2d2m

Structure of an extracellular giant hemoglobin of the gutless beard worm Oligobrachia mashikoi

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Giant hemoglobin, A1(b) globin chain

物种未注明

UniProt Q7M419

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 24 Giant hemoglobin, A2(a5) globin chain × 6 (Q7M413) Giant hemoglobin, B2(c) globin chain × 6 (Q7M418) Giant hemoglobin, B1(d) globin chain × 6 (Q5KSB7) PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 24 OXYGEN MOLECULE × 24 water × 24 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GLBB_OLIMA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–140; UniProt 17–156

Giant hemoglobin, A2(a5) globin chain

物种未注明

UniProt Q7M413

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 24 Giant hemoglobin, A1(b) globin chain × 6 (Q7M419) Giant hemoglobin, B2(c) globin chain × 6 (Q7M418) Giant hemoglobin, B1(d) globin chain × 6 (Q5KSB7) PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 24 OXYGEN MOLECULE × 24 water × 24 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GLB5_OLIMA
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–142; UniProt 17–158

Giant hemoglobin, B2(c) globin chain

物种未注明

UniProt Q7M418

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 24 Giant hemoglobin, A1(b) globin chain × 6 (Q7M419) Giant hemoglobin, A2(a5) globin chain × 6 (Q7M413) Giant hemoglobin, B1(d) globin chain × 6 (Q5KSB7) PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 24 OXYGEN MOLECULE × 24 water × 24 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GLBC_OLIMA
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–147; UniProt 17–163

Giant hemoglobin, B1(d) globin chain

物种未注明

UniProt Q5KSB7

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 24 Giant hemoglobin, A1(b) globin chain × 6 (Q7M419) Giant hemoglobin, A2(a5) globin chain × 6 (Q7M413) Giant hemoglobin, B2(c) globin chain × 6 (Q7M418) PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 24 OXYGEN MOLECULE × 24 water × 24 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q5KSB7_OLIMA
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–145; UniProt 17–161

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2d2m
沉积日期 deposition_date2005-09-12
结构标题 titleStructure of an extracellular giant hemoglobin of the gutless beard worm Oligobrachia mashikoi
关键词 keywordsgiant hemoglobin, sulfide binding, invertebrate, pogonophora, oligobrachia mashikoi, OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX; OXYGEN STORAGE/TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2d2m__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2d2m__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2d2m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)47.34 Å
Rg(电子密度)46.49 Å
总 Rg46.75 Å
原子数26664
残基数3438
排除体积465910 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2d2m__assembly_1__model_1 24-meric (24) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd2d2ma_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2d2mb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2d2mc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2d2md_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamilya.1.1 — Globin-like
家族 Family familya.1.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id2d2mA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Globins
结构域编号 domain_id2d2mB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Globins
结构域编号 domain_id2d2mC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Globins
结构域编号 domain_id2d2mD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Globins
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7. 引用文献 (2)