SAXSdb — 2d2n

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Giant hemoglobin, A1(b) globin chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Giant hemoglobin, A2(a5) globin chain × 6 （Q7M413） Giant hemoglobin, B2(c) globin chain × 6 （Q7M418） Giant hemoglobin, B1(d) globin chain × 6 （Q5KSB7） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 24 OXYGEN MOLECULE × 24 METHYL MERCURY ION × 24	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Giant hemoglobin, A2(a5) globin chain × 1 （Q7M413） Giant hemoglobin, B2(c) globin chain × 1 （Q7M418） Giant hemoglobin, B1(d) globin chain × 1 （Q5KSB7） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 OXYGEN MOLECULE × 4 METHYL MERCURY ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLBB_OLIMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–140； UniProt 17–156

Giant hemoglobin, A2(a5) globin chain

物种未注明

UniProt Q7M413

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Giant hemoglobin, A1(b) globin chain × 6 （Q7M419） Giant hemoglobin, B2(c) globin chain × 6 （Q7M418） Giant hemoglobin, B1(d) globin chain × 6 （Q5KSB7） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 24 OXYGEN MOLECULE × 24 METHYL MERCURY ION × 24	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Giant hemoglobin, A1(b) globin chain × 1 （Q7M419） Giant hemoglobin, B2(c) globin chain × 1 （Q7M418） Giant hemoglobin, B1(d) globin chain × 1 （Q5KSB7） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 OXYGEN MOLECULE × 4 METHYL MERCURY ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLB5_OLIMA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–142； UniProt 17–158

Giant hemoglobin, B2(c) globin chain

物种未注明

UniProt Q7M418

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Giant hemoglobin, A1(b) globin chain × 6 （Q7M419） Giant hemoglobin, A2(a5) globin chain × 6 （Q7M413） Giant hemoglobin, B1(d) globin chain × 6 （Q5KSB7） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 24 OXYGEN MOLECULE × 24 METHYL MERCURY ION × 24	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Giant hemoglobin, A1(b) globin chain × 1 （Q7M419） Giant hemoglobin, A2(a5) globin chain × 1 （Q7M413） Giant hemoglobin, B1(d) globin chain × 1 （Q5KSB7） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 OXYGEN MOLECULE × 4 METHYL MERCURY ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLBC_OLIMA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–147； UniProt 17–163

Giant hemoglobin, B1(d) globin chain

物种未注明

UniProt Q5KSB7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Giant hemoglobin, A1(b) globin chain × 6 （Q7M419） Giant hemoglobin, A2(a5) globin chain × 6 （Q7M413） Giant hemoglobin, B2(c) globin chain × 6 （Q7M418） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 24 OXYGEN MOLECULE × 24 METHYL MERCURY ION × 24	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Giant hemoglobin, A1(b) globin chain × 1 （Q7M419） Giant hemoglobin, A2(a5) globin chain × 1 （Q7M413） Giant hemoglobin, B2(c) globin chain × 1 （Q7M418） PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 OXYGEN MOLECULE × 4 METHYL MERCURY ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5KSB7_OLIMA
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–145； UniProt 17–161

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2d2n
沉积日期 deposition_date	2005-09-12
结构标题 title	Structure of an extracellular giant hemoglobin of the gutless beard worm Oligobrachia mashikoi
关键词 keywords	GIANT HEMOGLOBIN, SULFIDE BINDING, INVERTEBRATE, POGONOPHORA, OLIGOBRACHIA MASHIKOI, OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX; OXYGEN STORAGE/TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2d2n__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2d2n__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2d2n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.34 Å
Rg（电子密度）	46.51 Å
总 Rg	46.75 Å
原子数	26712
残基数	3438
排除体积	467790 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2d2n__assembly_1__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2d2n__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Giant hemoglobin, A1(b) globin chain
分子量 formula_weight	15188.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4452

VCNRLEQILVKTQWAQSYGEAENRAAFSRDLFSELFNIQGSSRALFSGVGVDDMNSAAFTAHCLRVTGALNRLISQLDQQATINADLAHLAGQHASRNLDASNFAAMGQAVMSVVPTHLDCFNQHAWGECYERIASGISG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Giant hemoglobin, A2(a5) globin chain
分子量 formula_weight	15327.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DCTSLNRLLVKRQWAEAYGEGTNRELLGNRIWEDLFANMPDARGLFSRVNGNDIDSSEFQAHSLRVLGGLDMCVASLDDVPVLNALLARLNSQHDSRGIPAAGYPAFVASAISAVRATVGARSFDNDAWNSCMNQIVSGISG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Giant hemoglobin, B2(c) globin chain
分子量 formula_weight	15621.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

SSCCSSEDRANVMHNWDAAWSAAYSDRRVALAQAVFASLFSRDAAAQGLFSGVSADNPDSADFRAHCVRVVNGLDVAINMLNDPAVLNEQLAHLSAQHQARAGVAAAHFDVMAEAFAEVMPQVSSCFSSDSWNRCFARIANGISAGL

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Giant hemoglobin, B1(d) globin chain
分子量 formula_weight	14786.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

ECCSRGDAEVVISEWDQVFNAAMAGSSESAVGVAIFDAFFASSGVSPSMFPGGGDSNNPEFLAQVSRVVSGADIAINSLTNRATCDSLLSHLNAQHRAISGVTGAAVTHLSQAISSVVAQVLPSAHIDAWEYCMAYIAAGIGAGL

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	OXYGEN MOLECULE
分子量 formula_weight	32.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	METHYL MERCURY ION
分子量 formula_weight	215.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2d2nA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	2d2nB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	2d2nC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	2d2nD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

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晶胞边长 a length_a	111.745 Å
晶胞边长 b length_b	111.745 Å
晶胞边长 c length_c	276.707 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2420
R_free r_free	0.2970

Structure of an extracellular giant hemoglobin of the gutless beard worm Oligobrachia mashikoi

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Giant hemoglobin, A1(b) globin chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Giant hemoglobin, A2(a5) globin chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Giant hemoglobin, B2(c) globin chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Giant hemoglobin, B1(d) globin chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2d2n__assembly_1__model_1

2d2n__assembly_1__model_1 | I(q)

2d2n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (2)

Structure of an extracellular giant hemoglobin of the gutless beard worm Oligobrachia mashikoi

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Giant hemoglobin, A1(b) globin chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Giant hemoglobin, A2(a5) globin chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Giant hemoglobin, B2(c) globin chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Giant hemoglobin, B1(d) globin chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2d2n__assembly_1__model_1

2d2n__assembly_1__model_1 | I(q)

2d2n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (2)