2dua

Crystal Structure of Phosphonopyruvate Hydrolase Complex with Oxalate and Mg++

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 72.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2dua
沉积日期 deposition_date	2006-07-21
结构标题 title	Crystal Structure of Phosphonopyruvate Hydrolase Complex with Oxalate and Mg++
关键词 keywords	Phosphonopyruvate hydrolase, phosphonopyruvate, Phosphorus-carbon bond cleavage, PEP mutase/isocitrate lyase superfamily, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.63 Å
零角强度 I(0) i0	16542300.00
分子量 molecular_weight	30728.0 kDa
排除体积 excluded_volume	38566 Å³
包络体积 envelope_volume	47958 Å³
水化壳体积 shell_volume	20127 Å³
包络直径 envelope_diameter	75.4 Å
壳层 Rg shell_rg	26.74 Å
包络 Rg envelope_rg	21.34 Å
形状 Rg shape_rg	20.62 Å
总 Rg total_rg	21.54 Å
总原子数 total_atoms	2159
残基数 n_residues	283
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.2 Å
Rg (实空间) rg_real	21.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6540e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1870e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	16540000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6813
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.467
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.136
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.767; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.207; Positv: 1.000; Valcen: 0.967; Smooth: 0.964

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Phosphonopyruvate hydrolase
分子量 formula_weight	31215.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2501

MTKNQALRAALDSGRLFTAMAAHNPLVAKLAEQAGFGGIWGSGFELSASYAVPDANILSMSTHLEMMRAIASTVSIPLIADIDTGFGNAVNVHYVVPQYEAAGASAIVMEDKTFPKDTSLRTDGRQELVRIEEFQGKIAAATAARADRDFVVIARVEALIAGLGQQEAVRRGQAYEEAGADAILIHSRQKTPDEILAFVKSWPGKVPLVLVPTAYPQLTEADIAALSKVGIVIYGNHAIRAAVGAVREVFARIRRDGGIREVDAALPSVKEIIELQGDERMRAVEARYLK

来源 Source

来源生物 organism	Variovorax sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	218557
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	alpha-D-xylopyranose
分子量 formula_weight	150.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	OXALATE ION
分子量 formula_weight	88.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	342

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2duaa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.12 — Phosphoenolpyruvate/pyruvate domain
家族 Family family	c.1.12.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2duaA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Phosphoenolpyruvate-binding domains

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.890 Å
晶胞边长 b length_b	79.180 Å
晶胞边长 c length_c	93.430 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	32.780 Å
R 因子 r_factor	0.1600
R_work r_work	0.1560
R_free r_free	0.2190

fit	/app/data/saxs_computation/du/2dua/2dua.fit
pddf	/app/data/pr_computation/du/2dua/2dua.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/du/2dua/2dua.dat