SAXSdb — 2df4

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2df4
沉积日期 deposition_date	2006-02-23
结构标题 title	Structure of tRNA-Dependent Amidotransferase GatCAB complexed with Mn2+
关键词 keywords	MULTI PROTEIN COMPLEX, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.51 Å
零角强度 I(0) i0	184748000.00
分子量 molecular_weight	109160.0 kDa
排除体积 excluded_volume	136640 Å³
包络体积 envelope_volume	166940 Å³
水化壳体积 shell_volume	43395 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.3 Å
壳层 Rg shell_rg	38.82 Å
包络 Rg envelope_rg	32.93 Å
形状 Rg shape_rg	32.49 Å
总 Rg total_rg	33.06 Å
总原子数 total_atoms	7678
残基数 n_residues	983
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	112.6 Å
Rg (实空间) rg_real	32.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8470e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	184700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8598
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.493
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.219
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	51280000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.761; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.942; Smooth: 0.948

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A
分子量 formula_weight	52858.7 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.5.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7766

MSIRYESVENLLTLIKDKKIKPSDVVKDIYDAIEETDPTIKSFLALDKENAIKKAQELDELQAKDQMDGKLFGIPMGIKDNIITNGLETTCASKMLEGFVPIYESTVMEKLHKENAVLIGKLNMDEFAMGGSTETSYFKKTVNPFDHKAVPGGSSGGSAAAVAAGLVPLSLGSDTGGSIRQPAAYCGVVGMKPTYGRVSRFGLVAFASSLDQIGPLTRNVKDNAIVLEAISGADVNDSTSAPVDDVDFTSEIGKDIKGLKVALPKEYLGEGVADDVKEAVQNAVETLKSLGAVVEEVSLPNTKFGIPSYYVIASSEASSNLSRFDGIRYGYHSKEAHSLEELYKMSRSEGFGKEVKRRIFLGTFALSSGYYDAYYKKSQKVRTLIKNDFDKVFENYDVVVGPTAPTTAFNLGEEIDDPLTMYANDLLTTPVNLAGLPGISVPCGQSNGRPIGLQFIGKPFDEKTLYRVAYQYETQYNLHDVYEKL

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B
分子量 formula_weight	54794.6 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.5.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MHFETVIGLEVHVELKTDSKMFSPSPAHFGAEPNSNTNVIDLAYPGVLPVVNKRAVDWAMRAAMALNMEIATESKFDRKNYFYPDNPKAYQISQFDQPIGENGYIDIEVDGETKRIGITRLHMEEDAGKSTHKGEYSLVDLNRQGTPLIEIVSEPDIRSPKEAYAYLEKLRSIIQYTGVSDVKMEEGSLRCDANISLRPYGQEKFGTKAELKNLNSFNYVRKGLEYEEKRQEEELLNGGEIGQETRRFDESTGKTILMRVKEGSDDYRYFPEPDIVPLYIDDAWKERVRQTIPELPDERKAKYVNELGLPAYDAHVLTLTKEMSDFFESTIEHGADVKLTSNWLMGGVNEYLNKNQVELLDTKLTPENLAGMIKLIEDGTMSSKIAKKVFPELAAKGGNAKQIMEDNGLVQISDEATLLKFVNEALDNNEQSVEDYKNGKGKAMGFLVGQIMKASKGQANPQLVNQLLKQELDKRLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit C
分子量 formula_weight	11279.5 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.5.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MTKVTREEVEHIANLARLQISPEETEEMANTLESILDFAKQNDSADTEGVEPTYHVLDLQNVLREDKAIKGIPQELALKNAKETEDGQFKVPTIMNEEDA

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	88

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2df4a1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.117 — Amidase signature (AS) enzymes
超家族 Superfamily superfamily	c.117.1 — Amidase signature (AS) enzymes
家族 Family family	c.117.1.1 — Amidase signature (AS) enzymes

结构域编号 domain_id	d2df4b1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.182 — GatB/YqeY motif
超家族 Superfamily superfamily	a.182.1 — GatB/YqeY motif
家族 Family family	a.182.1.2 — GatB/GatE C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2df4b2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.128 — Glutamine synthetase/guanido kinase
超家族 Superfamily superfamily	d.128.1 — Glutamine synthetase/guanido kinase
家族 Family family	d.128.1.5 — GatB/GatE catalytic domain-like

结构域编号 domain_id	d2df4c1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.137 — Non-globular all-alpha subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamily	a.137.12 — Glu-tRNAGln amidotransferase C subunit
家族 Family family	a.137.12.1 — Glu-tRNAGln amidotransferase C subunit

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2df4A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1300 — Amidase signature (AS) enzymes
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Amidase signature (AS) domain

结构域编号 domain_id	2df4C01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Glu-tRNAGln amidotransferase C subunit, N-terminal domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	71.019 Å
晶胞边长 b length_b	91.654 Å
晶胞边长 c length_c	181.302 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2380
R_free r_free	0.2770

fit	/app/data/saxs_computation/df/2df4/2df4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/df/2df4/2df4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/df/2df4/2df4.dat

Structure of tRNA-Dependent Amidotransferase GatCAB complexed with Mn2+

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)