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2csm

TYR-BOUND T-STATE OF YEAST CHORISMATE MUTASE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 65.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHORISMATE MUTASE

物种未注明

UniProt P32178

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–256 未记录 TYR TYROSINE × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.80 Å R-free 0.321

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2CSM Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CSM THE CRYSTAL STRUCTURE OF ALLOSTERIC CHORISMATE MUTASE AT 2.2 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1994-08-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–256（256 aa）
链 B 1–256（256 aa）
未记录 TRP TRYPTOPHAN × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.310
3CSM STRUCTURE OF YEAST CHORISMATE MUTASE WITH BOUND TRP AND AN ENDOOXABICYCLIC INHIBITOR 提交 1997-07-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–256（256 aa）
链 B 1–256（256 aa）
未记录 TRP TRYPTOPHAN × 2 TSA 8-HYDROXY-2-OXA-BICYCLO[3.3.1]NON-6-ENE-3,5-DICARBOXYLIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；HANGING DROP, 19 % (W/V) PEG MONOMETHYLETHER 5000, 5 MM DTT, 0.15 M TRIS PH 8.0, 0.15 M SODIUM ACETATE, 16 MM TRYPTOPHAN, 3 MM INHIBITOR, 10 MG/ML PROTEIN, vapor diffusion - hanging drop
分辨率 3.00 Å R-free 0.247
3CSM STRUCTURE OF YEAST CHORISMATE MUTASE WITH BOUND TRP AND AN ENDOOXABICYCLIC INHIBITOR 提交 1997-07-10 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–256（256 aa）
未记录 TRP TRYPTOPHAN × 2 TSA 8-HYDROXY-2-OXA-BICYCLO[3.3.1]NON-6-ENE-3,5-DICARBOXYLIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；HANGING DROP, 19 % (W/V) PEG MONOMETHYLETHER 5000, 5 MM DTT, 0.15 M TRIS PH 8.0, 0.15 M SODIUM ACETATE, 16 MM TRYPTOPHAN, 3 MM INHIBITOR, 10 MG/ML PROTEIN, vapor diffusion - hanging drop
分辨率 3.00 Å R-free 0.247
3CSM STRUCTURE OF YEAST CHORISMATE MUTASE WITH BOUND TRP AND AN ENDOOXABICYCLIC INHIBITOR 提交 1997-07-10 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–256（256 aa）
未记录 TRP TRYPTOPHAN × 2 TSA 8-HYDROXY-2-OXA-BICYCLO[3.3.1]NON-6-ENE-3,5-DICARBOXYLIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；HANGING DROP, 19 % (W/V) PEG MONOMETHYLETHER 5000, 5 MM DTT, 0.15 M TRIS PH 8.0, 0.15 M SODIUM ACETATE, 16 MM TRYPTOPHAN, 3 MM INHIBITOR, 10 MG/ML PROTEIN, vapor diffusion - hanging drop
分辨率 3.00 Å R-free 0.247
4CSM YEAST CHORISMATE MUTASE + TYR + ENDOOXABICYCLIC INHIBITOR 提交 1997-07-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–256（256 aa）
链 B 1–256（256 aa）
未记录 TYR TYROSINE × 2 TSA 8-HYDROXY-2-OXA-BICYCLO[3.3.1]NON-6-ENE-3,5-DICARBOXYLIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；HANGING DROP, 32 % (W/V) PEG MONOMETHYLETHER 500, 4 MM DTT, 0.1 M TRIS PH 9.0, 0.1 M SODIUM CHLORIDE, 2 MM TYROSINE, 3 MM INHIBITOR, 10 MG/ML PROTEIN, vapor diffusion - hanging drop
分辨率 2.80 Å R-free 0.270
4CSM YEAST CHORISMATE MUTASE + TYR + ENDOOXABICYCLIC INHIBITOR 提交 1997-07-14 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–256（256 aa）
未记录 TYR TYROSINE × 2 TSA 8-HYDROXY-2-OXA-BICYCLO[3.3.1]NON-6-ENE-3,5-DICARBOXYLIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；HANGING DROP, 32 % (W/V) PEG MONOMETHYLETHER 500, 4 MM DTT, 0.1 M TRIS PH 9.0, 0.1 M SODIUM CHLORIDE, 2 MM TYROSINE, 3 MM INHIBITOR, 10 MG/ML PROTEIN, vapor diffusion - hanging drop
分辨率 2.80 Å R-free 0.270
4CSM YEAST CHORISMATE MUTASE + TYR + ENDOOXABICYCLIC INHIBITOR 提交 1997-07-14 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–256（256 aa）
未记录 TYR TYROSINE × 2 TSA 8-HYDROXY-2-OXA-BICYCLO[3.3.1]NON-6-ENE-3,5-DICARBOXYLIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；HANGING DROP, 32 % (W/V) PEG MONOMETHYLETHER 500, 4 MM DTT, 0.1 M TRIS PH 9.0, 0.1 M SODIUM CHLORIDE, 2 MM TYROSINE, 3 MM INHIBITOR, 10 MG/ML PROTEIN, vapor diffusion - hanging drop
分辨率 2.80 Å R-free 0.270
5CSM YEAST CHORISMATE MUTASE, T226S MUTANT, COMPLEX WITH TRP 提交 1997-07-14 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–256（256 aa）
突变：T226S TRP TRYPTOPHAN × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；HANGING DROP, 19 % PEG 3350, 3 MM DTT, 0.16 M SODIUM ACETATE PH 5.0, 16 MM TRYPTOPHAN, 10 MG/ML PROTEIN, vapor diffusion - hanging drop
分辨率 2.00 Å R-free 0.236

共 4 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CHMU_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2csm

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2csm
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2csm
沉积日期 deposition_date1995-11-24
结构标题 titleTYR-BOUND T-STATE OF YEAST CHORISMATE MUTASE
关键词 keywordsALLOSTERIC PROTEIN, COMPLEX (ISOMERASE-PEPTIDE), COMPLEX (ISOMERASE-PEPTIDE) complex; COMPLEX (ISOMERASE/PEPTIDE)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.20 Å
零角强度 I(0) i013201100.00
分子量 molecular_weight28668.0 kDa
排除体积 excluded_volume36554 ų
包络体积 envelope_volume42803 ų
水化壳体积 shell_volume18895 ų
包络直径 envelope_diameter68.6 Å
壳层 Rg shell_rg25.21 Å
包络 Rg envelope_rg19.38 Å
形状 Rg shape_rg19.19 Å
总 Rg total_rg20.16 Å
总原子数 total_atoms2025
残基数 n_residues245
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax65.3 Å
Rg (实空间) rg_real20.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3200e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5430e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8171
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary25.2 Å
偏度 Skewness skewness0.207
峰度 Kurtosis kurtosis-0.454
角度范围 angular_range— – 0.3950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2730000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.875; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2csma_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.130 — Chorismate mutase II
超家族 Superfamily superfamilya.130.1 — Chorismate mutase II
家族 Family familya.130.1.2 — Allosteric chorismate mutase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2csmA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology590 — Chorismate Mutase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Chorismate mutase, AroQ class superfamily, eukaryotic
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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)