SAXSdb — 2cme

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2cme
沉积日期 deposition_date	2006-05-06
结构标题 title	The crystal structure of SARS coronavirus ORF-9b protein
关键词 keywords	ALTERNATIVE OPEN READING FRAME, LIPID-BINDING, VIRUS ASSEMBLY, HYPOTHETICAL PROTEIN; HYPOTHETICAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.94 Å
零角强度 I(0) i0	64997300.00
分子量 molecular_weight	68560.0 kDa
排除体积 excluded_volume	87992 Å³
包络体积 envelope_volume	129220 Å³
水化壳体积 shell_volume	31226 Å³
包络直径 envelope_diameter	138.9 Å
壳层 Rg shell_rg	39.43 Å
包络 Rg envelope_rg	37.75 Å
形状 Rg shape_rg	38.96 Å
总 Rg total_rg	38.89 Å
总原子数 total_atoms	4817
残基数 n_residues	615
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	132.2 Å
Rg (实空间) rg_real	39.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.5000e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	65000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8618
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	56.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.147
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.745
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5479000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.808; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.833; Smooth: 0.942

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	HYPOTHETICAL PROTEIN 5
分子量 formula_weight	8591.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4824

VPPALHLVDPQIQLTITADPKVYPIILRLGSNLSLSMARRNLDSLEARAFQSTPIVVQMTKLATTEELPDEFVVVTAK

来源 Source

来源生物 organism	HUMAN SARS CORONAVIRUS
通用名 common_name	SARS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	227859
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 2 polymer

描述 description	HYPOTHETICAL PROTEIN 5
分子量 formula_weight	8748.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

VPPALHLVDPQIQLTITRADPKVYPIILRLGSNLSLSMARRNLDSLEARAFQSTPIVVQMTKLATTEELPDEFVVVTAK

来源 Source

来源生物 organism	HUMAN SARS CORONAVIRUS
通用名 common_name	SARS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	227859
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 3 polymer

描述 description	HYPOTHETICAL PROTEIN 5
分子量 formula_weight	8420.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,F,H

PPALHLVDPQIQLTITDPKVYPIILRLGSNLSLSMARRNLDSLEARAFQSTPIVVQMTKLATTEELPDEFVVVTAK

来源 Source

来源生物 organism	HUMAN SARS CORONAVIRUS
通用名 common_name	SARS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	227859
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 4 polymer

描述 description	HYPOTHETICAL PROTEIN 5
分子量 formula_weight	8519.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,G

VPPALHLVDPQIQLTITDPKVYPIILRLGSNLSLSMARRNLDSLEARAFQSTPIVVQMTKLATTEELPDEFVVVTAK

来源 Source

来源生物 organism	HUMAN SARS CORONAVIRUS
通用名 common_name	SARS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	227859
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

Entity 5 non-polymer

描述 description	DECANE
分子量 formula_weight	142.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d2cmea1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.164 — SARS ORF9b-like
超家族 Superfamily superfamily	b.164.1 — 'SARS ORF9b-like
家族 Family family	b.164.1.1 — SARS ORF9b-like

结构域编号 domain_id	d2cmeb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.164 — SARS ORF9b-like
超家族 Superfamily superfamily	b.164.1 — 'SARS ORF9b-like
家族 Family family	b.164.1.1 — SARS ORF9b-like

结构域编号 domain_id	d2cmec_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.164 — SARS ORF9b-like
超家族 Superfamily superfamily	b.164.1 — 'SARS ORF9b-like
家族 Family family	b.164.1.1 — SARS ORF9b-like

结构域编号 domain_id	d2cmed_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.164 — SARS ORF9b-like
超家族 Superfamily superfamily	b.164.1 — 'SARS ORF9b-like
家族 Family family	b.164.1.1 — SARS ORF9b-like

结构域编号 domain_id	d2cmee1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.164 — SARS ORF9b-like
超家族 Superfamily superfamily	b.164.1 — 'SARS ORF9b-like
家族 Family family	b.164.1.1 — SARS ORF9b-like

结构域编号 domain_id	d2cmef_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.164 — SARS ORF9b-like
超家族 Superfamily superfamily	b.164.1 — 'SARS ORF9b-like
家族 Family family	b.164.1.1 — SARS ORF9b-like

结构域编号 domain_id	d2cmeg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.164 — SARS ORF9b-like
超家族 Superfamily superfamily	b.164.1 — 'SARS ORF9b-like
家族 Family family	b.164.1.1 — SARS ORF9b-like

结构域编号 domain_id	d2cmeh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.164 — SARS ORF9b-like
超家族 Superfamily superfamily	b.164.1 — 'SARS ORF9b-like
家族 Family family	b.164.1.1 — SARS ORF9b-like

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	140.028 Å
晶胞边长 b length_b	140.028 Å
晶胞边长 c length_c	45.146 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 42
空间群编号 int_tables_number	77
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	19.900 Å
R 因子 r_factor	0.2660
R_work r_work	0.2660
R_free r_free	0.2890

fit	/app/data/saxs_computation/cm/2cme/2cme.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cm/2cme/2cme.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cm/2cme/2cme.dat

The crystal structure of SARS coronavirus ORF-9b protein

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)