SAXSdb — 2d3o

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S RIBOSOMAL PROTEIN L23

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	23S RIBOSOMAL RNA × 1 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24 × 1 （Q9RXJ1） 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29 × 1 （Q9RXJ4） Trigger Factor × 1 （Q9RT21）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL23_DEIRA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–95； UniProt 0–94

50S RIBOSOMAL PROTEIN L24

物种未注明

UniProt Q9RXJ1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	23S RIBOSOMAL RNA × 1 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23 × 1 （Q9RXK0） 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29 × 1 （Q9RXJ4） Trigger Factor × 1 （Q9RT21）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL24_DEIRA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–115； UniProt 1–115

50S RIBOSOMAL PROTEIN L29

物种未注明

UniProt Q9RXJ4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	23S RIBOSOMAL RNA × 1 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23 × 1 （Q9RXK0） 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24 × 1 （Q9RXJ1） Trigger Factor × 1 （Q9RT21）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL29_DEIRA
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 W； PDB构建体 1–67； UniProt 1–67

Trigger Factor

Deinococcus radiodurans

UniProt Q9RT21

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 1	23S RIBOSOMAL RNA × 1 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23 × 1 （Q9RXK0） 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24 × 1 （Q9RXJ1） 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29 × 1 （Q9RXJ4）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TIG_DEIRA
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–112； UniProt 0–111

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2d3o
沉积日期 deposition_date	2005-09-30
结构标题 title	Structure of Ribosome Binding Domain of the Trigger Factor on the 50S ribosomal subunit from D. radiodurans
关键词 keywords	Ribosome, Trigger Factor, Nascent Chain, 50S, Protein Folding, SRP; RIBOSOME
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2d3o__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2d3o__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2d3o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	66.62 Å
Rg（电子密度）	66.45 Å
总 Rg	66.54 Å
原子数	63004
残基数	3171
排除体积	898970 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2d3o__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	23S RIBOSOMAL RNA
分子量 formula_weight	933405.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	0
原子数 atom_count	63004

GGUCAAGAUAGUAAGGGUCCACGGUGGAUGCCCUGGCGCUGGAGCCGAUGAAGGACGCGAUUACCUGCGAAAAGCCCCGACGAGCUGGAGAUACGCUUUGACUCGGGGAUGUCCGAAUGGGGAAACCCACCUCGUAAGAGGUAUCCGCAAGGAUGGGAACUCAGGGAACUGAAACAUCUCAGUACCUGAAGGAGAAGAAAGAGAAUUCGAUUCCGUUAGUAGCGGCGAGCGAACCCGGAUCAGCCCAAACCGAAACGCUUGCGUUUCGGGGUUGUAGGACCAGUUUUUAAGAUUCAACCCCUCAAGCCGAAGUGGCUGGAAAGCUACACCUCAGAAGGUGAGAGUCCUGUAGGCGAACGAGCGGUUGACUGUACUGGCACCUGAGUAGGUCGUUGUUCGUGAAACGAUGACUGAAUCCGCGCGGACCACCGCGCAAGGCUAAAUACUCCCAGUGACCGAUAGCGCAUAGUACCGUGAGGGAAAGGUGAAAAGAACCCCGGGAGGGGAGUGAAAGAGAACCUGAAACCGUGGACUUACAAGCAGUCAUGGCACCUUAUGCGUGUUAUGGCGUGCCUAUUGAAGCAUGAGCCGGCGACUUAGACCUGACGUGCGAGCUUAAGUUGAAAAACGGAGGCGGAGCGAAAGCGAGUCCGAAUAGGGCGGCAUUAGUACGUCGGGCUAGACUCGAAACCAGGUGAGCUAAGCAUGACCAGGUUGAAACCCCCGUGACAGGGGGCGGAGGACCGAACCGGUGCCUGCUGAAACAGUCUCGGAUGAGUUGUGUUUAGGAGUGAAAAGCUAACCGAACCUGGAGAUAGCUAGUUCUCCCCGAAAUGUAUUGAGGUACAGCCUCGGAUGUUGACCAUGUCCUGUAGAGCACUCACAAGGCUAGGGGGCCUACCAGCUUACCAAACCUUAUGAAACUCCGAAGGGGCACGCGUUUAGUCCGGGAGUGAGGCUGCGAGAGCUAACUUCCGUAGCCGAGAGGGAAACAACCCAGACCAUCAGCUAAGGUCCCUAAAUGAUCGCUCAGUGGUUAAGGAUGUGUCGUCGCAUAGACAGCCAGGAGGUUGGCUUAGAAGCAGCCACCCUUCAAAGAGUGCGUAAUAGCUCACUGGUCGAGUGACGAUGCGCCGAAAAUGAUCGGGGCUCAAGUGAUCUACCGAAGCUAUGGAUUCAACUCGCGAAGCGAGUUGUCUGGUAGGGGAGCGUUCAGUCCGCGGAGAAGCCAUACCGGAAGGAGUGGUGGAGCCGACUGAAGUGCGGAUGCCGGCAUGAGUAACGAUAAAAGAAGUGAGAAUCUUCUUCGCCGUAAGGACAAGGGUUCCUGGGGAAGGGUCGUCCGCCCAGGGAAAGUCGGGACCUAAGGUGAGGCCGAACGGCGCAGCCGAUGGACAGCAGGUCAAGAUUCCUGCACCGAUCAUGUGGAGUGAUGGAGGGACGCAUUACGCUAUCCAAUGCCAAGCUAUGGCUAUGCUGGUUGGUACGCUCAAGGGCGAUCGGGUCAGAAAAUCUACCGGUCACAUGCCUCAGACGUAUCGGGAGCUUCCUCGGAAGCGAAGUUGGAAACGCGACGGUGCCAAGAAAAGCUUCUAAACGUUGAAACAUGAUUGCCCGUACCGCAAACCGACACAGGUGUCCGAGUGUCAAUGCACUAAGGCGCGCGAGAGAACCCUCGUUAAGGAACUUUGCAAUCUCACCCCGUAACUUCGGAAGAAGGGGUCCCCACGCUUCGCGUGGGGCGCAGUGAAUAGGCCCAGGCGACUGUUUACCAAAAUCACAGCACUCUGCCAACACGAACAGUGGACGUAUAGGGUGUGACGCCUGCCCGGUGCCGGAAGGUCAAGUGGAGCGGUGCAAGCUGCGAAAUGAAGCCCCGGUGAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCUGCACGAAAGGCGUAACGAUCUGGGCGCUGUCUCAACGAGGGACUCGGUGAAAUUGAAUUGGCUGUAAAGAUGCGGCCUACCCGUAGCAGGACGAAAAGACCCCGUGGAGCUUUACUAUAGUCUGGCAUUGGGAUUCGGGUUUCUCUGCGUAGGAUAGGUGGGAGCCUGCGAAACUGGCCUUUUGGGGUCGGUGGAGGCAACGGUGAAAUACCACCCUGAGAAACUUGGAUUUCUAACCUGAAAAAUCACUUUCGGGGACCGUGCUUGGCGGGUAGUUUGACUGGGGCGGUCGCCUCCCAAAAUGUAACGGAGGCGCCCAAAGGUCACCUCAAGACGGUUGGAAAUCGUCUGUAGAGCGCAAAGGUAGAAGGUGGCUUGACUGCGAGACUGACACGUCGAGCAGGGAGGAAACUCGGGCUUAGUGAACCGGUGGUACCGUGUGGAAGGGCCAUCGAUCAACGGAUAAAAGUUACCCCGGGGAUAACAGGCUGAUCUCCCCCGAGAGUCCAUAUCGGCGGGGAGGUUUGGCACCUCGAUGUCGGCUCGUCGCAUCCUGGGGCUGAAGAAGGUCCCAAGGGUUGGGCUGUUCGCCCAUUAAAGCGGCACGCGAGCUGGGUUCAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGUCUCUAUCCGCUACGGGCGCAGGAGAAUUGAGGGGAGUUGCUCCUAGUACGAGAGGACCGGAGUGAACGGACCGCUGGUCUCCCUGCUGUCGUACCAACGGCACAUGCAGGGUAGCUAUGUCCGGAACGGAUAACCGCUGAAAGCAUCUAAGCGGGAAGCCAGCCCCAAGAUGAGUUCUCCCACUGUUUAUCAGGUAAGACUCCCGGAAGACCACCGGGUUAAGAGGCCAGGCGUGCACGCAUAGCAAUGUGUUCAGCGGACUGGUGCUCAUCAGUCGAGGUCUUGACCACUC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	50S RIBOSOMAL PROTEIN L23
分子量 formula_weight	10539.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MSHYDILQAPVISEKAYSAMERGVYSFWVSPKATKTEIKDAIQQAFGVRVIGISTMNVPGKRKRVGRFIGQRNDRKKAIVRLAEGQSIEALAGQA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	50S RIBOSOMAL PROTEIN L24
分子量 formula_weight	12384.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MPRPSAGSHHNDKLHFKKGDTVIVLSGKHKGQTGKVLLALPRDQKVVVEGVNVITKNVKPSMTNPQGGQEQRELALHASKVALVDPETGKATRVRKQIVDGKKVRVAVASGKTID

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	50S RIBOSOMAL PROTEIN L29
分子量 formula_weight	7775.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W

MKPSEMRNLQATDFAKEIDARKKELMELRFQAAAGQLAQPHRVRQLRREVAQLNTVKAELARKGEQQ

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Trigger Factor
分子量 formula_weight	12492.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1

MAELISKEGNKVEFKVSVPAAEVNRAYDQVWAGLARDVRVPGFRPGKAPRKVIENRVGKGYVESQVRDRLLETHYSQGLRELGLNLVDATVDPQDVQSGQAFEFTVKGETYP

来源 Source

来源生物 organism	Deinococcus radiodurans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1299
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2d3or1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.12 — Ribosomal proteins S24e, L23 and L15e
超家族 Superfamily superfamily	d.12.1 — Ribosomal proteins S24e, L23 and L15e
家族 Family family	d.12.1.1 — L23p

结构域编号 domain_id	d2d3os1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.5 — Translation proteins SH3-like domain
家族 Family family	b.34.5.1 — Ribosomal proteins L24p and L21e

结构域编号 domain_id	d2d3ow1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.2 — Long alpha-hairpin
超家族 Superfamily superfamily	a.2.2 — Ribosomal protein L29 (L29p)
家族 Family family	a.2.2.1 — Ribosomal protein L29 (L29p)

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2d3o100
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 — Trigger factor ribosome-binding domain

结构域编号 domain_id	2d3oR00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	2d3oW00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	310 —

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晶胞边长 a length_a	169.500 Å
晶胞边长 b length_b	410.500 Å
晶胞边长 c length_c	695.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.350 Å
最低分辨率 resolution_low	29.840 Å
R 因子 r_factor	0.2990
R_work r_work	0.2990
R_free r_free	0.3220

Structure of Ribosome Binding Domain of the Trigger Factor on the 50S ribosomal subunit from D. radiodurans

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S RIBOSOMAL PROTEIN L23

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

50S RIBOSOMAL PROTEIN L24

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

50S RIBOSOMAL PROTEIN L29

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Trigger Factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2d3o__assembly_1__model_1

2d3o__assembly_1__model_1 | I(q)

2d3o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Ribosome Binding Domain of the Trigger Factor on the 50S ribosomal subunit from D. radiodurans

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S RIBOSOMAL PROTEIN L23

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

50S RIBOSOMAL PROTEIN L24

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

50S RIBOSOMAL PROTEIN L29

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Trigger Factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2d3o__assembly_1__model_1

2d3o__assembly_1__model_1 | I(q)

2d3o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)