SAXSdb — 2ckh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SENTRIN-SPECIFIC PROTEASE 1

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 419–643	片段：PROTEASE DOMAIN, RESIDUES 419-643	SMALL UBIQUITIN-RELATED MODIFIER 2 × 1 （P61956）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5；pH 5.00	分辨率 3.20 Å R-free 0.294

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2CKH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2CKG The structure of SENP1 SUMO-2 co-complex suggests a structural basis for discrimination between SUMO paralogues during processing 提交 2006-04-18	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 419–643（225 aa）片段：RESIDUES 419-643	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.50	分辨率 2.45 Å R-free 0.279
2CKG The structure of SENP1 SUMO-2 co-complex suggests a structural basis for discrimination between SUMO paralogues during processing 提交 2006-04-18	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 419–643（225 aa）片段：RESIDUES 419-643	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.50	分辨率 2.45 Å R-free 0.279
2G4D Crystal structure of human SENP1 mutant (C603S) in complex with SUMO-1 提交 2006-02-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 440–643（204 aa）片段：protease catalytic domain	突变：C603S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；289 K；0.1M CAPS, 40% PEG400, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.80 Å R-free 0.278
2G4D Crystal structure of human SENP1 mutant (C603S) in complex with SUMO-1 提交 2006-02-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 440–643（204 aa）片段：protease catalytic domain	突变：C603S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；289 K；0.1M CAPS, 40% PEG400, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.80 Å R-free 0.278
2IY0 SENP1 (mutant) SUMO1 RanGAP 提交 2006-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 419–592（174 aa）片段：C-TERMINAL FRAGMENT, RESIDUES 419-643 链 A 593–643（51 aa）片段：C-TERMINAL FRAGMENT, RESIDUES 419-643	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.77 Å R-free 0.279
2IY1 SENP1 (mutant) full length SUMO1 提交 2006-07-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 419–592（174 aa）片段：C-TERMINAL FRAGMENT, RESIDUES 419-643 链 A 593–643（51 aa）片段：C-TERMINAL FRAGMENT, RESIDUES 419-643	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.46 Å R-free 0.281
2IY1 SENP1 (mutant) full length SUMO1 提交 2006-07-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 419–592（174 aa）片段：C-TERMINAL FRAGMENT, RESIDUES 419-643 链 C 593–643（51 aa）片段：C-TERMINAL FRAGMENT, RESIDUES 419-643	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.46 Å R-free 0.281
2IYC SENP1 native structure 提交 2006-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 419–592（174 aa）片段：CATALYTIC FRAGMENT, RESIDUES 419-643 链 A 593–643（51 aa）片段：CATALYTIC FRAGMENT, RESIDUES 419-643 链 B 419–592（174 aa）片段：CATALYTIC FRAGMENT, RESIDUES 419-643 链 B 593–643（51 aa）片段：CATALYTIC FRAGMENT, RESIDUES 419-643	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.45 Å R-free 0.267
2IYD SENP1 covalent complex with SUMO-2 提交 2006-07-14	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 419–592（174 aa）片段：CATALYTIC FRAGMENT, RESIDUES 419-643 链 A 593–643（51 aa）片段：CATALYTIC FRAGMENT, RESIDUES 419-643	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.288
2XPH Crystal structure of human SENP1 with the bound cobalt 提交 2010-08-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 415–644（230 aa）片段：CATALYTIC FRAGMENT, RESIDUES 415-644	未记录	GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 CRYSTALS FORMED FROM 1 TO 1 OF RESERVOIR SOLUTION (1.8 M AMMONIUM SULFATE, 50 MM COCL2 AND 100 MM MES PH 6.5) AND PROTEIN SOLUTION (20 MG/ML IN 20 MM TRIS/HCL (PH 8.0), AND 50 MM NACL).	分辨率 2.40 Å R-free 0.313
2XPH Crystal structure of human SENP1 with the bound cobalt 提交 2010-08-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 415–644（230 aa）片段：CATALYTIC FRAGMENT, RESIDUES 415-644	未记录	GOL GLYCEROL × 1 CO COBALT (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 CRYSTALS FORMED FROM 1 TO 1 OF RESERVOIR SOLUTION (1.8 M AMMONIUM SULFATE, 50 MM COCL2 AND 100 MM MES PH 6.5) AND PROTEIN SOLUTION (20 MG/ML IN 20 MM TRIS/HCL (PH 8.0), AND 50 MM NACL).	分辨率 2.40 Å R-free 0.313
2XRE Detection of cobalt in previously unassigned human SENP1 structure 提交 2010-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 415–644（230 aa）片段：CATALYTIC FRAGMENT, RESIDUES 415-644 链 B 415–644（230 aa）片段：CATALYTIC FRAGMENT, RESIDUES 415-644	未记录	GOL GLYCEROL × 10 CO COBALT (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；CRYSTALLIZATION WAS PERFORMED USING A SITTING-DROP VAPOUR-DIFFUSION METHOD. CRYSTALS APPEARED FROM EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION (20 MG/ML IN 20 MM TRIS/HCL, PH 8.0, AND 50 MM NACL) AND RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 100 MM COCL2, 0.1M MES, PH 6.5, AND 1.8 M (NH4)2SO4.	分辨率 2.45 Å R-free 0.317
2XRE Detection of cobalt in previously unassigned human SENP1 structure 提交 2010-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 415–644（230 aa）片段：CATALYTIC FRAGMENT, RESIDUES 415-644 链 B 415–644（230 aa）片段：CATALYTIC FRAGMENT, RESIDUES 415-644	未记录	GOL GLYCEROL × 10 CO COBALT (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；CRYSTALLIZATION WAS PERFORMED USING A SITTING-DROP VAPOUR-DIFFUSION METHOD. CRYSTALS APPEARED FROM EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION (20 MG/ML IN 20 MM TRIS/HCL, PH 8.0, AND 50 MM NACL) AND RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 100 MM COCL2, 0.1M MES, PH 6.5, AND 1.8 M (NH4)2SO4.	分辨率 2.45 Å R-free 0.317
2XRE Detection of cobalt in previously unassigned human SENP1 structure 提交 2010-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 415–644（230 aa）片段：CATALYTIC FRAGMENT, RESIDUES 415-644	未记录	GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；CRYSTALLIZATION WAS PERFORMED USING A SITTING-DROP VAPOUR-DIFFUSION METHOD. CRYSTALS APPEARED FROM EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION (20 MG/ML IN 20 MM TRIS/HCL, PH 8.0, AND 50 MM NACL) AND RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 100 MM COCL2, 0.1M MES, PH 6.5, AND 1.8 M (NH4)2SO4.	分辨率 2.45 Å R-free 0.317
2XRE Detection of cobalt in previously unassigned human SENP1 structure 提交 2010-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 415–644（230 aa）片段：CATALYTIC FRAGMENT, RESIDUES 415-644	未记录	GOL GLYCEROL × 6 CO COBALT (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；CRYSTALLIZATION WAS PERFORMED USING A SITTING-DROP VAPOUR-DIFFUSION METHOD. CRYSTALS APPEARED FROM EQUAL VOLUMES OF PROTEIN SOLUTION (20 MG/ML IN 20 MM TRIS/HCL, PH 8.0, AND 50 MM NACL) AND RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 100 MM COCL2, 0.1M MES, PH 6.5, AND 1.8 M (NH4)2SO4.	分辨率 2.45 Å R-free 0.317
6NNQ Non-covalent structure of SENP1 in complex with SUMO2 提交 2019-01-15	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 421–643（223 aa）片段：residues 421-643	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；20% PEG 6000, 0.1M HEPES, pH 7.5	分辨率 2.62 Å R-free 0.277

共 9 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SENP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–225； UniProt 419–643

SMALL UBIQUITIN-RELATED MODIFIER 2

HOMO SAPIENS

UniProt P61956

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 15–93	未记录	SENTRIN-SPECIFIC PROTEASE 1 × 1 （Q9P0U3）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5；pH 5.00	分辨率 3.20 Å R-free 0.294

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2CKH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1WM2 Crystal structure of human SUMO-2 protein 提交 2004-07-02	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 12–89（78 aa）片段：no N-terminal arm(residues 12-89)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；40% PEG600, 0.1M CHES, 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.60 Å R-free 0.190
1WM3 Crystal structure of human SUMO-2 protein 提交 2004-07-02	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 17–88（72 aa）片段：no N-terminal arm(residues 17-88)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；40% PEG600, 0.1M CHES, 0.1M Na-HEPES, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.20 Å R-free 0.185
1WZ0 Solution Structure of Human SUMO-2 (SMT3B), a Ubiquitin-like Protein 提交 2005-02-21	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–91（91 aa）片段：ubiquitin-like molecule	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM；压力 ambient NMR样品组成 1.21mM protein U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl (pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2AWT Solution Structure of Human Small Ubiquitin-Like Modifier Protein Isoform 2 (SUMO-2) 提交 2005-09-02	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–95（95 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium phosphate, 150mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 0.8mM SUMO-2 U-15N, 13C; 50mM phosphate buffer pH 6.0; 150mM NaCl; 1mM EDTA; 1mM DSS; 0.01% sodium azide; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2D07 Crystal Structure of SUMO-3-modified Thymine-DNA Glycosylase 提交 2005-07-26	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–93（93 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；1.5M sodium malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.241
2IO0 Crystal structure of human Senp2 in complex with preSUMO-2 提交 2006-10-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 15–95（81 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；15% PEG 4000, 0.2M Lithium sulfate, 0.1mM Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.30 Å R-free 0.249
2IO3 Crystal structure of human Senp2 in complex with RanGAP1-SUMO-2 提交 2006-10-09	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 15–93（79 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；12% PEG 4000, 0.1M Lithium chloride, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.306
2IYD SENP1 covalent complex with SUMO-2 提交 2006-07-14	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 15–95（81 aa）片段：CATALYTIC FRAGMENT, RESIDUES 15-95	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.288
2N1W Solution structure of human SUMO2 提交 2015-04-24	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–93（93 aa）片段：UNP residues 1-93	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；290 K；压力 ambient NMR样品组成 0.5-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SUMO2-1, 10 mM potassium phosphate-2, 100 mM potassium chloride-3, 2 mM DTT-4, 0.1 mM EDTA-5, 0.001 % sodium azide-6, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5-1 mM [U-100% 15N] SUMO2-7, 10 mM potassium phosphate-8, 100 mM potassium chloride-9, 2 mM DTT-10, 0.1 mM EDTA-11, 0.001 % sodium azide-12, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5-1 mM [U-100% 15N] SUMO2-13, 10 mM potassium phosphate-14, 100 mM potassium chloride-15, 2 mM DTT-16, 0.1 mM EDTA-17, 0.001 % sodium azide-18, 10 w/v Pf1 phage-19, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5-1 mM SUMO2-20, 10 mM potassium phosphate-21, 100 mM potassium chloride-22, 2 mM DTT-23, 0.1 mM EDTA-24, 0.001 % sodium azide-25, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2N9E Structure of SUMO-2 bound to phosphorylated RAP80 SIM 提交 2015-11-15	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–95（95 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）25；压力 ambient NMR样品组成 1.2 mM peptide, 0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2RPQ Solution Structure of a SUMO-interacting motif of MBD1-containing chromatin-associated factor 1 bound to SUMO-3 提交 2008-07-07	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–93（93 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 0.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SIMMCAF1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3UIN Complex between human RanGAP1-SUMO2, UBC9 and the IR1 domain from RanBP2 提交 2011-11-05	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 14–93（80 aa）片段：UNP residues 14-93	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；279 K；100 mM HEPES pH 7.5, 400 mM ammonium citrate, 2% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 2.60 Å R-free 0.264
3UIO Complex between human RanGAP1-SUMO2, UBC9 and the IR1 domain from RanBP2 containing IR2 Motif II 提交 2011-11-05	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 14–93（80 aa）片段：UNP residues 14-93	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；279 K；14% PEG4000, 100 mM sodium citrate pH 6.0, 200 mM ammonium acetate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 279K	分辨率 2.60 Å R-free 0.251
3ZO5 Structure of SENP2-Loop1 in complex with preSUMO-2 提交 2013-02-20	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 16–95（80 aa）片段：RESIDUES 16-95	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.15 Å R-free 0.236
4BKG crystal structure of human diSUMO-2 提交 2013-04-25	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 12–93（82 aa）片段：SUMO-2DELTAN11, RESIDUES 12-93	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.1 M TRIS/HCL PH 8.0, 28% PEG 350MME,0.05% DIOXANE	分辨率 2.11 Å R-free 0.231
4NPN Crystal structure of human tetra-SUMO-2 提交 2013-11-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 12–93（82 aa）片段：DELTAN11SUMO-2, UNP RESIDUES 12-93	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.4；289 K；0.1M Tris-HCl, 0.1M CHES, 30% PEG 600, pH 9.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.63 Å R-free 0.218
4NPN Crystal structure of human tetra-SUMO-2 提交 2013-11-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 12–93（82 aa）片段：DELTAN11SUMO-2, UNP RESIDUES 12-93	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.4；289 K；0.1M Tris-HCl, 0.1M CHES, 30% PEG 600, pH 9.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.63 Å R-free 0.218
5D2M Complex between human SUMO2-RANGAP1, UBC9 and ZNF451 提交 2015-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 15–93（79 aa）片段：UNP residues 15-93 链 E 15–93（79 aa）片段：UNP residues 15-93	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；6 % (w/v) PEG 8000, 0.2 M ammonium citrate and 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.234
5ELU Isoform-specific inhibition of SUMO-dependent protein-protein interactions 提交 2015-11-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 14–89（76 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2 M sodium chloride and 2.0 M ammonium sulphate	分辨率 2.35 Å R-free 0.207
5EQL Isoform-specific inhibition of SUMO-dependent protein-protein interactions 提交 2015-11-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 14–89（76 aa）片段：UNP residues 14-89	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；291 K；0.1 M HEPES sodium salt pH 7.6, 22% w/v polyethylene glycol 3350	分辨率 2.49 Å R-free 0.243
5GHB SOLUTION STRUCTURE OF LYS42 ACETYLATED HUMAN SUMO2 提交 2016-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–93（93 aa）片段：UNP RESIDUES 1-93	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；290 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM KCl；压力 AMBIENT NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] SUMO2 K42Ac, 10 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 0.001 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] SUMO2 K42Ac, 10 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 0.001 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] SUMO2 K42Ac, 10 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 0.001 % sodium azide, 10 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM K42Ac SUMO2, 10 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 0.001 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5GHC SOLUTION STRUCTURE OF LYS33 ACETYLATED HUMAN SUMO2 提交 2016-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–93（93 aa）片段：UNP RESIDUES 1-93	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；290 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM KCl；压力 AMBIENT NMR样品组成 1 mM SUMO2 K33Ac, 10 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 0.001 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM SUMO2 K33Ac, 10 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 0.001 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM SUMO2 K33Ac, 10 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 0.001 % sodium azide, 10 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM SUMO2 K33Ac, 10 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 0.001 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6JXW Complex of SUMO2 bound SLS4 from ICP0. 提交 2019-04-25	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–95（95 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）137；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-98% 15N] SUMO2, 2.0 mM SLS4-SIM from Ubiquitin E3 ligase ICP0, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SUMO2, 2.0 mM SLS4-SIM from Ubiquitin E3 ligase ICP0, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-15N; U-2H] SUMO2, 2.0 mM SLS4-SIM from Ubiquitin E3 ligase ICP0, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 2.0 mM [U-15N; U-2H] SUMO2, 0.5 mM SLS4-SIM from Ubiquitin E3 ligase ICP0, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6JXX SUMO2 bound to phosphorylated SLS4-SIM peptide from ICP0 提交 2019-04-25	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–95（95 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）137；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-15N] SUMO2, 2 mM Phosphorylated SLS4 from E3 ubiquitin ligase ICP0, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7 mM [U-13C; U-15N] SUMO2, 1.5 mM Phosphorylated SLS4 from E3 ubiquitin ligase ICP0, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
7ZJV Structure of human USPL1 in covalent complex with DeltaN-SUMO2/3-PA probe 提交 2022-04-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 18–92（75 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 AYE prop-2-en-1-amine × 1 CL CHLORIDE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.9；293 K；100 mM CHES pH 8.9, 34% PEG600	分辨率 2.40 Å R-free 0.258

共 24 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SUMO2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–79； UniProt 15–93

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ckh
沉积日期 deposition_date	2006-04-18
结构标题 title	SENP1-SUMO2 complex
关键词 keywords	UBL CONJUGATION PATHWAY, NUCLEAR PROTEIN, PROTEASE CO- COMPLEX, SUMO, PROTEASE, HYDROLASE, THIOL PROTEASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.99 Å
零角强度 I(0) i0	22230500.00
分子量 molecular_weight	35802.0 kDa
排除体积 excluded_volume	44842 Å³
包络体积 envelope_volume	53086 Å³
水化壳体积 shell_volume	21971 Å³
包络直径 envelope_diameter	67.0 Å
壳层 Rg shell_rg	26.80 Å
包络 Rg envelope_rg	20.34 Å
形状 Rg shape_rg	19.97 Å
总 Rg total_rg	20.96 Å
总原子数 total_atoms	2515
残基数 n_residues	304
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.1 Å
Rg (实空间) rg_real	21.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2230e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7790e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	22230000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8993
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.223
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.414
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5304000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.898; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.995

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SENTRIN-SPECIFIC PROTEASE 1
分子量 formula_weight	26803.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2515

EFPEITEEMEKEIKNVFRNGNQDEVLSEAFRLTITRKDIQTLNHLNWLNDEIINFYMNMLMERSKEKGLPSVHAFNTFFFTKLKTAGYQAVKRWTKKVDVFSVDILLVPIHLGVHWCLAVVDFRKKNITYYDSMGGINNEACRILLQYLKQESIDKKRKEFDTNGWQLFSKKSQIPQQMNGSDCGMFACKYADCITKDRPINFTQQHMPYFRKRMVWEILHRKLL

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SMALL UBIQUITIN-RELATED MODIFIER 2
分子量 formula_weight	9063.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

NDHINLKVAGQDGSVVQFKIKRHTPLSKLMKAYCERQGLSMRQIRFRFDGQPINETDTPAQLEMEDEDTIDVFQQQTGG

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2ckha1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.7 — Adenain-like

结构域编号 domain_id	d2ckhb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2ckhA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	395 — Adenoviral Proteinase; Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenoviral Proteinase; Chain A

结构域编号 domain_id	2ckhB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	143.376 Å
晶胞边长 b length_b	143.376 Å
晶胞边长 c length_c	71.886 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	124.030 Å
R 因子 r_factor	0.2490
R_work r_work	0.2450
R_free r_free	0.2940

fit	/app/data/saxs_computation/ck/2ckh/2ckh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ck/2ckh/2ckh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ck/2ckh/2ckh.dat

SENP1-SUMO2 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SENTRIN-SPECIFIC PROTEASE 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SMALL UBIQUITIN-RELATED MODIFIER 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)