2e7s

Crystal structure of the yeast Sec2p GEF domain

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
10	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
7	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
8	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
9	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SEC2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–135； UniProt 31–160 作者链 B； PDB构建体 6–135； UniProt 31–160 作者链 C； PDB构建体 6–135； UniProt 31–160 作者链 D； PDB构建体 6–135； UniProt 31–160 作者链 E； PDB构建体 6–135； UniProt 31–160 作者链 F； PDB构建体 6–135； UniProt 31–160 作者链 G； PDB构建体 6–135； UniProt 31–160 作者链 H； PDB构建体 6–135； UniProt 31–160 作者链 I； PDB构建体 6–135； UniProt 31–160 作者链 J； PDB构建体 6–135； UniProt 31–160 作者链 K； PDB构建体 6–135； UniProt 31–160 作者链 L； PDB构建体 6–135； UniProt 31–160 作者链 M； PDB构建体 6–135； UniProt 31–160 作者链 N； PDB构建体 6–135； UniProt 31–160 作者链 O； PDB构建体 6–135； UniProt 31–160 作者链 P； PDB构建体 6–135； UniProt 31–160 作者链 Q； PDB构建体 6–135； UniProt 31–160 作者链 R； PDB构建体 6–135； UniProt 31–160 作者链 S； PDB构建体 6–135； UniProt 31–160 作者链 T； PDB构建体 6–135； UniProt 31–160

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2e7s
沉积日期 deposition_date	2007-01-12
结构标题 title	Crystal structure of the yeast Sec2p GEF domain
关键词 keywords	COILED COIL, ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX; ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2e7s__assembly_7__model_1

Assembly 7 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2e7s__assembly_7__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2e7s__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	45.55 Å
Rg（电子密度）	49.19 Å
总 Rg	48.46 Å
原子数	1875
残基数	225
排除体积	33120 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2e7s__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2e7s__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2e7s__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2e7s__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`2e7s__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`2e7s__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`2e7s__assembly_7__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`2e7s__assembly_8__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`2e7s__assembly_9__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
10	1	`2e7s__assembly_10__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

结构域编号 domain_id	d2e7sa1
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.33 — Sec2 N-terminal region
家族 Family family	h.1.33.1 — Sec2 N-terminal region

结构域编号 domain_id	d2e7sb_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.33 — Sec2 N-terminal region
家族 Family family	h.1.33.1 — Sec2 N-terminal region

结构域编号 domain_id	d2e7sc_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.33 — Sec2 N-terminal region
家族 Family family	h.1.33.1 — Sec2 N-terminal region

结构域编号 domain_id	d2e7sd_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.33 — Sec2 N-terminal region
家族 Family family	h.1.33.1 — Sec2 N-terminal region

结构域编号 domain_id	d2e7se_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.33 — Sec2 N-terminal region
家族 Family family	h.1.33.1 — Sec2 N-terminal region

结构域编号 domain_id	d2e7sf_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.33 — Sec2 N-terminal region
家族 Family family	h.1.33.1 — Sec2 N-terminal region

结构域编号 domain_id	d2e7sg_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.33 — Sec2 N-terminal region
家族 Family family	h.1.33.1 — Sec2 N-terminal region

结构域编号 domain_id	d2e7sh_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.33 — Sec2 N-terminal region
家族 Family family	h.1.33.1 — Sec2 N-terminal region

结构域编号 domain_id	d2e7si_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.33 — Sec2 N-terminal region
家族 Family family	h.1.33.1 — Sec2 N-terminal region

结构域编号 domain_id	d2e7sj_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.33 — Sec2 N-terminal region
家族 Family family	h.1.33.1 — Sec2 N-terminal region

结构域编号 domain_id	d2e7sk_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.33 — Sec2 N-terminal region
家族 Family family	h.1.33.1 — Sec2 N-terminal region

结构域编号 domain_id	d2e7sl_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.33 — Sec2 N-terminal region
家族 Family family	h.1.33.1 — Sec2 N-terminal region

结构域编号 domain_id	d2e7sm_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.33 — Sec2 N-terminal region
家族 Family family	h.1.33.1 — Sec2 N-terminal region

结构域编号 domain_id	d2e7sn_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.33 — Sec2 N-terminal region
家族 Family family	h.1.33.1 — Sec2 N-terminal region

结构域编号 domain_id	d2e7so_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.33 — Sec2 N-terminal region
家族 Family family	h.1.33.1 — Sec2 N-terminal region

结构域编号 domain_id	d2e7sp_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.33 — Sec2 N-terminal region
家族 Family family	h.1.33.1 — Sec2 N-terminal region

结构域编号 domain_id	d2e7sq_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.33 — Sec2 N-terminal region
家族 Family family	h.1.33.1 — Sec2 N-terminal region

结构域编号 domain_id	d2e7sr_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.33 — Sec2 N-terminal region
家族 Family family	h.1.33.1 — Sec2 N-terminal region

结构域编号 domain_id	d2e7ss_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.33 — Sec2 N-terminal region
家族 Family family	h.1.33.1 — Sec2 N-terminal region

结构域编号 domain_id	d2e7st_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.33 — Sec2 N-terminal region
家族 Family family	h.1.33.1 — Sec2 N-terminal region

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晶胞边长 a length_a	101.937 Å
晶胞边长 b length_b	176.569 Å
晶胞边长 c length_c	181.453 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	40

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2290
R_free r_free	0.2850

描述 description	Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
分子量 formula_weight	15780.5 kDa
突变 mutation	M115L/K121M/T142M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	20

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T
原子数 atom_count	19270

Crystal structure of the yeast Sec2p GEF domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2e7s__assembly_7__model_1

2e7s__assembly_7__model_1 | I(q)

2e7s__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	262

Crystal structure of the yeast Sec2p GEF domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2e7s__assembly_7__model_1

2e7s__assembly_7__model_1 | I(q)

2e7s__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

7. 引用文献 (1)