SAXSdb — 2epm

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2epm
沉积日期 deposition_date	2007-03-30
结构标题 title	N-acetyl-B-D-glucoasminidase (GCNA) from Stretococcus gordonii
关键词 keywords	glycoside hydrolase, family 20, glucosaminidase, gcna, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.23 Å
零角强度 I(0) i0	83939500.00
分子量 molecular_weight	69956.0 kDa
排除体积 excluded_volume	86188 Å³
包络体积 envelope_volume	102200 Å³
水化壳体积 shell_volume	32505 Å³
包络直径 envelope_diameter	93.2 Å
壳层 Rg shell_rg	33.56 Å
包络 Rg envelope_rg	26.55 Å
形状 Rg shape_rg	26.17 Å
总 Rg total_rg	27.11 Å
总原子数 total_atoms	4845
残基数 n_residues	592
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.1 Å
Rg (实空间) rg_real	27.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.3940e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	83940000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8864
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.315
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.386
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17070000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.773

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	N-acetyl-beta-D-glucosaminidase
分子量 formula_weight	72331.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.52
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X
原子数 atom_count	5098

MATFLGLSSKQEKALVRLDKYLNLGEIAVSLVTDSATSIKVEGRQGYYQVSYKQPHQLYRALALLSAALRSGQDEVQIEEEAAYEDLAYMADCSRNAVLNLSSAKKMIEVLALMGYSTFELYMEDTYEIENQPYFGYFRGRYTVAELQEIEDYAADFDMSFVPCIQTLAHLSAFVKWGIKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIEGMFQTMAHLHTRKINIGMDEAHLVGLGRYLIKHGFQNRSLLMCQHLERVLDIADKYGFNCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKERVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFQNHHKISQDIAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRKNQVKEVIVTGWGDNGGETSQFSVLPALQIWAELAYRNDLKKVSEHFLVSTGLDFDDFMKIDLANLLPDLPDNLSGINPNRYVLYQDVLCPLLEQHIRPEKDKQHFASSAQQLGEISKRAGEYAYIFETQAQLNALLALKISITSGIQKAYRNGDKEHLSALAEKDFPQLYQMVEDFSDQFSRQWQQENKIFGLDTIDIRFGGLLKRIKRAQERLEQFISGQIDCVEELEQEILPFNDFYKDQGLTATTANQWHLIATASTIYTT

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus gordonii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1302
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	MERCURY (II) ION
分子量 formula_weight	200.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	215

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2epmX01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — N-acetyl-beta-d-glucosaminidase

结构域编号 domain_id	2epmX02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	2epmX03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 — N-acetyl-b-d-glucoasminidase

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	122.964 Å
晶胞边长 b length_b	124.746 Å
晶胞边长 c length_c	147.889 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.040 Å
最低分辨率 resolution_low	14.950 Å
R 因子 r_factor	0.2009
R_work r_work	0.1990
R_free r_free	0.2370

fit	/app/data/saxs_computation/ep/2epm/2epm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ep/2epm/2epm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ep/2epm/2epm.dat

N-acetyl-B-D-glucoasminidase (GCNA) from Stretococcus gordonii

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction