SAXSdb — 2dh1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Galactose-binding lectin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 24–259 链 D； UniProt 24–259	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；12% PEG 8000, 0.05M sodium phosphate, 0.2M sodium cholride, 0.02% sodium azide, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 7.65 Å R-free 0.377
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 24–259 链 C； UniProt 24–259	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；12% PEG 8000, 0.05M sodium phosphate, 0.2M sodium cholride, 0.02% sodium azide, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 7.65 Å R-free 0.377

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2DH1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BZW PEANUT LECTIN COMPLEXED WITH C-LACTOSE 提交 1998-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–255（232 aa）链 B 24–255（232 aa）链 C 24–255（232 aa）链 D 24–255（232 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；HANGING DROP OF 5 MG/ML PROTEIN IN 0.05 M SODIUM PHOSPHATE BUFFER,PH 7.0, CONTAINING 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.02 % SODIUM AZIDE, 10MM C-LACTOSE AND 12% (W/V) PEG 8000 IN THE SAME BUFFER, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.70 Å R-free 0.227
1CQ9 PEANUT LECTIN-TRICLINIC FORM 提交 1999-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–236（236 aa）链 B 1–236（236 aa）链 C 1–236（236 aa）链 D 1–236（236 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；pH 4.6	分辨率 3.50 Å R-free 0.278
1QF3 PEANUT LECTIN COMPLEXED WITH METHYL-BETA-GALACTOSE 提交 1999-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–259（236 aa）链 B 24–259（236 aa）链 C 24–259（236 aa）链 D 24–259（236 aa）	未记录	MBG methyl beta-D-galactopyranoside × 4 CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；HANGING DROP OF 5 MG/ML PROTEIN IN 0.05 M SODIUM PHOSPHATE BUFFER,PH 7.0, CONTAINING 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.02 % SODIUM AZIDE, 1.5-10MM METHYL-BETA- GALACTOSE AND 12% (W/V) PEG 8000 IN THE SAME BUFFER, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.80 Å R-free 0.247
1RIR Crystal structure of meso-tetrasulphonatophenylporphyrin in complex with Peanut lectin. 提交 2003-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–259（236 aa）链 B 24–259（236 aa）链 C 24–259（236 aa）链 D 24–259（236 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 SFP 5,10,15,20-TETRAKIS(4-SULPFONATOPHENYL)-21H,23H-PORPHINE × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；ammonium sulphate, Sodium Chloride, Phosphate buffer, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.90 Å R-free 0.282
1RIT Crystal structure of Peanut lectin in complex with meso-tetrasulphonatophenylporphyrin and lactose 提交 2003-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–259（236 aa）链 B 24–259（236 aa）链 C 24–259（236 aa）链 D 24–259（236 aa）	未记录	SFP 5,10,15,20-TETRAKIS(4-SULPFONATOPHENYL)-21H,23H-PORPHINE × 11 CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；Ammonium sulphate, Sodium Chloride, Phosphate buffe, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.85 Å R-free 0.260
1V6I Peanut lectin-lactose complex in acidic pH 提交 2003-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–255（232 aa）链 B 24–255（232 aa）链 C 24–255（232 aa）链 D 24–255（232 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop method；pH 4.6；293 K；PEG 8000, 0.2M calcium acetate, 0.1M cacodylate pH 6.5, pH 4.6, hanging drop method, temperature 293K	分辨率 2.15 Å R-free 0.218
1V6J peanut lectin-lactose complex crystallized in orthorhombic form at acidic pH 提交 2003-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–255（232 aa）链 B 24–255（232 aa）链 C 24–255（232 aa）链 D 24–255（232 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；293 K；PEG 8000, 0.05M sodium acetate buffer, 0.2M NaCl, 0.05% Sodium azide, pH 4.6, hanging drop method, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.220
1V6K Peanut lectin-lactose complex in the presence of peptide(IWSSAGNVA) 提交 2003-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–255（232 aa）链 B 24–255（232 aa）链 C 24–255（232 aa）链 D 24–255（232 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 Hanging drop method；pH 4.6；293 K；PEG 8000, 0.2M calcium acetate, 0.1M cacodylate pH 6.5, pH 4.6, Hanging drop method, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.219
1V6L Peanut lectin-lactose complex in the presence of 9mer peptide (PVIWSSATG) 提交 2003-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–255（232 aa）链 B 24–255（232 aa）链 C 24–255（232 aa）链 D 24–255（232 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 Hanging drop method；pH 4.6；293 K；PEG 8000, 0.2M calcium acetate, 0.1M cacodylate pH 6.5, pH 4.6, Hanging drop method, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.219
1V6M Peanut Lectin with 9mer peptide (IWSSAGNVA) 提交 2003-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–255（232 aa）链 B 24–255（232 aa）链 C 24–255（232 aa）链 D 24–255（232 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop method；pH 4.6；293 K；30% PEG8000, 0.2M Ammonium sulfate and 0.1M cacodylate, pH 4.6, hanging drop method, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.264
1V6M Peanut Lectin with 9mer peptide (IWSSAGNVA) 提交 2003-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 24–255（232 aa）链 F 24–255（232 aa）链 G 24–255（232 aa）链 H 24–255（232 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop method；pH 4.6；293 K；30% PEG8000, 0.2M Ammonium sulfate and 0.1M cacodylate, pH 4.6, hanging drop method, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.264
1V6N Peanut lectin with 9mer peptide (PVIWSSATG) 提交 2003-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–255（232 aa）链 B 24–255（232 aa）链 C 24–255（232 aa）链 D 24–255（232 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop method；pH 4.6；293 K；30% PEG8000, 0.2M Ammonium sulfate and 0.1M cacodylate, pH 4.6, hanging drop method, temperature 293K	分辨率 3.50 Å R-free 0.292
1V6N Peanut lectin with 9mer peptide (PVIWSSATG) 提交 2003-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 24–255（232 aa）链 F 24–255（232 aa）链 G 24–255（232 aa）链 H 24–255（232 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop method；pH 4.6；293 K；30% PEG8000, 0.2M Ammonium sulfate and 0.1M cacodylate, pH 4.6, hanging drop method, temperature 293K	分辨率 3.50 Å R-free 0.292
1V6O Peanut lectin complexed with 10mer peptide (PVRIWSSATG) 提交 2003-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–255（232 aa）链 B 24–255（232 aa）链 C 24–255（232 aa）链 D 24–255（232 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop method；pH 4.6；293 K；30% PEG 8000, 0.2M Ammonium sulfate and 0.1M cacodylate pH6.5, pH 4.6, hanging drop method, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.239
1V6O Peanut lectin complexed with 10mer peptide (PVRIWSSATG) 提交 2003-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 24–255（232 aa）链 F 24–255（232 aa）链 G 24–255（232 aa）链 H 24–255（232 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop method；pH 4.6；293 K；30% PEG 8000, 0.2M Ammonium sulfate and 0.1M cacodylate pH6.5, pH 4.6, hanging drop method, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.239
2DV9 Crystal structure of peanut lectin GAL-BETA-1,3-GAL complex 提交 2006-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–259（236 aa）片段：residues 1-236 链 B 24–259（236 aa）片段：residues 1-236 链 C 24–259（236 aa）片段：residues 1-236 链 D 24–259（236 aa）片段：residues 1-236	未记录	CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；7.5% PEG 8000, 0.025M Sodium cadodylate, 0.5M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.48 Å R-free 0.257
2DVA Crystal structure of peanut lectin GAL-BETA-1,3-GALNAC-ALPHA-O-ME (Methyl-T-antigen) complex 提交 2006-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–259（236 aa）片段：residues 1-236 链 B 24–259（236 aa）片段：residues 1-236 链 C 24–259（236 aa）片段：residues 1-236 链 D 24–259（236 aa）片段：residues 1-236	未记录	CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；7.5% PEG 8000, 0.025M Sodium cadodylate, 0.5M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.20 Å R-free 0.250
2DVB Crystal structure of peanut lectin GAl-beta-1,6-GalNAc complex 提交 2006-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–259（236 aa）片段：residues 1-236 链 B 24–259（236 aa）片段：residues 1-236 链 C 24–259（236 aa）片段：residues 1-236 链 D 24–259（236 aa）片段：residues 1-236	未记录	CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 SO4 SULFATE ION × 4 GAL beta-D-galactopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；7.5% PEG 8000, 0.025M Sodium cadodylate, 0.5M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.25 Å R-free 0.266
2DVD Crystal structure of peanut lectin GAL-ALPHA-1,3-GAL complex 提交 2006-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–259（236 aa）片段：residues 1-236 链 B 24–259（236 aa）片段：residues 1-236 链 C 24–259（236 aa）片段：residues 1-236 链 D 24–259（236 aa）片段：residues 1-236	未记录	CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.25 Å R-free 0.232
2DVF Crystals of peanut lectin grown in the presence of GAL-ALPHA-1,3-GAL-BETA-1,4-GAL 提交 2006-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–259（236 aa）片段：residues 1-236 链 B 24–259（236 aa）片段：residues 1-236 链 C 24–259（236 aa）片段：residues 1-236 链 D 24–259（236 aa）片段：residues 1-236	未记录	CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；7.5% PEG 8000, 0.025M Sodium cadodylate, 0.5M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.74 Å R-free 0.263
2DVG Crystal structure of peanut lectin GAL-ALPHA-1,6-GLC complex 提交 2006-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–259（236 aa）片段：residues 1-236 链 B 24–259（236 aa）片段：residues 1-236 链 C 24–259（236 aa）片段：residues 1-236 链 D 24–259（236 aa）片段：residues 1-236	未记录	GLA alpha-D-galactopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；7.5% PEG 8000, 0.025M Sodium cadodylate, 0.5M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.78 Å R-free 0.274
2PEL PEANUT LECTIN 提交 1995-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–259（236 aa）链 B 24–259（236 aa）链 C 24–259（236 aa）链 D 24–259（236 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.25 Å
6V95 Peanut lectin complexed with divalent N-beta-D-galactopyranosyl-L-tartaramidoyl derivative (diNGT) 提交 2019-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–259（236 aa）链 B 24–259（236 aa）链 C 24–259（236 aa）链 D 24–259（236 aa）	未记录	QSG (2R,3R)-N-[(1-{(3S,3aR,6S,6aR)-6-[4-({[(2R,3R)-2,3-dihydroxy-4-oxo-4-{[(2R,3R,4R,5R,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yl]amino}butanoyl]amino}methyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]hexahydrofuro[3,2-b]furan-3-yl}-1H-1,2,3-triazol-4-yl)methyl]-2,3-dihydroxy-N'-[(2R,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yl]butanediamide (non-preferred name) × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；15% (w/v) PEG 8000, 0.1M sodium citrate, 0.1M ammonium sulfate	分辨率 1.78 Å R-free 0.243
6VAV Peanut lectin complexed with divalent N-beta-D-galactopyranosyl-L-succinamoyl derivative (diNGS) 提交 2019-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–259（236 aa）链 B 24–259（236 aa）链 C 24–259（236 aa）链 D 24–259（236 aa）	未记录	QTY N-[[1-[(3S,3aR,6S,6aR)-6-[4-[[[4-[[(2R,3R,4S,5R,6R)-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]amino]-4-oxidanylidene-butanoyl]amino]methyl]-1,2,3-triazol-1-yl]-2,3,3a,5,6,6a-hexahydrofuro[3,2-b]furan-3-yl]-1,2,3-triazol-4-yl]methyl]-N'-[(2R,3R,4S,5R,6R)-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]butanediamide × 4 MN MANGANESE (II) ION × 3 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；15% (w/v) PEG 8000, 0.1M sodium citrate, 0.1M ammonium sulfate	分辨率 1.85 Å R-free 0.225
6VAW Peanut lectin complexed with N-beta-D-galactopyranosyl-L-succinamoyl derivative (NGS) 提交 2019-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–259（236 aa）链 B 24–259（236 aa）链 C 24–259（236 aa）链 D 24–259（236 aa）	未记录	S3W N-[(2R,3R,4S,5R,6S)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yl]-N'-[(1-{[(2R,3S,4S,5R,6S)-3,4,5-trihydroxy-6-methoxytetrahydro-2H-pyran-2-yl]methyl}-1H-1,2,3-triazol-4-yl)methyl]butanediamide × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；15% (w/v) PEG 8000, 0.1M sodium citrate, 0.05M ammonium sulfate	分辨率 1.75 Å R-free 0.232
6VC3 Peanut lectin complexed with S-beta-D-thiogalactopyranosyl 6-deoxy-6-S-propynyl-beta-D-glucopyranoside (STG) 提交 2019-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–259（236 aa）链 B 24–259（236 aa）链 C 24–259（236 aa）链 D 24–259（236 aa）	未记录	QWJ 6-S-(prop-2-yn-1-yl)-6-thio-beta-D-glucopyranosyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside × 3 MN MANGANESE (II) ION × 4 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；15% (w/v) PEG 8000, 0.1 sodium citrate, 0.125M ammonium sulfate	分辨率 1.95 Å R-free 0.283
6VC4 Peanut lectin complexed with S-beta-D-Thiogalactopyranosyl beta-D-glucopyranoside derivative (STGD) 提交 2019-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–259（236 aa）链 B 24–259（236 aa）链 C 24–259（236 aa）链 D 24–259（236 aa）	未记录	QWG (2R,3R,4S,5R,6S)-2-(hydroxymethyl)-6-{[(2S,3R,4S,5S,6S)-3,4,5-trihydroxy-6-({[(1-{[(2R,3S,4S,5R,6S)-3,4,5-trihydroxy-6-methoxytetrahydro-2H-pyran-2-yl]methyl}-1H-1,2,3-triazol-4-yl)methyl]sulfanyl}methyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yl]sulfanyl}tetrahydro-2H-pyran-3,4,5-triol (non-preferred name) × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；15% (w/v) PEG 8000, 0.1 sodium citrate, 0.125M ammonium sulfate	分辨率 1.90 Å R-free 0.244
6VGF Peanut lectin complexed with divalent S-beta-D-thiogalactopyranosyl beta-D-glucopyranoside derivative (diSTGD) 提交 2020-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–259（236 aa）链 B 24–259（236 aa）链 C 24–259（236 aa）链 D 24–259（236 aa）	未记录	WA3 (2S,3R,4S,5R,6S)-2-(hydroxymethyl)-6-{[(2S,3R,4S,5S,6S)-3,4,5-trihydroxy-6-({[(1-{[(2R,3S,4S,5R,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-{[(2R,3R,4S,5S,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-({4-[({[(2S,3S,4S,5R,6S)-3,4,5-trihydroxy-6-{[(2S,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yl]sulfanyl}tetrahydro-2H-pyran-2-yl]methyl}sulfanyl)methyl]-1H-1,2,3-triazol-1-yl}methyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yl]oxy}tetrahydro-2H-pyran-2-yl]methyl}-1H-1,2,3-triazol-4-yl)methyl]sulfanyl}methyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yl]sulfanyl}tetrahydro-2H-pyran-3,4,5-triol × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；15% (w/v) PEG 8000, 0.1M sodium citrate, 0.125M ammonium sulfate	分辨率 1.83 Å R-free 0.243

共 25 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LECG_ARAHY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–236； UniProt 24–259 作者链 B； PDB构建体 1–236； UniProt 24–259 作者链 C； PDB构建体 1–236； UniProt 24–259 作者链 D； PDB构建体 1–236； UniProt 24–259

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2dh1
沉积日期 deposition_date	2006-03-17
结构标题 title	Crystal structure of peanut lectin lactose-azobenzene-4,4'-dicarboxylic acid-lactose complex
关键词 keywords	LEGUME LECTIN, AGGLUTININ, CROSSLINK, OPEN QUATERNARY STRUCTURE, CARBOHYDRATE SPECIFICITY, MULTIVALENCY, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.74 Å
零角强度 I(0) i0	144189000.00
分子量 molecular_weight	98755.0 kDa
排除体积 excluded_volume	120400 Å³
包络体积 envelope_volume	115190 Å³
水化壳体积 shell_volume	26969 Å³
包络直径 envelope_diameter	129.3 Å
壳层 Rg shell_rg	41.44 Å
包络 Rg envelope_rg	36.46 Å
形状 Rg shape_rg	38.78 Å
总 Rg total_rg	38.86 Å
总原子数 total_atoms	—
残基数 n_residues	—
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.8 Å
Rg (实空间) rg_real	39.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.15 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4420e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6680e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	144200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8143
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.427
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.606
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha	18690000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.733; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.642; Smooth: 0.740

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2dh1a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.1 — Legume lectins

结构域编号 domain_id	d2dh1b1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.1 — Legume lectins

结构域编号 domain_id	d2dh1c1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.1 — Legume lectins

结构域编号 domain_id	d2dh1d1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.1 — Legume lectins

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8. 引用文献 (6)

Multivalency in lectins - A crystallographic, modelling and light-scattering study involving peanut lectin and a bivalent ligand

Curr.Sci. (2006)

PMID: -1 PRIMARY

Structural plasticity of peanut lectin: an X-ray analysis involving variation in pH, ligand binding and crystal structure

ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D (2004)

PMID: 14747696 · DOI: 10.1107/S090744490302849X

;Photoswitchable multivalent sugar ligands: synthesis, isomerization, and lectin binding studies of azobenzene-glycopyranoside derivatives ;

J.Am.Chem.Soc. (2002)

PMID: 11878960 · DOI: 10.1021/ja0173066

The Specificity of Peanut Agglutinin for Thomsen-Friedenreich Antigen is Mediated by Water-Bridges

Curr.Sci. (1997)

;Conformation, protein-carbohydrate interactions and a novel subunit association in the refined structure of peanut lectin-lactose complex ;

J.Mol.Biol. (1996)

PMID: 8656429 · DOI: 10.1006/jmbi.1996.0319

Crystal structure of peanut lectin, a protein with an unusual quaternary structure

Proc.Natl.Acad.Sci.Usa (1994)

PMID: 8278370 · DOI: 10.1073/pnas.91.1.227

▶

晶胞边长 a length_a	92.750 Å
晶胞边长 b length_b	92.750 Å
晶胞边长 c length_c	473.500 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	I 41
空间群编号 int_tables_number	80
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	7.650 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.3556
R_work r_work	0.3546
R_free r_free	0.3772

描述 description	Galactose-binding lectin
分子量 formula_weight	25209.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	928

Crystal structure of peanut lectin lactose-azobenzene-4,4'-dicarboxylic acid-lactose complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Galactose-binding lectin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

8. 引用文献 (6)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/dh/2dh1/2dh1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dh/2dh1/2dh1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dh/2dh1/2dh1.dat