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2du0

Crystal structure of basic winged bean lectin in complex with Alpha-D-galactose

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Basic agglutinin

物种未注明

UniProt O24313

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 2 其他聚合物 3 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 alpha-D-galactopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CALCIUM ION × 2 MANGANESE (II) ION × 2 water × 2 与蛋白数一致
2 其他组合 同源多聚体 蛋白 2 其他聚合物 1 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 alpha-D-galactopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CALCIUM ION × 2 MANGANESE (II) ION × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体
1wbf

共 1 个 assembly

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1wbl 1wbl 2d3s 2d3s 2dtw 2dtw 2dty 2dty 2du0 2du0 2du1 2du1

共 38 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LEC1_PSOTE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–241； UniProt 2–242 作者链 B； PDB构建体 1–241； UniProt 2–242 作者链 C； PDB构建体 1–241； UniProt 2–242 作者链 D； PDB构建体 1–241； UniProt 2–242

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2du0
沉积日期 deposition_date2006-07-19
结构标题 titleCrystal structure of basic winged bean lectin in complex with Alpha-D-galactose
关键词 keywordsLEGUME LECTIN, GLYCOSYLATED PROTEIN, AGGLUTININ, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2du0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2du0__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2du0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）26.03 Å
Rg（电子密度）24.74 Å
总 Rg25.64 Å
原子数3805
残基数474
排除体积67688 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2du0__assembly_1__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2du0__assembly_2__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd2du0a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamilyb.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family familyb.29.1.1 — Legume lectins
结构域编号 domain_idd2du0b_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamilyb.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family familyb.29.1.1 — Legume lectins
结构域编号 domain_idd2du0c_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamilyb.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family familyb.29.1.1 — Legume lectins
结构域编号 domain_idd2du0d_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamilyb.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family familyb.29.1.1 — Legume lectins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id2du0A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
结构域编号 domain_id2du0B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
结构域编号 domain_id2du0C00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
结构域编号 domain_id2du0D00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily200 —
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7. 引用文献 (4)