SAXSdb — 8fak

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Primosomal replication protein N

Escherichia coli (strain K12)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 3 DNA 3 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–104 链 B； UniProt 1–104	未记录	;DNA (5'-D(PCPAPGPAPCPTPCPAPTPTPTPAPGPCPCPCPTPTPAPTPCPCPG)-3') ; × 1 ;Primosomal protein N' ; × 1 （P17888） ;DNA (5'-D(PCPGPGPAPTPAPAPGPGPGPCPTPGPAPGPCPAPCPGPCPCPGPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PTPCPGPGPCPGPTPGPCPTP*C)-3') ; × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.22 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8FAK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1TXY E. coli PriB 提交 2004-07-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–103（103 aa）链 B 1–103（103 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 8000, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.285
1V1Q Crystal structure of PriB- a primosomal DNA replication protein of Escherichia coli 提交 2004-04-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–104（104 aa）链 B 1–104（104 aa）	突变：YES 突变：YES	CYS CYSTEINE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.7；pH 5.70	分辨率 2.10 Å R-free 0.263
1WOC Crystal structure of PriB 提交 2004-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–103（103 aa）链 B 1–103（103 aa）链 C 1–103（103 aa）链 D 1–103（103 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；25%(v/v) MPD, 50mM Magnesium Chloride, 100mM Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.276
1WOC Crystal structure of PriB 提交 2004-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–103（103 aa）链 D 1–103（103 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；25%(v/v) MPD, 50mM Magnesium Chloride, 100mM Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.276
1WOC Crystal structure of PriB 提交 2004-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–103（103 aa）链 C 1–103（103 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；25%(v/v) MPD, 50mM Magnesium Chloride, 100mM Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.276
2CCZ Crystal structure of E. coli primosomol protein PriB bound to ssDNA 提交 2006-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 1–103（103 aa）链 B 1–103（103 aa）	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.70 Å R-free 0.284
2PNH Escherichia coli PriB E39A variant 提交 2007-04-24	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–104（104 aa）链 B 1–104（104 aa）	突变：E39A 突变：E39A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；8% polyethylene glycol 8000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.25 Å R-free 0.276
9ZBT Visualization of PriA/PriB/DnaT complexes reveals mechanisms governing structure-specific assembly of the DNA replication restart primosome 提交 2025-11-21	聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：heptameric	链 A 1–104（104 aa）链 B 1–104（104 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM Tris-HCl, pH 8, 2 mM dithiothreitol, 5 mM ethylenediaminetetraacetic acid, 75 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.22 Å
9ZBU Visualization of PriA/PriB/DnaT complexes reveals mechanisms governing structure-specific assembly of the DNA replication restart primosome 提交 2025-11-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric	链 A 2–100（99 aa）链 B 2–100（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM Tris-HCl, pH 8, 2 mM dithiothreitol, 5 mM ethylenediaminetetraacetic acid, 75 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRIB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–104； UniProt 1–104 作者链 B； PDB构建体 1–104； UniProt 1–104

;Primosomal protein N' ;

Escherichia coli (strain K12)

UniProt P17888

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 3 DNA 3 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 H； UniProt 1–732	未记录	Primosomal replication protein N × 2 （P07013） ;DNA (5'-D(PCPAPGPAPCPTPCPAPTPTPTPAPGPCPCPCPTPTPAPTPCPCPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PCPGPGPAPTPAPAPGPGPGPCPTPGPAPGPCPAPCPGPCPCPGPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PTPCPGPGPCPGPTPGPCPTP*C)-3') ; × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.22 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8FAK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2D7E Crystal structure of N-terminal domain of PriA from E.coli 提交 2005-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–105（105 aa）片段：DNA binding domein 链 B 1–105（105 aa）片段：DNA binding domein	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；0.1M sodium citrate, 0.3M ammonium sulfate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.292
2D7E Crystal structure of N-terminal domain of PriA from E.coli 提交 2005-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–105（105 aa）片段：DNA binding domein 链 D 1–105（105 aa）片段：DNA binding domein	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；0.1M sodium citrate, 0.3M ammonium sulfate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.292
2D7E Crystal structure of N-terminal domain of PriA from E.coli 提交 2005-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–105（105 aa）片段：DNA binding domein 链 B 1–105（105 aa）片段：DNA binding domein	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；0.1M sodium citrate, 0.3M ammonium sulfate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.292
2D7E Crystal structure of N-terminal domain of PriA from E.coli 提交 2005-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–105（105 aa）片段：DNA binding domein 链 D 1–105（105 aa）片段：DNA binding domein	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；0.1M sodium citrate, 0.3M ammonium sulfate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.292
2D7G Crystal structure of the aa complex of the N-terminal domain of PriA 提交 2005-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–105（105 aa）片段：residues 1-105 链 B 1–105（105 aa）片段：residues 1-105	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；12% PEG 6000, 0.1M sodium acetate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.309
2D7G Crystal structure of the aa complex of the N-terminal domain of PriA 提交 2005-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–105（105 aa）片段：residues 1-105 链 D 1–105（105 aa）片段：residues 1-105	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；12% PEG 6000, 0.1M sodium acetate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.309
2D7H Crystal structure of the ccc complex of the N-terminal domain of PriA 提交 2005-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric	链 A 1–105（105 aa）片段：residues 1-105 链 B 1–105（105 aa）片段：residues 1-105 链 C 1–105（105 aa）片段：residues 1-105 链 D 1–105（105 aa）片段：residues 1-105	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.6；293 K；0.1M sodium citrate, 0.2M ammonium sulfate, pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.293
2DWL Crystal structure of the PriA protein complexed with oligonucleotides 提交 2006-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105 链 B 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.8；293 K；0.1M sodium citrate, 0.2M ammonium sulfate, pH 3.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.302
2DWL Crystal structure of the PriA protein complexed with oligonucleotides 提交 2006-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 C 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105 链 D 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.8；293 K；0.1M sodium citrate, 0.2M ammonium sulfate, pH 3.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.302
2DWM Crystal structure of the PriA protein complexed with oligonucleotides 提交 2006-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105 链 B 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.8；293 K；0.1M sodium citrate, 0.2M ammonium sulfate, pH 3.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.15 Å R-free 0.318
2DWM Crystal structure of the PriA protein complexed with oligonucleotides 提交 2006-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105 链 D 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.8；293 K；0.1M sodium citrate, 0.2M ammonium sulfate, pH 3.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.15 Å R-free 0.318
2DWN Crystal structure of the PriA protein complexed with oligonucleotides 提交 2006-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105 链 B 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.6；293 K；0.1M sodium citrate, 0.4M ammonium sulfate, pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.35 Å R-free 0.333
2DWN Crystal structure of the PriA protein complexed with oligonucleotides 提交 2006-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 C 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105 链 D 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.6；293 K；0.1M sodium citrate, 0.4M ammonium sulfate, pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.35 Å R-free 0.333
2DWN Crystal structure of the PriA protein complexed with oligonucleotides 提交 2006-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105 链 B 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.6；293 K；0.1M sodium citrate, 0.4M ammonium sulfate, pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.35 Å R-free 0.333
2DWN Crystal structure of the PriA protein complexed with oligonucleotides 提交 2006-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 C 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105 链 D 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.6；293 K；0.1M sodium citrate, 0.4M ammonium sulfate, pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.35 Å R-free 0.333
6DCR E. coli PriA helicase winged helix domain deletion protein 提交 2018-05-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–732（732 aa）	突变：delta 114-174	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；297 K；50 mM HEPES-HCl pH 7.5, 9.5 % PEG 4000, 4 % Isopropanol, 8 % glycerol, 50 mM sodium malonate, and 25-100 mM sodium fluoride	分辨率 1.98 Å R-free 0.215
6DCR E. coli PriA helicase winged helix domain deletion protein 提交 2018-05-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–732（732 aa）	突变：delta 114-174	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；297 K；50 mM HEPES-HCl pH 7.5, 9.5 % PEG 4000, 4 % Isopropanol, 8 % glycerol, 50 mM sodium malonate, and 25-100 mM sodium fluoride	分辨率 1.98 Å R-free 0.215
9ZBT Visualization of PriA/PriB/DnaT complexes reveals mechanisms governing structure-specific assembly of the DNA replication restart primosome 提交 2025-11-21	聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：heptameric	链 H 1–732（732 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM Tris-HCl, pH 8, 2 mM dithiothreitol, 5 mM ethylenediaminetetraacetic acid, 75 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.22 Å
9ZBU Visualization of PriA/PriB/DnaT complexes reveals mechanisms governing structure-specific assembly of the DNA replication restart primosome 提交 2025-11-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric	链 H 2–732（731 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM Tris-HCl, pH 8, 2 mM dithiothreitol, 5 mM ethylenediaminetetraacetic acid, 75 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

共 9 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRIA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–732； UniProt 1–732

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8fak
沉积日期 deposition_date	2022-11-28
结构标题 title	DNA replication fork binding triggers structural changes in the PriA DNA helicase that regulate the PriA-PriB replication restart pathway in E. coli
关键词 keywords	PriA, PriB, replication restart, E. coli, HELICASE-DNA complex; HELICASE/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.38 Å
零角强度 I(0) i0	234525000.00
分子量 molecular_weight	110690.0 kDa
排除体积 excluded_volume	133510 Å³
包络体积 envelope_volume	190190 Å³
水化壳体积 shell_volume	46280 Å³
包络直径 envelope_diameter	128.0 Å
壳层 Rg shell_rg	40.31 Å
包络 Rg envelope_rg	35.30 Å
形状 Rg shape_rg	35.37 Å
总 Rg total_rg	35.74 Å
总原子数 total_atoms	14963
残基数 n_residues	894
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	119.2 Å
Rg (实空间) rg_real	35.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.84 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3450e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0370e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	234500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8742
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	39.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.430
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.247
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30590000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.841; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.848

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Primosomal replication protein N
分子量 formula_weight	11459.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	14963

MTNRLVLSGTVCRAPLRKVSPSGIPHCQFVLEHRSVQEEAGFHRQAWCQMPVIVSGHENQAITHSITVGSRITVQGFISCHKAKNGLSKMVLHAEQIELIDSGD

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPAPGPAPCPTPCPAPTPTPTPAPGPCPCPCPTPTPAPTPCPCP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	12206.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

GCCGCAGACTCATTTAGCCCTTATCCGTATTGCGGTCTCG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;Primosomal protein N' ;
分子量 formula_weight	81765.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MPVAHVALPVPLPRTFDYLLPEGMTVKAGCRVRVPFGKQQERIGIVVSVSDASELPLNELKAVVEVLDSEPVFTHSVWRLLLWAADYYHHPIGDVLFHALPILLRQGRPAANAPMWYWFATEQGQAVDLNSLKRSPKQQQALAALRQGKIWRDQVATLEFNDAALQALRKKGLCDLASETPEFSDWRTNYAVSGERLRLNTEQATAVGAIHSAADTFSAWLLAGVTGSGKTEVYLSVLENVLAQGKQALVMVPEIGLTPQTIARFRERFNAPVEVLHSGLNDSERLSAWLKAKNGEAAIVIGTRSALFTPFKNLGVIVIDEEHDSSYKQQEGWRYHARDLAVYRAHSEQIPIILGSATPALETLCNVQQKKYRLLRLTRRAGNARPAIQHVLDLKGQKVQAGLAPALITRMRQHLQADNQVILFLNRRGFAPALLCHDCGWIAECPRCDHYYTLHQAQHHLRCHHCDSQRPVPRQCPSCGSTHLVPVGLGTEQLEQTLAPLFPGVPISRIDRDTTSRKGALEQQLAEVHRGGARILIGTQMLAKGHHFPDVTLVALLDVDGALFSADFRSAERFAQLYTQVAGRAGRAGKQGEVVLQTHHPEHPLLQTLLYKGYDAFAEQALAERRMMQLPPWTSHVIVRAEDHNNQHAPLFLQQLRNLILSSPLADEKLWVLGPVPALAPKRGGRWRWQILLQHPSRVRLQHIINGTLALINTIPDSRKVKWVLDVDPIEG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPGPGPAPTPAPAPGPGPGPCPTPGPAPGPCPAPCPGPCPCPGP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	12400.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

CGAGACCGCAATACGGATAAGGGCTGAGCACGCCGACGAA

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPCPGPGPCPGPTPGPCPTP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	4567.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Z

TTCGTCGGCGTGCTC

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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8. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.22 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	190000

fit	/app/data/saxs_computation/fa/8fak/8fak.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fa/8fak/8fak.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fa/8fak/8fak.dat

DNA replication fork binding triggers structural changes in the PriA DNA helicase that regulate the PriA-PriB replication restart pathway in E. coli

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Primosomal replication protein N

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;Primosomal protein N' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)