SAXSdb — 2dbt

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2dbt
沉积日期 deposition_date	2005-12-16
结构标题 title	Crystal structure of chitinase C from Streptomyces griseus HUT6037
关键词 keywords	family 19 chitinase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.85 Å
零角强度 I(0) i0	75056700.00
分子量 molecular_weight	67581.0 kDa
排除体积 excluded_volume	83799 Å³
包络体积 envelope_volume	99953 Å³
水化壳体积 shell_volume	27940 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.0 Å
壳层 Rg shell_rg	36.46 Å
包络 Rg envelope_rg	30.59 Å
形状 Rg shape_rg	30.84 Å
总 Rg total_rg	31.33 Å
总原子数 total_atoms	4773
残基数 n_residues	615
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.0 Å
Rg (实空间) rg_real	31.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.5060e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	75050000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8545
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	25.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.338
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.700
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22460000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.824; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.742; Smooth: 0.891

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	chitinase C
分子量 formula_weight	28497.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.14
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	4794

ATCATAWSSSSVYTNGGTVSYNGRNYTAKWWTQNERPGTSDVWADKGACGTGGEGPGGNNGFVVSEAQFNQMFPNRNAFYTYKGLTDALSAYPAFAKTGSDEVKKREAAAFLANVSHETGGLFYIKEVNEANYPHYCDTTQSYGCPAGQAAYYGRGPIQLSWNFNYKAAGDALGINLLANPYLVEQDPAVAWKTGLWYWNSQNGPGTMTPHNAIVNNAGFGETIRSINGALECNGGNPAQVQSRINKFTQFTQILGTTTGPNLSC

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces griseus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1911
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	21

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2dbta_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamily	d.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family family	d.2.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2dbtb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamily	d.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family family	d.2.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2dbtc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamily	d.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family family	d.2.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2dbtA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2dbtA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Endochitinase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Endochitinase, domain 2

结构域编号 domain_id	2dbtB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2dbtB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Endochitinase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Endochitinase, domain 2

结构域编号 domain_id	2dbtC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2dbtC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Endochitinase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Endochitinase, domain 2

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7. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	153.116 Å
晶胞边长 b length_b	153.116 Å
晶胞边长 c length_c	90.031 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.140 Å
最低分辨率 resolution_low	58.320 Å
R 因子 r_factor	0.1762
R_work r_work	0.1737
R_free r_free	0.2252

fit	/app/data/saxs_computation/db/2dbt/2dbt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/db/2dbt/2dbt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/db/2dbt/2dbt.dat

Crystal structure of chitinase C from Streptomyces griseus HUT6037

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction