2cev

ARGINASE FROM BACILLUS CALDEVELOX, NATIVE STRUCTURE AT PH 8.5

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (ARGINASE)

Bacillus caldovelox

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	MANGANESE (II) ION × 12 GUANIDINE × 6 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	MANGANESE (II) ION × 6 GUANIDINE × 3 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	MANGANESE (II) ION × 12 GUANIDINE × 6 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARGI_BACCD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–299； UniProt 2–299 作者链 B； PDB构建体 2–299； UniProt 2–299 作者链 C； PDB构建体 2–299； UniProt 2–299 作者链 D； PDB构建体 2–299； UniProt 2–299 作者链 E； PDB构建体 2–299； UniProt 2–299 作者链 F； PDB构建体 2–299； UniProt 2–299

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2cev
沉积日期 deposition_date	1999-03-10
结构标题 title	ARGINASE FROM BACILLUS CALDEVELOX, NATIVE STRUCTURE AT PH 8.5
关键词 keywords	ENZYME, HYDROLASE, ARGININE HYDROLYSIS, NITROGEN METABOLISM, MANGANESE METALLOENZYME; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2cev__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2cev__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2cev__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.48 Å
Rg（电子密度）	35.65 Å
总 Rg	36.10 Å
原子数	13644
残基数	1788
排除体积	243240 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2cev__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2cev__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2cev__assembly_3__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (ARGINASE)
分子量 formula_weight	32476.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.3.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	14313

MKPISIIGVPMDLGQTRRGVDMGPSAMRYAGVIERLERLHYDIEDLGDIPIGKAERLHEQGDSRLRNLKAVAEANEKLAAAVDQVVQRGRFPLVLGGDHSIAIGTLAGVAKHYERLGVIWYDAHGDVNTAETSPSGNIHGMPLAASLGFGHPALTQIGGYSPKIKPEHVVLIGVRSLDEGEKKFIREKGIKIYTMHEVDRLGMTRVMEETIAYLKERTDGVHLSLDLDGLDPSDAPGVGTPVIGGLTYRESHLAMEMLAEAQIITSAEFVEVNPILDERNKTASVAVALMGSLFGEKLM

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus caldovelox
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	33931
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANIDINE
分子量 formula_weight	59.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	669

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2ceva_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.42 — Arginase/deacetylase
超家族 Superfamily superfamily	c.42.1 — Arginase/deacetylase
家族 Family family	c.42.1.1 — Arginase-like amidino hydrolases

结构域编号 domain_id	d2cevb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.42 — Arginase/deacetylase
超家族 Superfamily superfamily	c.42.1 — Arginase/deacetylase
家族 Family family	c.42.1.1 — Arginase-like amidino hydrolases

结构域编号 domain_id	d2cevc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.42 — Arginase/deacetylase
超家族 Superfamily superfamily	c.42.1 — Arginase/deacetylase
家族 Family family	c.42.1.1 — Arginase-like amidino hydrolases

结构域编号 domain_id	d2cevd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.42 — Arginase/deacetylase
超家族 Superfamily superfamily	c.42.1 — Arginase/deacetylase
家族 Family family	c.42.1.1 — Arginase-like amidino hydrolases

结构域编号 domain_id	d2ceve_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.42 — Arginase/deacetylase
超家族 Superfamily superfamily	c.42.1 — Arginase/deacetylase
家族 Family family	c.42.1.1 — Arginase-like amidino hydrolases

结构域编号 domain_id	d2cevf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.42 — Arginase/deacetylase
超家族 Superfamily superfamily	c.42.1 — Arginase/deacetylase
家族 Family family	c.42.1.1 — Arginase-like amidino hydrolases

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2cevA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	800 — Arginase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ureohydrolase domain

结构域编号 domain_id	2cevB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	800 — Arginase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ureohydrolase domain

结构域编号 domain_id	2cevC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	800 — Arginase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ureohydrolase domain

结构域编号 domain_id	2cevD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	800 — Arginase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ureohydrolase domain

结构域编号 domain_id	2cevE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	800 — Arginase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ureohydrolase domain

结构域编号 domain_id	2cevF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	800 — Arginase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ureohydrolase domain

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晶胞边长 a length_a	106.220 Å
晶胞边长 b length_b	275.580 Å
晶胞边长 c length_c	138.070 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1950
R_free r_free	0.2380

ARGINASE FROM BACILLUS CALDEVELOX, NATIVE STRUCTURE AT PH 8.5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (ARGINASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2cev__assembly_1__model_1

2cev__assembly_1__model_1 | I(q)

2cev__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

ARGINASE FROM BACILLUS CALDEVELOX, NATIVE STRUCTURE AT PH 8.5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (ARGINASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2cev__assembly_1__model_1

2cev__assembly_1__model_1 | I(q)

2cev__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)