SAXSdb — 2d2n

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2d2n
沉积日期 deposition_date	2005-09-12
结构标题 title	Structure of an extracellular giant hemoglobin of the gutless beard worm Oligobrachia mashikoi
关键词 keywords	GIANT HEMOGLOBIN, SULFIDE BINDING, INVERTEBRATE, POGONOPHORA, OLIGOBRACHIA MASHIKOI, OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX; OXYGEN STORAGE/TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.27 Å
零角强度 I(0) i0	77160800.00
分子量 molecular_weight	64220.0 kDa
排除体积 excluded_volume	77965 Å³
包络体积 envelope_volume	91096 Å³
水化壳体积 shell_volume	30025 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.2 Å
壳层 Rg shell_rg	32.82 Å
包络 Rg envelope_rg	25.15 Å
形状 Rg shape_rg	25.28 Å
总 Rg total_rg	25.97 Å
总原子数 total_atoms	4452
残基数 n_residues	573
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.5 Å
Rg (实空间) rg_real	26.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7160e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1010e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	77160000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9078
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.277
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.500
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11870000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.939; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.984

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Giant hemoglobin, A1(b) globin chain
分子量 formula_weight	15188.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4452

VCNRLEQILVKTQWAQSYGEAENRAAFSRDLFSELFNIQGSSRALFSGVGVDDMNSAAFTAHCLRVTGALNRLISQLDQQATINADLAHLAGQHASRNLDASNFAAMGQAVMSVVPTHLDCFNQHAWGECYERIASGISG

Entity 2 polymer

描述 description	Giant hemoglobin, A2(a5) globin chain
分子量 formula_weight	15327.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DCTSLNRLLVKRQWAEAYGEGTNRELLGNRIWEDLFANMPDARGLFSRVNGNDIDSSEFQAHSLRVLGGLDMCVASLDDVPVLNALLARLNSQHDSRGIPAAGYPAFVASAISAVRATVGARSFDNDAWNSCMNQIVSGISG

Entity 3 polymer

描述 description	Giant hemoglobin, B2(c) globin chain
分子量 formula_weight	15621.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

SSCCSSEDRANVMHNWDAAWSAAYSDRRVALAQAVFASLFSRDAAAQGLFSGVSADNPDSADFRAHCVRVVNGLDVAINMLNDPAVLNEQLAHLSAQHQARAGVAAAHFDVMAEAFAEVMPQVSSCFSSDSWNRCFARIANGISAGL

Entity 4 polymer

描述 description	Giant hemoglobin, B1(d) globin chain
分子量 formula_weight	14786.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

ECCSRGDAEVVISEWDQVFNAAMAGSSESAVGVAIFDAFFASSGVSPSMFPGGGDSNNPEFLAQVSRVVSGADIAINSLTNRATCDSLLSHLNAQHRAISGVTGAAVTHLSQAISSVVAQVLPSAHIDAWEYCMAYIAAGIGAGL

Entity 5 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 non-polymer

描述 description	OXYGEN MOLECULE
分子量 formula_weight	32.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 7 non-polymer

描述 description	METHYL MERCURY ION
分子量 formula_weight	215.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2d2nA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	2d2nB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	2d2nC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	2d2nD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	111.745 Å
晶胞边长 b length_b	111.745 Å
晶胞边长 c length_c	276.707 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2420
R_free r_free	0.2970

fit	/app/data/saxs_computation/d2/2d2n/2d2n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d2/2d2n/2d2n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d2/2d2n/2d2n.dat

Structure of an extracellular giant hemoglobin of the gutless beard worm Oligobrachia mashikoi

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)