Rho guanine nucleotide exchange factor 11
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 44–123 | 片段：PDZ domain | 无其他共同聚合物 | SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成：1.20mM U-15N, 13C-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O | 分辨率未提供 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 2DLS | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1HTJ STRUCTURE OF THE RGS-LIKE DOMAIN FROM PDZ-RHOGEF 提交 2000-12-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 F
281–490（210 aa）
片段：RGS-LIKE DOMAIN (RESIDUES 281-490)
|
突变：K463A, E465A, E466A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Ammonium Sulfate, PEG 400, Tris-HCl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.258 |
| 1XCG Crystal Structure of Human RhoA in complex with DH/PH fragment of PDZRHOGEF 提交 2004-09-01 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
714–1081（368 aa）
片段：DH/PH domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；PEG, Hepes, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.281 |
| 1XCG Crystal Structure of Human RhoA in complex with DH/PH fragment of PDZRHOGEF 提交 2004-09-01 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
714–1081（368 aa）
片段：DH/PH domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；PEG, Hepes, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.281 |
| 3KZ1 Crystal Structure of the Complex of PDZ-RhoGEF DH/PH domains with GTP-gamma-S Activated RhoA 提交 2009-12-07 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
710–1085（376 aa）
片段：UNP residues 710-1085
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；14-16% PEG 10000, 0.1M ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.283 |
| 3KZ1 Crystal Structure of the Complex of PDZ-RhoGEF DH/PH domains with GTP-gamma-S Activated RhoA 提交 2009-12-07 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
710–1085（376 aa）
片段：UNP residues 710-1085
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；14-16% PEG 10000, 0.1M ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.283 |
| 3T06 Crystal Structure of the DH/PH fragment of PDZRHOGEF with N-terminal regulatory elements in complex with Human RhoA 提交 2011-07-19 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
672–1081（410 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.15 M DL-malic acid, 20 % w/v PEG 3350, pH 7.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K
|
分辨率 2.84 Å R-free 0.257 |
| 3T06 Crystal Structure of the DH/PH fragment of PDZRHOGEF with N-terminal regulatory elements in complex with Human RhoA 提交 2011-07-19 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
672–1081（410 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.15 M DL-malic acid, 20 % w/v PEG 3350, pH 7.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K
|
分辨率 2.84 Å R-free 0.257 |
| 5E6P PlexinB2 cytoplasmic region/PDZ-RhoGEF PDZ domain complex 提交 2015-10-10 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
42–125（84 aa）
片段：PDZ domain (UNP residues 42-125)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；293 K；0.2 M K/Na tartrate, 0.1 M Na citrate pH 5.3, 1.4 M ammonium sulfate
|
分辨率 3.21 Å R-free 0.297 |
| 5JHG Crystal structure of the complex between the human RhoA and the DH/PH domain of human ARHGEF11 提交 2016-04-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
714–1081（368 aa）
片段：UNP residues 714-1081
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；2% v/v Tacsimate pH 5.0, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 16% PEG 3350
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.270 |
| 5JHG Crystal structure of the complex between the human RhoA and the DH/PH domain of human ARHGEF11 提交 2016-04-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
714–1081（368 aa）
片段：UNP residues 714-1081
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；2% v/v Tacsimate pH 5.0, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 16% PEG 3350
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.270 |
| 5JHH Crystal structure of the ternary complex between the human RhoA, its inhibitor and the DH/PH domain of human ARHGEF11 提交 2016-04-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
714–1081（368 aa）
片段：UNP residues 714-1081
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 RA0 3-{3-[ethyl(quinolin-2-yl)amino]phenyl}propanoic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；2% v/v Tacsimate pH 5.0, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 16% PEG 3350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.239 |
| 5JHH Crystal structure of the ternary complex between the human RhoA, its inhibitor and the DH/PH domain of human ARHGEF11 提交 2016-04-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
714–1081（368 aa）
片段：UNP residues 714-1081
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 RA0 3-{3-[ethyl(quinolin-2-yl)amino]phenyl}propanoic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；2% v/v Tacsimate pH 5.0, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 16% PEG 3350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.239 |
| 5TYT Crystal Structure of the PDZ domain of RhoGEF bound to CXCR2 C-terminal peptide 提交 2016-11-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
41–123（83 aa）
片段：Rho (UNP residues 41-123), CXCR2 C-terminal peptide (UNP residues 356-360)
链 B
41–123（83 aa）
片段：Rho (UNP residues 41-123), CXCR2 C-terminal peptide (UNP residues 356-360)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；25% PEG8000, 0.1 M sodium citrate, 0.2 M sodium acetate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.240 |
| 5TYT Crystal Structure of the PDZ domain of RhoGEF bound to CXCR2 C-terminal peptide 提交 2016-11-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
41–123（83 aa）
片段：Rho (UNP residues 41-123), CXCR2 C-terminal peptide (UNP residues 356-360)
链 D
41–123（83 aa）
片段：Rho (UNP residues 41-123), CXCR2 C-terminal peptide (UNP residues 356-360)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；25% PEG8000, 0.1 M sodium citrate, 0.2 M sodium acetate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.240 |
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查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | ARHGB_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 8–87； UniProt 44–123 |
