SAXSdb — 2djf

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2djf
沉积日期 deposition_date	2006-04-02
结构标题 title	Crystal Structure of human dipeptidyl peptidase I (Cathepsin C) in complex with the inhibitor Gly-Phe-CHN2
关键词 keywords	;protein-inhibitor complex, covalently bound inhibitor, DPPI-inhibitor complex, cathepsin C inhibitor complex, Hydrolase-hydrolase inhibitor complex ;; Hydrolase/Hydrolase inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.29 Å
零角强度 I(0) i0	27656000.00
分子量 molecular_weight	40127.0 kDa
排除体积 excluded_volume	49991 Å³
包络体积 envelope_volume	57662 Å³
水化壳体积 shell_volume	23228 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.2 Å
壳层 Rg shell_rg	27.40 Å
包络 Rg envelope_rg	20.71 Å
形状 Rg shape_rg	20.26 Å
总 Rg total_rg	21.30 Å
总原子数 total_atoms	2825
残基数 n_residues	347
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.9 Å
Rg (实空间) rg_real	21.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7660e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7980e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	27660000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8928
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.230
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.382
角度范围 angular_range	— – 0.3700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	5298000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.868; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.999

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Dipeptidyl-peptidase 1
分子量 formula_weight	13500.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.14.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3071

DTPANCTYLDLLGTWVFQVGSSGSQRDVNCSVMGPQEKKVVVYLQKLDTAYDDLGNSGHFTIIYNQGFEIVLNDYKWFAFFKYKEEGSKVTTYCNETMTGWVHDVLGRNWACFTGKKVG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Dipeptidyl-peptidase 1
分子量 formula_weight	18491.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.14.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

LPTSWDWRNVHGINFVSPVRNQASCGSCYSFASMGMLEARIRILTNNSQTPILSPQEVVSCSQYAQGCEGGFPYLIAGKYAQDFGLVEEACFPYTGTDSPCKMKEDCFRYYSSEYHYVGGFYGGCNEALMKLELVHHGPMAVAFEVYDDFLHYKKGIYHHTGLR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 polymer

描述 description	Dipeptidyl-peptidase 1
分子量 formula_weight	7583.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.14.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

DPFNPFELTNHAVLLVGYGTDSASGMDYWIVKNSWGTGWGENGYFRIRRGTDECAIESIAVAATPIPKL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	N-[(1S)-1-benzyl-3-diazen-1-iumylidene-2-oxopropyl]glycinamide
分子量 formula_weight	246.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	246

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2djfa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.5 — Dipeptidyl peptidase I (cathepsin C), exclusion domain
家族 Family family	b.61.5.1 — Dipeptidyl peptidase I (cathepsin C), exclusion domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2djfA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Cathepsin C, exclusion domain

结构域编号 domain_id	2djfB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	2djfC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 — Cysteine proteinases. Chain C

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	87.000 Å
晶胞边长 b length_b	89.030 Å
晶胞边长 c length_c	115.570 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	28.750 Å
R 因子 r_factor	0.1632
R_work r_work	0.1613
R_free r_free	0.2003

fit	/app/data/saxs_computation/dj/2djf/2djf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dj/2djf/2djf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dj/2djf/2djf.dat

Crystal Structure of human dipeptidyl peptidase I (Cathepsin C) in complex with the inhibitor Gly-Phe-CHN2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)