2e9x

The crystal structure of human GINS core complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA replication complex GINS protein PSF1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 （Q9Y248） GINS complex subunit 3 × 1 （Q9BRX5） GINS complex subunit 4 × 1 （Q9BRT9） SULFATE ION × 3 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 （Q9Y248） GINS complex subunit 3 × 1 （Q9BRX5） GINS complex subunit 4 × 1 （Q9BRT9） SULFATE ION × 3 water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	DNA replication complex GINS protein PSF2 × 2 （Q9Y248） GINS complex subunit 3 × 2 （Q9BRX5） GINS complex subunit 4 × 2 （Q9BRT9） SULFATE ION × 6 water × 8	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	DNA replication complex GINS protein PSF2 × 2 （Q9Y248） GINS complex subunit 3 × 2 （Q9BRX5） GINS complex subunit 4 × 2 （Q9BRT9） SULFATE ION × 6 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 E； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149

DNA replication complex GINS protein PSF2

Homo sapiens

UniProt Q9Y248

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 （Q14691） GINS complex subunit 3 × 1 （Q9BRX5） GINS complex subunit 4 × 1 （Q9BRT9） SULFATE ION × 3 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 （Q14691） GINS complex subunit 3 × 1 （Q9BRX5） GINS complex subunit 4 × 1 （Q9BRT9） SULFATE ION × 3 water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	DNA replication complex GINS protein PSF1 × 2 （Q14691） GINS complex subunit 3 × 2 （Q9BRX5） GINS complex subunit 4 × 2 （Q9BRT9） SULFATE ION × 6 water × 8	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	DNA replication complex GINS protein PSF1 × 2 （Q14691） GINS complex subunit 3 × 2 （Q9BRX5） GINS complex subunit 4 × 2 （Q9BRT9） SULFATE ION × 6 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSF2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–185； UniProt 1–185 作者链 F； PDB构建体 1–185； UniProt 1–185

GINS complex subunit 3

Homo sapiens

UniProt Q9BRX5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 （Q14691） DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 （Q9Y248） GINS complex subunit 4 × 1 （Q9BRT9） SULFATE ION × 3 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 （Q14691） DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 （Q9Y248） GINS complex subunit 4 × 1 （Q9BRT9） SULFATE ION × 3 water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	DNA replication complex GINS protein PSF1 × 2 （Q14691） DNA replication complex GINS protein PSF2 × 2 （Q9Y248） GINS complex subunit 4 × 2 （Q9BRT9） SULFATE ION × 6 water × 8	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	DNA replication complex GINS protein PSF1 × 2 （Q14691） DNA replication complex GINS protein PSF2 × 2 （Q9Y248） GINS complex subunit 4 × 2 （Q9BRT9） SULFATE ION × 6 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9BRX5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 4–219； UniProt 1–216 作者链 G； PDB构建体 4–219； UniProt 1–216

GINS complex subunit 4

Homo sapiens

UniProt Q9BRT9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 （Q14691） DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 （Q9Y248） GINS complex subunit 3 × 1 （Q9BRX5） SULFATE ION × 3 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA replication complex GINS protein PSF1 × 1 （Q14691） DNA replication complex GINS protein PSF2 × 1 （Q9Y248） GINS complex subunit 3 × 1 （Q9BRX5） SULFATE ION × 3 water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	DNA replication complex GINS protein PSF1 × 2 （Q14691） DNA replication complex GINS protein PSF2 × 2 （Q9Y248） GINS complex subunit 3 × 2 （Q9BRX5） SULFATE ION × 6 water × 8	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	DNA replication complex GINS protein PSF1 × 2 （Q14691） DNA replication complex GINS protein PSF2 × 2 （Q9Y248） GINS complex subunit 3 × 2 （Q9BRX5） SULFATE ION × 6 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9BRT9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–223； UniProt 1–223 作者链 H； PDB构建体 1–223； UniProt 1–223

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2e9x
沉积日期 deposition_date	2007-01-27
结构标题 title	The crystal structure of human GINS core complex
关键词 keywords	GINS complex, Eukaryotic DNA replication, REPLICATION; REPLICATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2e9x__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2e9x__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2e9x__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.61 Å
Rg（电子密度）	28.84 Å
总 Rg	29.52 Å
原子数	5711
残基数	699
排除体积	101750 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2e9x__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2e9x__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2e9x__assembly_3__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2e9x__assembly_4__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA replication complex GINS protein PSF1
分子量 formula_weight	17502.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	11975

MFCEKAMELIRELHRAPEGQLPAFNEDGLRQVLEEMKALYEQNQSDVNEAKSGGRSDLIPTIKFRHCSLLRNRRCTVAYLYDRLLRIRALRWEYGSVLPNALRFHMAAEEMEWFNNYKRSLATYMRSLGGDEGLDITQDMKPPKSLYIE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA replication complex GINS protein PSF2
分子量 formula_weight	21453.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MDAAEVEFLAEKELVTIIPNFSLDKIYLIGGDLGPFNPGLPVEVPLWLAINLKQRQKCRLLPPEWMDVEKLEKMRDHERKEETFTPMPSPYYMELTKLLLNHASDNIPKADEIRTLVKDMWDTRIAKLRVSADSFVRQQEAHAKLDNLTLMEINTSGTFLTQALNHMYKLRTNLQPLESTQSQDF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	GINS complex subunit 3
分子量 formula_weight	24854.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

GPHMSEAYFRVESGALGPEENFLSLDDILMSHEKLPVRTETAMPRLGAFFLERSAGAETDNAVPQGSKLELPLWLAKGLFDNKRRILSVELPKIYQEGWRTVFSADPNVVDLHKMGPHFYGFGSQLLHFDSPENADISQSLLQTFIGRFRRIMDSSQNAYNEDTSALVARLDEMERGLFQTGQKGLNDFQCWEKGQASQITASNLVQNYKKRKFTDMED

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	GINS complex subunit 4
分子量 formula_weight	26081.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MTEEVDFLGQDSDGGSEEVVLTPAELIERLEQAWMNEKFAPELLESKPEIVECVMEQLEHMEENLRRAKREDLKVSIHQMEMERIRYVLSSYLRCRLMKIEKFFPHVLEKEKTRPEGEPSSLSPEELAFAREFMANTESYLKNVALKHMPPNLQKVDLFRAVPKPDLDSYVFLRVRERQENILVEPDTDEQRDYVIDLEKGSQHLIRYKTIAPLVASGAVQLI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	532

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 27 domains

SCOP 2.08 (15 domains)

结构域编号 domain_id	d2e9xa1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.278 — GINS helical bundle-like
超家族 Superfamily superfamily	a.278.1 — GINS helical bundle-like
家族 Family family	a.278.1.1 — PSF1 N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2e9xb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.278 — GINS helical bundle-like
超家族 Superfamily superfamily	a.278.1 — GINS helical bundle-like
家族 Family family	a.278.1.2 — PSF2 C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2e9xb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.344 — GINS/PriA/YqbF domain
超家族 Superfamily superfamily	d.344.1 — PriA/YqbF domain
家族 Family family	d.344.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2e9xc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.278 — GINS helical bundle-like
超家族 Superfamily superfamily	a.278.1 — GINS helical bundle-like
家族 Family family	a.278.1.3 — PSF3 C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2e9xc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.344 — GINS/PriA/YqbF domain
超家族 Superfamily superfamily	d.344.1 — PriA/YqbF domain
家族 Family family	d.344.1.4 — PSF3 N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2e9xc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2e9xd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.278 — GINS helical bundle-like
超家族 Superfamily superfamily	a.278.1 — GINS helical bundle-like
家族 Family family	a.278.1.4 — SLD5 N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2e9xd2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.344 — GINS/PriA/YqbF domain
超家族 Superfamily superfamily	d.344.1 — PriA/YqbF domain
家族 Family family	d.344.1.3 — SLD5 C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2e9xe_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.278 — GINS helical bundle-like
超家族 Superfamily superfamily	a.278.1 — GINS helical bundle-like
家族 Family family	a.278.1.1 — PSF1 N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2e9xf1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.278 — GINS helical bundle-like
超家族 Superfamily superfamily	a.278.1 — GINS helical bundle-like
家族 Family family	a.278.1.2 — PSF2 C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2e9xf2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.344 — GINS/PriA/YqbF domain
超家族 Superfamily superfamily	d.344.1 — PriA/YqbF domain
家族 Family family	d.344.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2e9xg1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.278 — GINS helical bundle-like
超家族 Superfamily superfamily	a.278.1 — GINS helical bundle-like
家族 Family family	a.278.1.3 — PSF3 C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2e9xg2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.344 — GINS/PriA/YqbF domain
超家族 Superfamily superfamily	d.344.1 — PriA/YqbF domain
家族 Family family	d.344.1.4 — PSF3 N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2e9xh1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.278 — GINS helical bundle-like
超家族 Superfamily superfamily	a.278.1 — GINS helical bundle-like
家族 Family family	a.278.1.4 — SLD5 N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2e9xh2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.344 — GINS/PriA/YqbF domain
超家族 Superfamily superfamily	d.344.1 — PriA/YqbF domain
家族 Family family	d.344.1.3 — SLD5 C-terminal domain-like

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2e9xA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1030 —

结构域编号 domain_id	2e9xB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	5 — Ribosomal Protein L9; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2e9xB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1020 —

结构域编号 domain_id	2e9xC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2050 —

结构域编号 domain_id	2e9xD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1030 —

结构域编号 domain_id	2e9xD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	5 — Ribosomal Protein L9; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	2e9xE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1030 —

结构域编号 domain_id	2e9xF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	5 — Ribosomal Protein L9; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2e9xF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1020 —

结构域编号 domain_id	2e9xG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2050 —

结构域编号 domain_id	2e9xH01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1030 —

结构域编号 domain_id	2e9xH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	5 — Ribosomal Protein L9; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

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晶胞边长 a length_a	57.928 Å
晶胞边长 b length_b	88.741 Å
晶胞边长 c length_c	102.129 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	104.69 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.96 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	95.47 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	29.820 Å
R 因子 r_factor	0.1990
R_work r_work	0.1970
R_free r_free	0.2330

The crystal structure of human GINS core complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA replication complex GINS protein PSF1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA replication complex GINS protein PSF2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GINS complex subunit 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GINS complex subunit 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2e9x__assembly_2__model_1

2e9x__assembly_2__model_1 | I(q)

2e9x__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 27 domains

SCOP 2.08 (15 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)