2e59

Crystal structure of human MD-2 in complex with lipid IVa

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 53.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2e59
沉积日期 deposition_date	2006-12-19
结构标题 title	Crystal structure of human MD-2 in complex with lipid IVa
关键词 keywords	INNATE IMMUNITY, LIPID-BINDING, LIPID BINDING PROTEIN; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.57 Å
零角强度 I(0) i0	5939960.00
分子量 molecular_weight	18385.0 kDa
排除体积 excluded_volume	23397 Å³
包络体积 envelope_volume	26628 Å³
水化壳体积 shell_volume	14518 Å³
包络直径 envelope_diameter	52.2 Å
壳层 Rg shell_rg	21.47 Å
包络 Rg envelope_rg	15.83 Å
形状 Rg shape_rg	15.55 Å
总 Rg total_rg	16.77 Å
总原子数 total_atoms	1285
残基数 n_residues	144
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	53.6 Å
Rg (实空间) rg_real	17.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9400e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.9650e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5940000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8941
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.079
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.375
角度范围 angular_range	— – 0.4600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	513500.0000
实空间数据点数 n_real_points	77
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.884; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.979

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Lymphocyte antigen 96
分子量 formula_weight	16586.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1382

EAQKQYWVCNSSDASISYTYCDKMQYPISINVNPCIELKGSKGLLHIFYIPRRDLKQLYFNLYITVNTMNLPKRKEVICRGSDDDYSFCRALKGETVNTTISFSFKGIKFSKGKYKCVVEAISGSPEEMLFCLEFVILHQPNSN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Pichia pastoris

Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	;(R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE ;
分子量 formula_weight	711.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	711.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	89

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2e59A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	770 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	52.795 Å
晶胞边长 b length_b	52.795 Å
晶胞边长 c length_c	110.889 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.210 Å
最低分辨率 resolution_low	27.720 Å
R 因子 r_factor	0.2084
R_work r_work	0.2058
R_free r_free	0.2633

fit	/app/data/saxs_computation/e5/2e59/2e59.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e5/2e59/2e59.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e5/2e59/2e59.dat