SAXSdb — 2ch7

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ch7
沉积日期 deposition_date	2006-03-13
结构标题 title	Crystal structure of the cytoplasmic domain of a bacterial chemoreceptor from Thermotoga maritima
关键词 keywords	CHEMOTAXIS, RECEPTOR, FOUR-HELIX BUNDLE, SIGNAL TRANSDUCTION, METHYL-ACCEPTING RECEPTOR; CHEMOTAXIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	62.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	66.32 Å
零角强度 I(0) i0	76583000.00
分子量 molecular_weight	66527.0 kDa
排除体积 excluded_volume	81240 Å³
包络体积 envelope_volume	116220 Å³
水化壳体积 shell_volume	21357 Å³
包络直径 envelope_diameter	233.1 Å
壳层 Rg shell_rg	37.78 Å
包络 Rg envelope_rg	67.91 Å
形状 Rg shape_rg	66.38 Å
总 Rg total_rg	65.06 Å
总原子数 total_atoms	4632
残基数 n_residues	617
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	215.6 Å
Rg (实空间) rg_real	64.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.6540e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8250e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	60.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	76030000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5660
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.633
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.519
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0004
最高正则化参数 α highest_alpha	1912000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.016; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.032; Smooth: 0.285

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	METHYL-ACCEPTING CHEMOTAXIS PROTEIN
分子量 formula_weight	33398.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5216

GSHMKDVQTETFSVAESIEEISKANEEITNQLLGISKEMDNISTRIESISASVQETTAGSEEISSATKNIADSAQQAASFADQSTQLAKEAGDALKKVIEVTRMISNSAKDVERVVESFQKGAEEITSFVETINAIAEQTNLLALNAAIEAARAGEAGRGFAVVADEIRKLAEESQQASENVRRVVNEIRSIAEDAGKVSSEITARVEEGTKLADEADEKLNSIVGAVERINEMLQNIAAAIEEQTAAVDEITTAMTENAKNAEEITNSVKEVNARLQEISASTEEVTSRVQTIRENVQMLKEIVARYK

来源 Source

来源生物 organism	THERMOTOGA MARITIMA
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2336
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 2 polymer

描述 description	METHYL-ACCEPTING CHEMOTAXIS PROTEIN
分子量 formula_weight	33411.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSHMKDVQTETFSVAESIEEISKANEEITNQLLGISKEMDNISTRIESISASVQETTAGSEEISSATKNIADSAQQAASFADQSTQLAKEAGDALKKVIEVTRMISNSAKDVERVVESFQKGAEEITSFVETINAIAEQTNLLALNAAIEAARAGEAGRGFAVVADEIRKLAEESQQASENVRRVVNEIRSIAEDAGKVSSEITARVEEGTKLADEADEKLNSIVGAVERINEMLQNIAAAIEEQNAAVDEITTAMTENAKNAEEITNSVKEVNARLQEISASTEEVTSRVQTIRENVQMLKEIVARYK

来源 Source

来源生物 organism	THERMOTOGA MARITIMA
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2336
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 3 non-polymer

描述 description	LEAD (II) ION
分子量 formula_weight	207.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	584

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2ch7a1
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.4 — Antiparallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.4.5 — Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signaling domain
家族 Family family	h.4.5.1 — Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signaling domain

结构域编号 domain_id	d2ch7b1
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.4 — Antiparallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.4.5 — Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signaling domain
家族 Family family	h.4.5.1 — Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signaling domain

结构域编号 domain_id	d2ch7b2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2ch7A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	950 — Methyl-accepting chemotaxis protein

结构域编号 domain_id	2ch7B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	950 — Methyl-accepting chemotaxis protein

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	24.600 Å
晶胞边长 b length_b	99.400 Å
晶胞边长 c length_c	117.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.50 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2587
R_work r_work	0.2587
R_free r_free	0.2971

fit	/app/data/saxs_computation/ch/2ch7/2ch7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ch/2ch7/2ch7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ch/2ch7/2ch7.dat

Crystal structure of the cytoplasmic domain of a bacterial chemoreceptor from Thermotoga maritima

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)