SAXSdb — 2e9z

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2e9z
沉积日期 deposition_date	2007-01-29
结构标题 title	Foot-and-mouth disease virus RNA-polymerase in complex with a template- primer RNA, ATP and UTP
关键词 keywords	3D polymerase, Foot-and- mouth disease virus, RNA-dependent RNA polymerase, polymerase, TRANSFERASE-RNA COMPLEX; TRANSFERASE/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.58 Å
零角强度 I(0) i0	65618100.00
分子量 molecular_weight	58743.0 kDa
排除体积 excluded_volume	71480 Å³
包络体积 envelope_volume	84159 Å³
水化壳体积 shell_volume	29894 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.9 Å
壳层 Rg shell_rg	30.59 Å
包络 Rg envelope_rg	22.81 Å
形状 Rg shape_rg	22.62 Å
总 Rg total_rg	23.28 Å
总原子数 total_atoms	4107
残基数 n_residues	492
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.0 Å
Rg (实空间) rg_real	23.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.5620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.1540e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	65620000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6859
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.166
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.433
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18140000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.801; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.171; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.999

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	5'-R(CPAPUPGPGPGPCPCP*C)-3'
分子量 formula_weight	2846.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	4127

CAUGGGCCC

Entity 2 polymer

描述 description	5'-R(GPGPGPCPCPCP*A)-3'
分子量 formula_weight	2235.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C

GGGCCCA

Entity 3 polymer

描述 description	RNA-dependent RNA polymerase
分子量 formula_weight	53486.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

GLIVDTRDVEERVHVMRKTKLAPTVAHGVFNPEFGPAALSNKDPRLNEGVVLDEVIFSKHKGDTKMSAEDKALFRRCAADYASRLHSVLGTANAPLSIYEAIKGVDGLDAMEPDTAPGLPWALQGKRRGALIDFENGTVGPEVEAALKLMEKREYKFACQTFLKDEIRPMEKVRAGKTRIVDVLPVEHILYTRMMIGRFCAQMHSNNGPQIGSAVGCNPDVDWQRFGTHFAQYRNVWDVDYSAFDANHCSDAMNIMFEEVFRTEFGFHPNAEWILKTLVNTEHAYENKRITVEGGMPSGCSATSIINTILNNIYVLYALRRHYEGVELDTYTMISYGDDIVVASDYDLDFEALKPHFKSLGQTITPADKSDKGFVLGHSITDVTFLKRHFHMDYGTGFYKPVMASKTLEAILSFARRGTIQEKLISVAGLAVHSGPDEYRRLFEPFQGLFEIPSYRSLYLRWVNAVCGDAAALEHH

来源 Source

来源生物 organism	Foot-and-mouth disease virus C-S8c1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	244367
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	;URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	484.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	PYROPHOSPHATE
分子量 formula_weight	178.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	20

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2e9za2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.4 — RNA-dependent RNA-polymerase

结构域编号 domain_id	d2e9za3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2e9zA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	2e9zA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	960 — Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	94.110 Å
晶胞边长 b length_b	94.110 Å
晶胞边长 c length_c	99.362 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2391
R_work r_work	0.2272
R_free r_free	0.2899

fit	/app/data/saxs_computation/e9/2e9z/2e9z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e9/2e9z/2e9z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e9/2e9z/2e9z.dat

Foot-and-mouth disease virus RNA-polymerase in complex with a template- primer RNA, ATP and UTP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)