TPTPTPTPTPTPTPTPTPTP TPTPTPTP*T)-3' ;
分子量 formula_weight	4517.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

TTTTTTTTTTTTTTT

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	119

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2ccza2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB

结构域编号 domain_id	d2ccza3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2cczb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.3 — Single strand DNA-binding domain, SSB

结构域编号 domain_id	d2cczb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2cczA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	2cczB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	45.537 Å
晶胞边长 b length_b	51.148 Å
晶胞边长 c length_c	99.096 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	17.600 Å
R 因子 r_factor	0.2500
R_work r_work	0.2500
R_free r_free	0.2840

fit	/app/data/saxs_computation/cc/2ccz/2ccz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cc/2ccz/2ccz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cc/2ccz/2ccz.dat

Crystal structure of E. coli primosomol protein PriB bound to ssDNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PRIMOSOMAL REPLICATION PROTEIN N

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)