2eq8

Crystal structure of lipoamide dehydrogenase from thermus thermophilus HB8 with psbdp

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pyruvate dehydrogenase complex, dihydrolipoamide dehydrogenase E3 component

Thermus thermophilus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Pyruvate dehydrogenase complex, dihydrolipoamide acetyltransferase E2 component × 1 （Q5SLV9） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Pyruvate dehydrogenase complex, dihydrolipoamide acetyltransferase E2 component × 1 （Q5SLV9） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5SLR0_THET8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–464； UniProt 1–464 作者链 B； PDB构建体 1–464； UniProt 1–464 作者链 D； PDB构建体 1–464； UniProt 1–464 作者链 E； PDB构建体 1–464； UniProt 1–464

Pyruvate dehydrogenase complex, dihydrolipoamide acetyltransferase E2 component

物种未注明

UniProt Q5SLV9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Pyruvate dehydrogenase complex, dihydrolipoamide dehydrogenase E3 component × 2 （Q5SLR0） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Pyruvate dehydrogenase complex, dihydrolipoamide dehydrogenase E3 component × 2 （Q5SLR0） FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5SLV9_THET8
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–40； UniProt 125–164 作者链 F； PDB构建体 1–40； UniProt 125–164

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2eq8
沉积日期 deposition_date	2007-03-30
结构标题 title	Crystal structure of lipoamide dehydrogenase from thermus thermophilus HB8 with psbdp
关键词 keywords	;PROTEIN-PROTEIN COMPLEX, OXIDOREDUCTASE, Structural Genomics, NPPSFA, National Project on Protein Structural and Functional Analyses, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2eq8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2eq8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2eq8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.47 Å
Rg（电子密度）	29.63 Å
总 Rg	30.35 Å
原子数	7218
残基数	959
排除体积	129460 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2eq8__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2eq8__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Pyruvate dehydrogenase complex, dihydrolipoamide dehydrogenase E3 component
分子量 formula_weight	49151.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.8.1.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,D,E
原子数 atom_count	16327

MTPMKTYDLIVIGTGPGGYHAAIRAAQLGLKVLAVEAGEVGGVCLNVGCIPTKALLHAAETLHHLKVAEGFGLKAKPELDLKKLGGWRDQVVKKLTGGVGTLLKGNGVELLRGFARLVGPKEVEVGGERYGAKSLILATGSEPLELKGFPFGEDVWDSTRALKVEEGLPKRLLVIGGGAVGLELGQVYRRLGAEVTLIEYMPEILPQGDPETAALLRRALEKEGIRVRTKTKAVGYEKKKDGLHVRLEPAEGGEGEEVVVDKVLVAVGRKPRTEGLGLEKAGVKVDERGFIRVNARMETSVPGVYAIGDAARPPLLAHKAMREGLIAAENAAGKDSAFDYQVPSVVYTSPEWAGVGLTEEEAKRAGYKVKVGKFPLAASGRALTLGGAEGMVKVVGDEETDLLLGVFIVGPQAGELIAEAALALEMGATLTDLALTVHPHPTLSESLMEAAEAFHKQAIHILNR

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	300852
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Pyruvate dehydrogenase complex, dihydrolipoamide acetyltransferase E2 component
分子量 formula_weight	4292.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.12
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

PAAPSIRRLARELGVDLTRLRGTGLAGRITEEDVRRAAGL

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1889

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2eq8A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	2eq8A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	2eq8A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain

结构域编号 domain_id	2eq8B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	2eq8B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	2eq8B03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain

结构域编号 domain_id	2eq8D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	2eq8D02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	2eq8D03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain

结构域编号 domain_id	2eq8E01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	2eq8E02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	2eq8E03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain

▶

晶胞边长 a length_a	85.758 Å
晶胞边长 b length_b	104.082 Å
晶胞边长 c length_c	112.856 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.30 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.940 Å
最低分辨率 resolution_low	46.860 Å
R 因子 r_factor	0.2070
R_work r_work	0.2070
R_free r_free	0.2440

Crystal structure of lipoamide dehydrogenase from thermus thermophilus HB8 with psbdp

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pyruvate dehydrogenase complex, dihydrolipoamide dehydrogenase E3 component

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Pyruvate dehydrogenase complex, dihydrolipoamide acetyltransferase E2 component

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2eq8__assembly_1__model_1

2eq8__assembly_1__model_1 | I(q)

2eq8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of lipoamide dehydrogenase from thermus thermophilus HB8 with psbdp

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pyruvate dehydrogenase complex, dihydrolipoamide dehydrogenase E3 component

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Pyruvate dehydrogenase complex, dihydrolipoamide acetyltransferase E2 component

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2eq8__assembly_1__model_1

2eq8__assembly_1__model_1 | I(q)

2eq8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)