2d3s

Crystal Structure of basic winged bean lectin with Tn-antigen

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Basic agglutinin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 4	alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CALCIUM ION × 2 MANGANESE (II) ION × 2 SERINE × 2 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 2	alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 CALCIUM ION × 2 MANGANESE (II) ION × 2 SERINE × 2 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LEC1_PSOTE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–242； UniProt 1–242 作者链 B； PDB构建体 1–242； UniProt 1–242 作者链 C； PDB构建体 1–242； UniProt 1–242 作者链 D； PDB构建体 1–242； UniProt 1–242

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2d3s
沉积日期 deposition_date	2005-10-01
结构标题 title	Crystal Structure of basic winged bean lectin with Tn-antigen
关键词 keywords	Legume lectin, GLYCOSYLATED PROTEIN, AGGLUTININ, TN-ANTIGEN, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2d3s__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2d3s__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2d3s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.24 Å
Rg（电子密度）	24.98 Å
总 Rg	25.92 Å
原子数	3854
残基数	474
排除体积	68648 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2d3s__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2d3s__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Basic agglutinin
分子量 formula_weight	26636.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7912

MKTISFNFNQFHQNEEQLKLQRDARISSNSVLELTKVVNGVPTWNSTGRALYAKPVQVWDSTTGNVASFETRFSFSIRQPFPRPHPADGLVFFIAPPNTQTGEGGGYFGIYNPLSPYPFVAVEFDTFRNTWDPQIPHIGIDVNSVISTKTVPFTLDNGGIANVVIKYDASTKILHVVLVFPSLGTIYTIADIVDLKQVLPESVNVGFSAATGDPSGKQRNATETHDILSWSFSASLPGTNEF

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	367.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	732.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SERINE
分子量 formula_weight	105.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	273

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2d3sa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.1 — Legume lectins

结构域编号 domain_id	d2d3sb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.1 — Legume lectins

结构域编号 domain_id	d2d3sc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.1 — Legume lectins

结构域编号 domain_id	d2d3sd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.1 — Legume lectins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2d3sA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	2d3sB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	2d3sC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	2d3sD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

▶

晶胞边长 a length_a	157.866 Å
晶胞边长 b length_b	91.897 Å
晶胞边长 c length_c	73.503 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2040
R_work r_work	0.1980
R_free r_free	0.2440

Crystal Structure of basic winged bean lectin with Tn-antigen

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Basic agglutinin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2d3s__assembly_1__model_1

2d3s__assembly_1__model_1 | I(q)

2d3s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (4)

Crystal Structure of basic winged bean lectin with Tn-antigen

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Basic agglutinin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2d3s__assembly_1__model_1

2d3s__assembly_1__model_1 | I(q)

2d3s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (4)