SAXSdb — 2e7z

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2e7z
沉积日期 deposition_date	2007-01-15
结构标题 title	Acetylene Hydratase from Pelobacter acetylenicus
关键词 keywords	tungstoprotein, DMSO reductase family, iron-sulfur-cluster, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.27 Å
零角强度 I(0) i0	116743000.00
分子量 molecular_weight	83876.0 kDa
排除体积 excluded_volume	104140 Å³
包络体积 envelope_volume	114650 Å³
水化壳体积 shell_volume	36858 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.8 Å
壳层 Rg shell_rg	33.65 Å
包络 Rg envelope_rg	24.67 Å
形状 Rg shape_rg	24.32 Å
总 Rg total_rg	25.03 Å
总原子数 total_atoms	5862
残基数 n_residues	727
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.3 Å
Rg (实空间) rg_real	24.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4640e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	116700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8930
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.160
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.431
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	37230000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.883; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.967

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Acetylene hydratase Ahy
分子量 formula_weight	81650.8 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.71
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8716

KKHVVCQSCDINCVVEAEVKADGKIQTKSISEPHPTTPPNSICMKSVNADTIRTHKDRVLYPLKNVGSKRGEQRWERISWDQALDEIAEKLKKIIAKYGPESLGVSQTEINQQSEYGTLRRFMNLLGSPNWTSAMYMCIGNTAGVHRVTHGSYSFASFADSNCLLFIGKNLSNHNWVSQFNDLKAALKRGCKLIVLDPRRTKVAEMADIWLPLRYGTDAALFLGMINVIINEQLYDKEFVENWCVGFEELKERVQEYPLDKVAEITGCDAGEIRKAAVMFATESPASIPWAVSTDMQKNSCSAIRAQCILRAIVGSFVNGAEILGAPHSDLVPISKIQMHEALPEEKKKLQLGTETYPFLTYTGMSALEEPSERVYGVKYFHNMGAFMANPTALFTAMATEKPYPVKAFFALASNALMGYANQQNALKGLMNQDLVVCYDQFMTPTAQLADYVLPGDHWLERPVVQPNWEGIPFGNTSQQVVEPAGEAKDEYYFIRELAVRMGLEEHFPWKDRLELINYRISPTGMEWEEYQKQYTYMSKLPDYFGPEGVGVATPSGKVELYSSVFEKLGYDPLPYYHEPLQTEISDPELAKEYPLILFAGLREDSNFQSCYHQPGILRDAEPDPVALLHPKTAQSLGLPSGEWIWVETTHGRLKLLLKHDGAQPEGTIRIPHGRWCPEQEGGPETGFSGAMLHNDAMVLSDDDWNLDPEQGLPNLRGGILAKAYKC

Entity 2 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	740.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	TUNGSTEN ION
分子量 formula_weight	183.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	880

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2e7zA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	25 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — ADC-like domains

结构域编号 domain_id	2e7zA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	740 —

结构域编号 domain_id	2e7zA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	228 — Dimethylsulfoxide Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dimethylsulfoxide Reductase, domain 2

结构域编号 domain_id	2e7zA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	40 — Barwin-like endoglucanases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	120.776 Å
晶胞边长 b length_b	71.971 Å
晶胞边长 c length_c	106.760 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	124.26 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.260 Å
最低分辨率 resolution_low	30.630 Å
R 因子 r_factor	0.1613
R_work r_work	0.1595
R_free r_free	0.1951

fit	/app/data/saxs_computation/e7/2e7z/2e7z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e7/2e7z/2e7z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e7/2e7z/2e7z.dat

Acetylene Hydratase from Pelobacter acetylenicus

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution