SAXSdb — 2dzn

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable 26S proteasome regulatory subunit p28

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	26S protease regulatory subunit 6B homolog × 1 （P33298） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	26S protease regulatory subunit 6B homolog × 1 （P33298） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	26S protease regulatory subunit 6B homolog × 1 （P33298） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSDA_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228 作者链 C； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228 作者链 E； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228

26S protease regulatory subunit 6B homolog

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P33298

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Probable 26S proteasome regulatory subunit p28 × 1 （P50086） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Probable 26S proteasome regulatory subunit p28 × 1 （P50086） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Probable 26S proteasome regulatory subunit p28 × 1 （P50086） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRS6B_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–82； UniProt 348–428 作者链 D； PDB构建体 2–82； UniProt 348–428 作者链 F； PDB构建体 2–82； UniProt 348–428

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2dzn
沉积日期 deposition_date	2006-09-29
结构标题 title	Crystal structure analysis of yeast Nas6p complexed with the proteasome subunit, rpt3
关键词 keywords	;ankyrin repeats, a-helical domain, Structural Genomics, NPPSFA, National Project on Protein Structural and Functional Analyses, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, PROTEIN BINDING ;; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2dzn__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2dzn__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2dzn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.05 Å
Rg（电子密度）	20.42 Å
总 Rg	21.25 Å
原子数	2228
残基数	283
排除体积	39787 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2dzn__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2dzn__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2dzn__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Probable 26S proteasome regulatory subunit p28
分子量 formula_weight	25648.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	7346

MSNYPLHQACMENEFFKVQELLHSKPSLLLQKDQDGRIPLHWSVSFQAHEITSFLLSKMENVNLDDYPDDSGWTPFHIACSVGNLEVVKSLYDRPLKPDLNKITNQGVTCLHLAVGKKWFEVSQFLIENGASVRIKDKFNQIPLHRAASVGSLKLIELLCGLGKSAVNWQDKQGWTPLFHALAEGHGDAAVLLVEKYGAEYDLVDNKGAKAEDVALNEQVKKFFLNNV

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	26S protease regulatory subunit 6B homolog
分子量 formula_weight	9208.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

MERRLIFGTIASKMSLAPEADLDSLIIRNDSLSGAVIAAIMQEAGLRAVRKNRYVILQSDLEEAYATQVKTDNTVDKFDFYK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	472

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2dzna_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.211 — beta-hairpin-alpha-hairpin repeat
超家族 Superfamily superfamily	d.211.1 — Ankyrin repeat
家族 Family family	d.211.1.1 — Ankyrin repeat

结构域编号 domain_id	d2dznc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.211 — beta-hairpin-alpha-hairpin repeat
超家族 Superfamily superfamily	d.211.1 — Ankyrin repeat
家族 Family family	d.211.1.1 — Ankyrin repeat

结构域编号 domain_id	d2dzne_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.211 — beta-hairpin-alpha-hairpin repeat
超家族 Superfamily superfamily	d.211.1 — Ankyrin repeat
家族 Family family	d.211.1.1 — Ankyrin repeat

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2dznA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ankyrin repeat-containing domain

结构域编号 domain_id	2dznB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	2dznC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ankyrin repeat-containing domain

结构域编号 domain_id	2dznD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	2dznE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ankyrin repeat-containing domain

结构域编号 domain_id	2dznF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

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晶胞边长 a length_a	60.376 Å
晶胞边长 b length_b	100.220 Å
晶胞边长 c length_c	72.203 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.70 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1970
R_work r_work	0.1970
R_free r_free	0.2650

Crystal structure analysis of yeast Nas6p complexed with the proteasome subunit, rpt3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable 26S proteasome regulatory subunit p28

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

26S protease regulatory subunit 6B homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2dzn__assembly_1__model_1

2dzn__assembly_1__model_1 | I(q)

2dzn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure analysis of yeast Nas6p complexed with the proteasome subunit, rpt3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable 26S proteasome regulatory subunit p28

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

26S protease regulatory subunit 6B homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2dzn__assembly_1__model_1

2dzn__assembly_1__model_1 | I(q)

2dzn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)