SAXSdb — 2dsr

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Insulin-like growth factor-binding protein 4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 24–103 链 G； UniProt 172–253	片段：C-terminal domain 片段：N-terminal domain	Insulin-like growth factor IB × 1 （P05019）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；290 K；1M lithium sulfate monohydrate, 2% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K	分辨率 2.10 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2DSR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1WQJ Structural Basis for the Regulation of Insulin-Like Growth Factors (IGFs) by IGF Binding Proteins (IGFBPs) 提交 2004-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–103（80 aa）片段：NBP-4 (residues 3-82)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；277 K；23% PEG 1500, 25mM Tris, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.255
2DSP Structural Basis for the Inhibition of Insulin-like Growth Factors by IGF Binding Proteins 提交 2006-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 22–113（92 aa）片段：N-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；290 K；23% PEG 1500, 25mM Tris pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K	分辨率 2.50 Å R-free 0.271
2DSQ Structural Basis for the Inhibition of Insulin-like Growth Factors by IGF Binding Proteins 提交 2006-07-05	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 22–113（92 aa）片段：N-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；290 K；20% PEG 3350, 0.2M lithium acetate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K	分辨率 2.80 Å R-free 0.357
2DSQ Structural Basis for the Inhibition of Insulin-like Growth Factors by IGF Binding Proteins 提交 2006-07-05	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 22–113（92 aa）片段：N-terminal domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；290 K；20% PEG 3350, 0.2M lithium acetate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K	分辨率 2.80 Å R-free 0.357

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IBP4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–82； UniProt 172–253 作者链 B； PDB构建体 1–80； UniProt 24–103

Insulin-like growth factor IB

Homo sapiens

UniProt P05019

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 49–118	未记录	Insulin-like growth factor-binding protein 4 × 1 （P22692） Insulin-like growth factor-binding protein 4 × 1 （P22692）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；290 K；1M lithium sulfate monohydrate, 2% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K	分辨率 2.10 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2DSR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BQT THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF HUMAN INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-I (IGF-I) DETERMINED BY 1H-NMR AND DISTANCE GEOMETRY, 6 STRUCTURES 提交 1998-08-18	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 49–118（70 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 3；313 K；压力 1 NMR样品组成 H2O/D2O=9/1 CONTAINING 10 ACETIC ACID-D4	分辨率未提供
1PMX INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-I BOUND TO A PHAGE-DERIVED PEPTIDE 提交 2003-06-11	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 49–118（70 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.1；313 K；离子强度（mmCIF原始值）25 mM；压力 1 NMR样品组成 1.4 MM IGF-I (15N), 2.0 MM PEPTIDE, 25 MM SODIUM ACETATE NMR样品组成 1.4 MM IGF-I (13C,15N), 2.0 MM PEPTIDE, 25 MM SODIUM ACETATE NMR样品组成 1.4 MM IGF-I (13C,15N), 2.0 MM PEPTIDE, 25 MM SODIUM ACETATE \| D2O	分辨率未提供
1WQJ Structural Basis for the Regulation of Insulin-Like Growth Factors (IGFs) by IGF Binding Proteins (IGFBPs) 提交 2004-09-29	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 49–118（70 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；277 K；23% PEG 1500, 25mM Tris, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.255
2DSP Structural Basis for the Inhibition of Insulin-like Growth Factors by IGF Binding Proteins 提交 2006-07-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 49–118（70 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；290 K；23% PEG 1500, 25mM Tris pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K	分辨率 2.50 Å R-free 0.271
2DSQ Structural Basis for the Inhibition of Insulin-like Growth Factors by IGF Binding Proteins 提交 2006-07-05	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 49–118（70 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；290 K；20% PEG 3350, 0.2M lithium acetate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K	分辨率 2.80 Å R-free 0.357
2DSQ Structural Basis for the Inhibition of Insulin-like Growth Factors by IGF Binding Proteins 提交 2006-07-05	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 49–118（70 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；290 K；20% PEG 3350, 0.2M lithium acetate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K	分辨率 2.80 Å R-free 0.357
3LRI Solution structure and backbone dynamics of long-[Arg(3)]insulin-like growth factor-I 提交 1999-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 33–102（70 aa）	突变：E3R, 13 RESIDUE N-TERMINAL EXTENSION	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 3；303 K；压力 1	分辨率未提供
4XSS Insulin-like growth factor I in complex with site 1 of a hybrid insulin receptor / Type 1 insulin-like growth factor receptor 提交 2015-01-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 49–118（70 aa）片段：UNP residues 49-118	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；298 K；1.75 M ammonium sulfate, 0.1 M CAPS-NaOH (pH 10.5), 0.2 M LiSO4	分辨率 3.00 Å R-free 0.229
4XSS Insulin-like growth factor I in complex with site 1 of a hybrid insulin receptor / Type 1 insulin-like growth factor receptor 提交 2015-01-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 B 49–118（70 aa）片段：UNP residues 49-118	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；298 K；1.75 M ammonium sulfate, 0.1 M CAPS-NaOH (pH 10.5), 0.2 M LiSO4	分辨率 3.00 Å R-free 0.229
5U8Q Structure of the ectodomain of the human Type 1 insulin-like growth factor receptor in complex with IGF-I 提交 2016-12-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 49–118（70 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 MLT D-MALATE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.2 M ammonium sulfate, 0.1 M imidazole-malate pH 7.0. IGF-1 was included by soaking directly into the mother crystal. For full details see the primary citation.	分辨率 3.27 Å R-free 0.303
6FF3 Crystal structure of Drosophila neural ectodermal development factor Imp-L1 with Human IGF-I 提交 2018-01-03	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 49–118（70 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；cp 10 mg/ml, 4-8% w/v PEG 6K, 5-20 mM MgCl2, 5 mM SB12, 0.1 M TRIS pH 7.5	分辨率 2.57 Å R-free 0.285
6PYH Cryo-EM structure of full-length IGF1R-IGF1 complex. Only the extracellular region of the complex is resolved. 提交 2019-07-29	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 49–118（70 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
6RVA STRUCTURE OF [ASP58]-IGF-I ANALOGUE 提交 2019-05-31	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 48–118（71 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 3；313.15 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1 NMR样品组成 0.18 mM [L-Asp58]-IGF-1 analogue, 0.01 % sodium azide, 50 mM [U-2H] acetic acid, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.05 mM [U-13C; U-15N] [L-Asp58]-IGF-1 analogue, 0.01 % sodium azide, 50 mM [U-2H] acetic acid, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.05 mM [U-13C; U-15N] [L-Asp58]-IGF-1 analogue, 0.01 % sodium azide, 50 mM [U-2H] acetic acid, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
7S0Q Head region of a complex of IGF-I with the ectodomain of a hybrid insulin receptor / type 1 insulin-like growth factor receptor 提交 2021-08-30	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 49–118（70 aa）	未记录	BMA beta-D-mannopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris pH 8.0 160mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
7WRQ Structure of Human IGF1/IGFBP3/ALS Ternary Complex 提交 2022-01-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 33–102（70 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging	分辨率 3.60 Å
7YRR Cryo-EM structure of IGF1R with two IGF1 complex 提交 2022-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 36–95（60 aa）链 D 36–95（60 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 4.30 Å
8EYR Cryo-EM structure of two IGF1 bound full-length mouse IGF1R mutant (four glycine residues inserted in the alpha-CT; IGF1R-P674G4): symmetric conformation 提交 2022-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–195（195 aa）链 D 1–195（195 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
8X06 Cryo-EM structure of the IR/IGF-I complex, conformation 1 提交 2023-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–195（195 aa）链 D 1–195（195 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.24 Å
8X2M Cryo-EM structure of the IR/IGF-I complex, conformation 2 提交 2023-11-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–195（195 aa）链 D 1–195（195 aa）链 E 1–195（195 aa）链 F 1–195（195 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.31 Å
8XJS Cryo-EM structure of human insulin receptor bound to 3 IGF-I 提交 2023-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–195（195 aa）链 D 1–195（195 aa）链 E 1–195（195 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.24 Å
8XK1 Cryo-EM structure of human insulin receptor bound to 4 IGF-I 提交 2023-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–195（195 aa）链 D 1–195（195 aa）链 E 1–195（195 aa）链 F 1–195（195 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.31 Å
8XKM Cryo-EM structure of human insulin receptor bound to 4 IGF-I, conformation 3 提交 2023-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–195（195 aa）链 D 1–195（195 aa）链 E 1–195（195 aa）链 F 1–195（195 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.00 Å
8XKR Cryo-EM structure of human insulin receptor bound to 4 IGF-I, conformation 2 提交 2023-12-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–195（195 aa）链 D 1–195（195 aa）链 E 1–195（195 aa）链 F 1–195（195 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.53 Å

共 21 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IGF1B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–70； UniProt 49–118

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2dsr
沉积日期 deposition_date	2006-07-05
结构标题 title	Structural Basis for the Inhibition of Insulin-like Growth Factors by IGF Binding Proteins
关键词 keywords	IGF, IGFBP, Insulin, PROTEIN BINDING-HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX; PROTEIN BINDING/HORMONE/GROWTH FACTOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.51 Å
零角强度 I(0) i0	11246500.00
分子量 molecular_weight	23120.0 kDa
排除体积 excluded_volume	28236 Å³
包络体积 envelope_volume	35365 Å³
水化壳体积 shell_volume	17062 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.6 Å
壳层 Rg shell_rg	23.39 Å
包络 Rg envelope_rg	17.87 Å
形状 Rg shape_rg	17.53 Å
总 Rg total_rg	18.41 Å
总原子数 total_atoms	1604
残基数 n_residues	219
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.1 Å
Rg (实空间) rg_real	18.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1250e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4100e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11250000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8916
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	23.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.156
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.418
角度范围 angular_range	— – 0.4300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	1416000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.864; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.998

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Insulin-like growth factor-binding protein 4
分子量 formula_weight	9118.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G
原子数 atom_count	1845

GSCQSELHRALERLAASQSRTHEDLYIIPIPNCDRNGNFHPKQCHPALDGQRGKCWCVDRKTGVKLPGGLEPKGELDCHQLA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Insulin-like growth factor-binding protein 4
分子量 formula_weight	8498.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

AIHCPPCSEEKLARCRPPVGCEELVREPGCGCCATCALGLGMPCGVYTPRCGSGLRCYPPRGVEKPLHTLMHGQGVCMEL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Insulin-like growth factor IB
分子量 formula_weight	7663.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

GPETLCGAELVDALQFVCGDRGFYFNKPTGYGSSSRRAPQTGIVDECCFRSCDLRRLEMYCAPLKPAKSA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	241

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2dsrb_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.9 — Growth factor receptor domain
家族 Family family	g.3.9.1 — Growth factor receptor domain

结构域编号 domain_id	d2dsrg1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.28 — Thyroglobulin type-1 domain
超家族 Superfamily superfamily	g.28.1 — Thyroglobulin type-1 domain
家族 Family family	g.28.1.1 — Thyroglobulin type-1 domain

结构域编号 domain_id	d2dsri_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.1 — Insulin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.1.1 — Insulin-like
家族 Family family	g.1.1.1 — Insulin-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2dsrB01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	40 — Omega-AgatoxinV
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2dsrG00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	800 — Invariant Chain; Chain I
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thyroglobulin type-1

结构域编号 domain_id	2dsrI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	100 — Insulin-like, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Insulin-like

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	74.400 Å
晶胞边长 b length_b	50.250 Å
晶胞边长 c length_c	64.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	115.30 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2017
R_work r_work	0.1991
R_free r_free	0.2564

fit	/app/data/saxs_computation/ds/2dsr/2dsr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ds/2dsr/2dsr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ds/2dsr/2dsr.dat

Structural Basis for the Inhibition of Insulin-like Growth Factors by IGF Binding Proteins

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Insulin-like growth factor-binding protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Insulin-like growth factor IB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)