8fak

;DNA replication fork binding triggers structural changes in the PriA DNA helicase that regulate the PriA-PriB replication restart pathway in E. coli ;

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 119.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8fak
沉积日期 deposition_date	2022-11-28
结构标题 title	;DNA replication fork binding triggers structural changes in the PriA DNA helicase that regulate the PriA-PriB replication restart pathway in E. coli ;
关键词 keywords	PriA, PriB, replication restart, E. coli, HELICASE-DNA complex; HELICASE/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.38 Å
零角强度 I(0) i0	234525000.00
分子量 molecular_weight	110690.0 kDa
排除体积 excluded_volume	133510 Å³
包络体积 envelope_volume	190190 Å³
水化壳体积 shell_volume	46280 Å³
包络直径 envelope_diameter	128.0 Å
壳层 Rg shell_rg	40.31 Å
包络 Rg envelope_rg	35.30 Å
形状 Rg shape_rg	35.37 Å
总 Rg total_rg	35.74 Å
总原子数 total_atoms	14963
残基数 n_residues	894
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	119.2 Å
Rg (实空间) rg_real	35.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.84 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3450e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0370e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	234500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8742
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	39.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.430
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.247
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30590000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.841; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.848

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Primosomal replication protein N
分子量 formula_weight	11459.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	14963

MTNRLVLSGTVCRAPLRKVSPSGIPHCQFVLEHRSVQEEAGFHRQAWCQMPVIVSGHENQAITHSITVGSRITVQGFISCHKAKNGLSKMVLHAEQIELIDSGD

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPAPGPAPCPTPCPAPTPTPTPAPGPCPCPCPTPTPAPTPCPCP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	12206.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

GCCGCAGACTCATTTAGCCCTTATCCGTATTGCGGTCTCG

Entity 3 polymer

描述 description	;Primosomal protein N' ;
分子量 formula_weight	81765.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MPVAHVALPVPLPRTFDYLLPEGMTVKAGCRVRVPFGKQQERIGIVVSVSDASELPLNELKAVVEVLDSEPVFTHSVWRLLLWAADYYHHPIGDVLFHALPILLRQGRPAANAPMWYWFATEQGQAVDLNSLKRSPKQQQALAALRQGKIWRDQVATLEFNDAALQALRKKGLCDLASETPEFSDWRTNYAVSGERLRLNTEQATAVGAIHSAADTFSAWLLAGVTGSGKTEVYLSVLENVLAQGKQALVMVPEIGLTPQTIARFRERFNAPVEVLHSGLNDSERLSAWLKAKNGEAAIVIGTRSALFTPFKNLGVIVIDEEHDSSYKQQEGWRYHARDLAVYRAHSEQIPIILGSATPALETLCNVQQKKYRLLRLTRRAGNARPAIQHVLDLKGQKVQAGLAPALITRMRQHLQADNQVILFLNRRGFAPALLCHDCGWIAECPRCDHYYTLHQAQHHLRCHHCDSQRPVPRQCPSCGSTHLVPVGLGTEQLEQTLAPLFPGVPISRIDRDTTSRKGALEQQLAEVHRGGARILIGTQMLAKGHHFPDVTLVALLDVDGALFSADFRSAERFAQLYTQVAGRAGRAGKQGEVVLQTHHPEHPLLQTLLYKGYDAFAEQALAERRMMQLPPWTSHVIVRAEDHNNQHAPLFLQQLRNLILSSPLADEKLWVLGPVPALAPKRGGRWRWQILLQHPSRVRLQHIINGTLALINTIPDSRKVKWVLDVDPIEG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPGPGPAPTPAPAPGPGPGPCPTPGPAPGPCPAPCPGPCPCPGP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	12400.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

CGAGACCGCAATACGGATAAGGGCTGAGCACGCCGACGAA

Entity 5 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPCPGPGPCPGPTPGPCPTP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	4567.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Z

TTCGTCGGCGTGCTC

Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.22 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	190000

fit	/app/data/saxs_computation/fa/8fak/8fak.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fa/8fak/8fak.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fa/8fak/8fak.dat

;DNA replication fork binding triggers structural changes in the PriA DNA helicase that regulate the PriA-PriB replication restart pathway in E. coli ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)