2ea1

Crystal structure of Ribonuclease I from Escherichia coli COMPLEXED WITH GUANYLYL-2(PRIME),5(PRIME)-GUANOSINE

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 57.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ea1
沉积日期 deposition_date	2007-01-29
结构标题 title	Crystal structure of Ribonuclease I from Escherichia coli COMPLEXED WITH GUANYLYL-2(PRIME),5(PRIME)-GUANOSINE
关键词 keywords	PROTEIN-GPG COMPLEX, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.45 Å
零角强度 I(0) i0	15086800.00
分子量 molecular_weight	27789.0 kDa
排除体积 excluded_volume	34186 Å³
包络体积 envelope_volume	40073 Å³
水化壳体积 shell_volume	18881 Å³
包络直径 envelope_diameter	57.0 Å
壳层 Rg shell_rg	23.89 Å
包络 Rg envelope_rg	17.58 Å
形状 Rg shape_rg	17.43 Å
总 Rg total_rg	18.44 Å
总原子数 total_atoms	1952
残基数 n_residues	245
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	57.5 Å
Rg (实空间) rg_real	18.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5090e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4530e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15090000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8975
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.078
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.487
角度范围 angular_range	— – 0.4300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3571000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 1.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Ribonuclease I
分子量 formula_weight	27192.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.27.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2094

LALQAKQYGDFDRYVLALSWQTGFCQSQHDRNRNERDECRLQTETTNKADFLTVHGLWPGLPKSVAARGVDERRWMRFGCATRPIPNLPEARASRMCSSPETGLSLETAAKLSEVMPGAGGRSCLERYEYAKHGACFGFDPDAYFGTMVRLNQEIKESEAGKFLADNYGKTVSRRDFDAAFAKSWGKENVKAVKLTCQGNPAYLTEIQISIKADAINAPLSANSFLPQPHPGNCGKTFVIDKAGY

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	GUANYLYL-2',5'-PHOSPHOGUANOSINE
分子量 formula_weight	628.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	142

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2ea1A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	730 — Ribonuclease Rh; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease T2-like

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7. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	43.200 Å
晶胞边长 b length_b	49.870 Å
晶胞边长 c length_c	54.520 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.37 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	54.230 Å
R 因子 r_factor	0.2200
R_work r_work	0.2180
R_free r_free	0.2570

fit	/app/data/saxs_computation/ea/2ea1/2ea1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ea/2ea1/2ea1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ea/2ea1/2ea1.dat

Crystal structure of Ribonuclease I from Escherichia coli COMPLEXED WITH GUANYLYL-2(PRIME),5(PRIME)-GUANOSINE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction