SAXSdb — 6dcr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Primosomal protein N' ;

Escherichia coli (strain K12)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–732	突变：delta 114-174	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；297 K；50 mM HEPES-HCl pH 7.5, 9.5 % PEG 4000, 4 % Isopropanol, 8 % glycerol, 50 mM sodium malonate, and 25-100 mM sodium fluoride	分辨率 1.98 Å R-free 0.215
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–732	突变：delta 114-174	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；297 K；50 mM HEPES-HCl pH 7.5, 9.5 % PEG 4000, 4 % Isopropanol, 8 % glycerol, 50 mM sodium malonate, and 25-100 mM sodium fluoride	分辨率 1.98 Å R-free 0.215

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6DCR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2D7E Crystal structure of N-terminal domain of PriA from E.coli 提交 2005-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–105（105 aa）片段：DNA binding domein 链 B 1–105（105 aa）片段：DNA binding domein	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；0.1M sodium citrate, 0.3M ammonium sulfate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.292
2D7E Crystal structure of N-terminal domain of PriA from E.coli 提交 2005-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–105（105 aa）片段：DNA binding domein 链 D 1–105（105 aa）片段：DNA binding domein	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；0.1M sodium citrate, 0.3M ammonium sulfate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.292
2D7E Crystal structure of N-terminal domain of PriA from E.coli 提交 2005-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–105（105 aa）片段：DNA binding domein 链 B 1–105（105 aa）片段：DNA binding domein	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；0.1M sodium citrate, 0.3M ammonium sulfate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.292
2D7E Crystal structure of N-terminal domain of PriA from E.coli 提交 2005-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–105（105 aa）片段：DNA binding domein 链 D 1–105（105 aa）片段：DNA binding domein	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；0.1M sodium citrate, 0.3M ammonium sulfate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.292
2D7G Crystal structure of the aa complex of the N-terminal domain of PriA 提交 2005-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–105（105 aa）片段：residues 1-105 链 B 1–105（105 aa）片段：residues 1-105	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；12% PEG 6000, 0.1M sodium acetate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.309
2D7G Crystal structure of the aa complex of the N-terminal domain of PriA 提交 2005-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–105（105 aa）片段：residues 1-105 链 D 1–105（105 aa）片段：residues 1-105	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；12% PEG 6000, 0.1M sodium acetate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.309
2D7H Crystal structure of the ccc complex of the N-terminal domain of PriA 提交 2005-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric	链 A 1–105（105 aa）片段：residues 1-105 链 B 1–105（105 aa）片段：residues 1-105 链 C 1–105（105 aa）片段：residues 1-105 链 D 1–105（105 aa）片段：residues 1-105	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.6；293 K；0.1M sodium citrate, 0.2M ammonium sulfate, pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.293
2DWL Crystal structure of the PriA protein complexed with oligonucleotides 提交 2006-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105 链 B 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.8；293 K；0.1M sodium citrate, 0.2M ammonium sulfate, pH 3.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.302
2DWL Crystal structure of the PriA protein complexed with oligonucleotides 提交 2006-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 C 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105 链 D 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.8；293 K；0.1M sodium citrate, 0.2M ammonium sulfate, pH 3.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.302
2DWM Crystal structure of the PriA protein complexed with oligonucleotides 提交 2006-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105 链 B 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.8；293 K；0.1M sodium citrate, 0.2M ammonium sulfate, pH 3.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.15 Å R-free 0.318
2DWM Crystal structure of the PriA protein complexed with oligonucleotides 提交 2006-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105 链 D 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.8；293 K；0.1M sodium citrate, 0.2M ammonium sulfate, pH 3.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.15 Å R-free 0.318
2DWN Crystal structure of the PriA protein complexed with oligonucleotides 提交 2006-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105 链 B 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.6；293 K；0.1M sodium citrate, 0.4M ammonium sulfate, pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.35 Å R-free 0.333
2DWN Crystal structure of the PriA protein complexed with oligonucleotides 提交 2006-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 C 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105 链 D 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.6；293 K；0.1M sodium citrate, 0.4M ammonium sulfate, pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.35 Å R-free 0.333
2DWN Crystal structure of the PriA protein complexed with oligonucleotides 提交 2006-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105 链 B 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.6；293 K；0.1M sodium citrate, 0.4M ammonium sulfate, pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.35 Å R-free 0.333
2DWN Crystal structure of the PriA protein complexed with oligonucleotides 提交 2006-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 C 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105 链 D 1–105（105 aa）片段：Residues 1-105	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.6；293 K；0.1M sodium citrate, 0.4M ammonium sulfate, pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.35 Å R-free 0.333
8FAK DNA replication fork binding triggers structural changes in the PriA DNA helicase that regulate the PriA-PriB replication restart pathway in E. coli 提交 2022-11-28	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 H 1–732（732 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.22 Å
9ZBT Visualization of PriA/PriB/DnaT complexes reveals mechanisms governing structure-specific assembly of the DNA replication restart primosome 提交 2025-11-21	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：heptameric	链 H 1–732（732 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM Tris-HCl, pH 8, 2 mM dithiothreitol, 5 mM ethylenediaminetetraacetic acid, 75 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.22 Å
9ZBU Visualization of PriA/PriB/DnaT complexes reveals mechanisms governing structure-specific assembly of the DNA replication restart primosome 提交 2025-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric	链 H 2–732（731 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM Tris-HCl, pH 8, 2 mM dithiothreitol, 5 mM ethylenediaminetetraacetic acid, 75 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

共 9 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRIA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–694； UniProt 1–732 作者链 B； PDB构建体 21–694； UniProt 1–732

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6dcr
沉积日期 deposition_date	2018-05-08
结构标题 title	E. coli PriA helicase winged helix domain deletion protein
关键词 keywords	PriA, Helicase, DNA replication restart, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.18 Å
零角强度 I(0) i0	268799000.00
分子量 molecular_weight	133940.0 kDa
排除体积 excluded_volume	167790 Å³
包络体积 envelope_volume	230710 Å³
水化壳体积 shell_volume	48670 Å³
包络直径 envelope_diameter	151.3 Å
壳层 Rg shell_rg	44.22 Å
包络 Rg envelope_rg	40.65 Å
形状 Rg shape_rg	41.17 Å
总 Rg total_rg	41.37 Å
总原子数 total_atoms	18624
残基数 n_residues	1239
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	142.8 Å
Rg (实空间) rg_real	41.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6880e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9700e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	268700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8579
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	41.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.454
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.393
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	39590000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.795; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.926; Smooth: 0.837

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;Primosomal protein N' ;
分子量 formula_weight	77282.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
突变 mutation	delta 114-174
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	19132

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMPVAHVALPVPLPRTFDYLLPEGMTVKAGCRVRVPFGKQQERIGIVVSVSDASELPLNELKAVVEVLDSEPVFTHSVWRLLLWAADYYHHPIGDVLFHALPILLRQGRPAANAPDIDLASETPEFSDWRTNYAVSGERLRLNTEQATAVGAIHSAADTFSAWLLAGVTGSGKTEVYLSVLENVLAQGKQALVMVPEIGLTPQTIARFRERFNAPVEVLHSGLNDSERLSAWLKAKNGEAAIVIGTRSALFTPFKNLGVIVIDEEHDSSYKQQEGWRYHARDLAVYRAHSEQIPIILGSATPALETLCNVQQKKYRLLRLTRRAGNARPAIQHVLDLKGQKVQAGLAPALITRMRQHLQADNQVILFLNRRGFAPALLCHDCGWIAECPRCDHYYTLHQAQHHLRCHHCDSQRPVPRQCPSCGSTHLVPVGLGTEQLEQTLAPLFPGVPISRIDRDTTSRKGALEQQLAEVHRGGARILIGTQMLAKGHHFPDVTLVALLDVDGALFSADFRSAERFAQLYTQVAGRAGRAGKQGEVVLQTHHPEHPLLQTLLYKGYDAFAEQALAERRMMQLPPWTSHVIVRAEDHNNQHAPLFLQQLRNLILSSPLADEKLWVLGPVPALAPKRGGRWRWQILLQHPSRVRLQHIINGTLALINTIPDSRKVKWVLDVDPIEG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	412

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.132 Å
晶胞边长 b length_b	56.505 Å
晶胞边长 c length_c	195.863 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.67 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.978 Å
最低分辨率 resolution_low	48.832 Å
R 因子 r_factor	0.1871
R_work r_work	0.1856
R_free r_free	0.2150

fit	/app/data/saxs_computation/dc/6dcr/6dcr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dc/6dcr/6dcr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dc/6dcr/6dcr.dat

E. coli PriA helicase winged helix domain deletion protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Primosomal protein N' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction