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2dk9

Solution structure of Calponin Homology domain of Human MICAL-1

Method: SOLUTION NMR Dmax: 64.3 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEDD9-interacting protein with calponin homology and LIM domains

Homo sapiens

UniProt Q8TDZ2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 506–614 片段：Calponin Homology domain 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM phosphate buffer, 50mM NaCl；压力 1 NMR样品组成：1.5mM MICAL_1 CH U-15N,13C; 50mM phosphate buffer, 50mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1.5mM MICAL_1 CH U-15N; 50mM phosphate buffer, 50mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1.5mM MICAL_1 CH U-15N,13C; 50mM phosphate buffer, 50mM NaCl; 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成：1.5mM MICAL_1 CH U-15N; 50mM phosphate buffer, 50mM NaCl; 17 mg/mL Pf1 filamentous phage; 90% H2O, 10% D2O | 17 mg/mL Pf1 filamentous phage; 90% H2O, 10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2DK9 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1WYL Solution structure of the CH domain of human NEDD9 interacting protein with calponin homology and LIM domains 提交 2005-02-15 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 510–612（103 aa） 片段：CH domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成 1.22mM CH domain U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2CO8 Solution structures of the LIM domain of human NEDD9 interacting protein with calponin homology and LIM domains 提交 2005-05-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 687–755（69 aa） 片段：LIM domain
未记录 ZN ZINC ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成 1mM LIM domain U-15N,13C; 20mM d-Tris HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 0.01mM ZnCl2; 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
5LE0 MICAL1 Cterminal domain 提交 2016-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 918–1067（150 aa） 片段：UNP residues 918-1067
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；EG
分辨率 3.30 Å R-free 0.306
5LPN Structure of human Rab10 in complex with the bMERB domain of Mical-1 提交 2016-08-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 918–1067（150 aa） 片段：UNP residues 918-1067
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；6%-10% PEG8000 0.1M Imidazole
分辨率 2.80 Å R-free 0.287
6KU0 Crystal structure of MyoVa-GTD in complex with MICAL1-GTBM 提交 2019-08-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 799–822（24 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1% w/v Tryptone, 0.05M HEPES sodium pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
分辨率 1.60 Å R-free 0.199
6KU0 Crystal structure of MyoVa-GTD in complex with MICAL1-GTBM 提交 2019-08-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 799–822（24 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1% w/v Tryptone, 0.05M HEPES sodium pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3350
分辨率 1.60 Å R-free 0.199
8HLO Crystal structure of ASAP1-SH3 and MICAL1-PRM complex 提交 2022-11-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 828–836（9 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；289.15 K；0.1M HEPES, pH 7.5, 1.4M Sodium citrate tribasic dihydrate
分辨率 1.17 Å R-free 0.142
8Y6K Cryo-EM structure of full-length MICAL1 in the autoinhibited state 提交 2024-02-02 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1067（1067 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM Tris, pH 7.5, 100 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.94 Å
9EWY CryoEM structure of human MICAL1 提交 2024-04-05 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1067（1067 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9G0C Structure of human Mical1 bMERB_V978A_V985A domain:Rab10 complex. 提交 2024-07-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 918–1067（150 aa）
突变：V978A, V985A GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.17 M Sodium acetate, 0.085 M Tris-HCl pH 8.5, 25.5% (w/v) PEG 4000 and 15% (v/v) glycerol
分辨率 1.80 Å R-free 0.231
9G0D Structure of human Mical1 bMERB_V978A domain:Rab10 complex. 提交 2024-07-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 918–1067（150 aa）
突变：V978A GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Imidazole pH 8.0, 5% (w/v) PEG 3000 and 30% (v/v) PEG 200
分辨率 2.05 Å R-free 0.249

共 10 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MICA1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 10–118； UniProt 506–614

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2dk9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2dk9
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2dk9
沉积日期 deposition_date2006-04-07
结构标题 titleSolution structure of Calponin Homology domain of Human MICAL-1
关键词 keywordshelix, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.41 Å
零角强度 I(0) i0908044000.00
分子量 molecular_weight251180.0 kDa
排除体积 excluded_volume312300 ų
包络体积 envelope_volume46976 ų
水化壳体积 shell_volume18813 ų
包络直径 envelope_diameter71.0 Å
壳层 Rg shell_rg28.25 Å
包络 Rg envelope_rg24.52 Å
形状 Rg shape_rg15.40 Å
总 Rg total_rg15.75 Å
总原子数 total_atoms34940
残基数 n_residues2360
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax64.3 Å
Rg (实空间) rg_real16.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real9.0800e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1860e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal908000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6877
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary17.9 Å
偏度 Skewness skewness0.862
峰度 Kurtosis kurtosis0.799
角度范围 angular_range— – 0.4950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha643600.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.162; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.463; Smooth: 0.987
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2dk9a1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.40 — CH domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.40.1 — Calponin-homology domain, CH-domain
家族 Family familya.40.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2dk9a2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2dk9A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology418 — Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Calponin-like domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)