SAXSdb — 2ckk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

KIN17

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 268–393	片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 268-393	IOD IODIDE ION × 12 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；290 K；VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP 10% ETHYLENE GLYCOL, 27% PEG 6000, 500 MM LICL, 100 MM SODIUM ACETATE PH 6.3 290 K	分辨率 1.45 Å R-free 0.175

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2CKK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2V1N SOLUTION STRUCTURE OF THE REGION 51-160 OF HUMAN KIN17 REVEALS A WINGED HELIX FOLD 提交 2007-05-27	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 51–160（110 aa）片段：RESIDUES 51-160	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50MM PHOSPHATE , 150MM NACL NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50MM PHOSPHATE , 150MM NACL NMR样品组成 90%WATER / 10%D2O	分辨率未提供
7ABH Human pre-Bact-2 spliceosome (SF3b/U2 snRNP portion) 提交 2020-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 7 1–393（393 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
7ABI Human pre-Bact-2 spliceosome 提交 2020-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric	链 7 1–393（393 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.00 Å
8I0P The cryo-EM structure of human pre-Bact complex 提交 2023-01-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：51-meric	链 K 1–393（393 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9COJ SH3-like tandem domain of human KIN protein 提交 2024-07-16	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 268–393（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298.4 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NaPi, 100 mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 500 uM [U-13C; U-15N] SH3-like tandem domain of human KIN protein, 0.5 mM PMSF, 3 mM EDTA, 0.02 % v/v sodium azide, 0.33 mM 98% 2H DSS, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O60870_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–127； UniProt 268–393

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ckk
沉积日期 deposition_date	2006-04-20
结构标题 title	High resolution crystal structure of the human kin17 C-terminal domain containing a kow motif
关键词 keywords	BETA BARREL, RIBOSOMAL PROTEIN, RIBONUCLEOPROTEIN, NUCLEAR PROTEIN; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.56 Å
零角强度 I(0) i0	5473240.00
分子量 molecular_weight	15053.0 kDa
排除体积 excluded_volume	17714 Å³
包络体积 envelope_volume	19772 Å³
水化壳体积 shell_volume	11892 Å³
包络直径 envelope_diameter	49.6 Å
壳层 Rg shell_rg	19.71 Å
包络 Rg envelope_rg	14.69 Å
形状 Rg shape_rg	14.43 Å
总 Rg total_rg	15.76 Å
总原子数 total_atoms	965
残基数 n_residues	120
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	50.1 Å
Rg (实空间) rg_real	15.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4730e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.5910e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5473000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8867
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.181
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.316
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	413600.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.882; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.879

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	KIN17
分子量 formula_weight	14348.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1181

GEEEKKRTARTDYWLQPEIIVKIITKKLGEKYHKKKAIVKEVIDKYTAVVKMIDSGDKLKLDQTHLETVIPAPGKRILVLNGGYRGNEGTLESINEKTFSATIVIETGPLKGRRVEGIQYEDISKLA

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	211

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2ckkA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

结构域编号 domain_id	2ckkA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	45.752 Å
晶胞边长 b length_b	46.309 Å
晶胞边长 c length_c	60.798 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.450 Å
最低分辨率 resolution_low	32.620 Å
R 因子 r_factor	0.1390
R_work r_work	0.1370
R_free r_free	0.1750

fit	/app/data/saxs_computation/ck/2ckk/2ckk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ck/2ckk/2ckk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ck/2ckk/2ckk.dat

High resolution crystal structure of the human kin17 C-terminal domain containing a kow motif

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

KIN17

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction